Одной из форм контроля над князьями была «система заложничества» (санкин котай), которая предписывала даймё и их семьям обязательное нахождение в столице. Только по прошествии года князю разрешалось вернуться в родные места — тоже на год. Семья же продолжала оставаться в Эдо. Затем князь и его дружина снова возвращались в Эдо. Живя «на два дома», даймё истощали свои материальные ресурсы — расходы на путешествия, в которых участвовали многочисленные дружины, и содержание резиденций в Эдо отнимали 35–40 % доходов, источников пополнения которых у них имелось не слишком много. Крошечные размеры княжеств не давали реальной возможности для создания сколько-то значительного прибавочного продукта. Держа князей в Эдо под присмотром своих бдительных агентов, сёгуны предотвращали возможность сговора. Система доказала свою эффективность — вплоть до середины XIX в. ни одного сколько-нибудь серьезного заговора выявлено не было.

Это, разумеется, не означало, что внутри элиты отсутствовали группировки с разными интересами. Однако политическая борьба того времени заключалась не в попытках свержения сёгунской династии, а в лоббировании своих кандидатов на пост сёгуна и другие высшие правительственные должности. Поскольку в Японии отсутствовал фиксированный порядок наследования (внутри императорского, сёгунского и княжеских домов), это создавало прекрасные возможности для составления политических коалиций, которые, однако, не посягали на основополагающие принципы устройства сёгуната. При этом с течением времени наблюдается уменьшение роли личности сёгуна, все большее значение в принятии решений приобретают сёгунские советники и администраторы. В XVIII в. на должности сёгунов часто назначались люди юные, болезненные, сластолюбивые или не имевшие никакой склонности к активной государственной деятельности. Модель, при которой номинальный глава режима осуществляет церемониальные функции и имеет мало отношения к принятию практических решений, не была изобретением этого времени. Точно так же обстояли дела и в императорском доме еще в глубокой древности. Во многих княжествах ситуация складывалась точно таким же образом. Одним из последствий такого стиля управления было почти полное отсутствие лидеров диктаторского типа на всем протяжении японской истории. Управление страной и княжествами осуществлялось коллективно на основе достижения компромиссных «аппаратных» решений. Главным органом управления бакуфу стал «совет старейшин» (родзю), в состав которого входили четыре-пять ротируемых представителей из среды фудай даймё.

Несмотря на жесткий контроль со стороны бакуфу, включавший в себя полный запрет на публичное обсуждение политических вопросов, следует иметь в виду, что даймё не рассматривались как враги режима. Каждый князь имел свою вооруженную дружину самураев. Сёгуны редко вмешивались во внутренние дела княжеств, где даймё выступали в качестве верховных распорядителей и судей. Даймё обладали правом сбора податей с подведомственной им территории в свою пользу, но они не платили налогов в государственную казну. В случае экстренной необходимости (ремонт сёгунского замка, ликвидация последствий пожара, землетрясения, тайфуна и т. п.) правительство могло только просить князей поучаствовать в каком-нибудь проекте, но не более того. Обычно князья соглашались на такие предложения, но объем участия решался на основе компромисса. Резиденции даймё в Эдо обладали экстерриториальностью — преступник мог скрыться там, и правительство бакуфу не имело легальной возможности вытребовать его оттуда. В случае опасности князья были обязаны поставлять центральной власти в Эдо свои войска, но в условиях отсутствия реальной военной угрозы их главная обязанность превращалась в XVIII в. в фикцию. Иными словами, князья имели достаточно прав, которые позволяли им сохранять весьма большую самостоятельность и чувство достоинства.

Самостоятельности княжеств способствовало и слабое развитие коммуникаций в стране. Панически опасаясь заговоров и мятежей, сёгунат не разрешал их принципиального улучшения (ширина главного тракта Токайдо, соединявшего Эдо, Осака и Киото, составляла около пяти метров), на строительства новых дорог и мостов накладывались серьезные ограничения. В то же самое время в 53 пунктах тракта Токайдо содержались постоялые дворы для путешественников, служба пеших гонцов с письмами и бандеролями преодолевала расстояние между Эдо и Осака за два-шесть дней. Для того чтобы процессия, сопровождающая даймё, преодолела то же самое расстояние, требовалось около 20 дней. Таким образом, внезапность передислокации воинских соединений была исключена.

Отношения сёгуната и императорского двора в Киото отличались двойственностью. С одной стороны, сёгун полностью контролировал двор. Император постоянно находился «под дворцовым арестом» — ему запрещалось покидать пределы своего дворца, охрану которого поочередно несли дружины самураев из разных княжеств. После визита в Киото Токугава Иэмицу в 1634 г. сёгуны перестали бывать в Киото. Зримым присутствием сёгуната в Киото был принадлежавший бакуфу огромный замок Нидзёдзё, который превосходил императорский дворец как размерами, так и убранством. Император и его аристократическое окружение (около 300 семей), которое вело свое происхождение от синтоистских божеств, не имели никаких военных и почти никаких материальных ресурсов и находились в этом отношении в полной зависимости от благорасположения бакуфу.

С другой стороны, несмотря на то что император не имел никакого влияния на принятие решений, он продолжал обладать достаточно высоким ритуальным и церемониальным статусом. Император («сын Неба») считался земным воплощением Полярной звезды (тэнно) и отправлял ритуалы, ставящие своей целью обеспечение благоденствия страны. Новый сёгун обретал официальный статус только после указа императора. Его окружение получало придворные ранги и придворные должности тоже только с согласия императорского двора. Для придворных из Киото такая «продажа» должностей служила одним из немногих средств пополнения своего бюджета. В отличие от древности придворные ранги и должности не обеспечивались соответствующим содержанием, но без них военные чувствовали себя людьми «неполноценными». Сёгуны временами подкрепляли свой авторитет с помощью «династических» браков. Так, в 1620 г. дочь сёгуна Токугава Хидэтада была отдана замуж за императора Гомидзуноо (1611–1629), а их семилетняя дочь Мэйсё даже заняла в 1629 г. императорский трон; впервые после VIII в. на троне оказалась женщина. Члены императорского рода обеспечивали и ритуальную охрану сёгунских предков: в буддийском храме Бодайдзи в Эдо, где отправлялись поминальные службы по членам сёгунского рода, настоятелем служил принц крови, местом рождения которого был Киото.

Иными словами, императорский двор обеспечивал легитимность режиму сёгуната. Токугава возводили свое происхождение к роду Гэндзи (Минамото), который, в свою очередь, считал своим предком императора Сэйва (858–876). Токугава не имели на то никаких реальных генеалогических подтверждений, но эта фальсификация, тем не менее, служила для них основанием легитимности их власти. Император, который считался в дальневосточной политической философии «хозяином времени» (в том числе погоды, а значит, и урожая), сохранил эту функцию и при Токугава; именно от его имени провозглашались девизы правления, в соответствии с которыми жила вся страна. В документе, известном как «Завещание Токугава Иэясу», его автор фактически признавал, что сёгунская династия в отличие от императорской конечна. Считалось, что китайская по своему происхождению концепция «мандата Неба» (смена династии, растратившей свою сакральную энергетику) применима к сёгунам, а не к императорам. История подтверждала это умозаключение: если императорская династия не знала перерыва с самых древних времен, то у сёгуната Токугава имелось два предшественника — сёгунаты Минамото (1185–1333) и Асикага (1333–1573). «Золотой век» Японии сёгуны относили к правлению мифического первоимператора Дзимму, а не к своим предшественникам. Закрепленный за императором статус покровителя наук и искусств (основным из которых считалась поэзия) служил важнейшим средством поддержания его статуса и авторитета, поскольку в японской (дальневосточной) традиции поэзия является мощным и общепризнанным средством гармонизации космоса и уничтожения хаоса. Поскольку сёгуны Токугава сделали основой своей идеологии неоконфуцианство, они не могли игнорировать его важнейший постулат: примат светско-духовной власти над военной. Ибо только ритуалы и церемонии обеспечивают порядок в Поднебесной, отделяют человека культурного от варвара.