Территориальные завоевания XVIII в. превратили и православную Россию в многоконфессиональную империю, подданные которой исповедовали католицизм, ислам, иудаизм, буддизм и язычество. Необходимость оформления политики по отношению к неправославным исповеданиям становилась очевидной. И если в начале XVIII в. Петр только подтвердил гарантии свободы вероисповедания для иностранцев, приглашавшихся на русскую службу, то во второй половине XVIII в. екатерининская Россия стала одним из первых государств, где принцип веротерпимости был закреплен законодательно. В «Наказе» Уложенной комиссии Екатерина II, ссылаясь на то что «дозволение верить по своему закону умягчает… сердца», способствует «тишине Государства и соединению граждан», подчеркивала, что «порок запрещения или недозволения различных вер» особенно опасен в Российской империи, «распространяющей свое владение над столь многими разными народами». Помимо этого императрица отмечала в «Наказе», что вопросы веры должны подчиняться «разумным законам», которые позволили бы «всех сих заблудших овец паки привести к истинному верных стаду». Хотя новое Уложение принято не было, идеи «Наказа» все-таки получили развитие в законодательстве 60-80-х годов XVIII в.

С целью обеспечить лояльность российских мусульман перед русско-турецкой войной Екатерина II посетила в Казани мечеть и приветствовала татарских старейшин на их родном языке (и действительно, никакой оппозиции со стороны российских мусульман в периоды русско-турецких войн не последовало). В 1773 г., в ответ на жалобу казанского архиерея на то, что в Казани мечети строились «близ благочестивых церквей», Екатерина, ссылаясь на статьи «Наказа», указала, чтобы «отныне Преосвященным Архиереям в дела, касающиеся до всех иноверных исповеданий и до построения по их законам молитвенных домов, не вступать, а предоставлять оное все на рассмотрение светских команд». Со второй половины XVIII в. в России светская власть запрещает и насильственное крещение мусульман, а с 1788 г. в Уфе был создан муфтият, который взял на себя управление делами всех мусульман Поволжья. Позднее были созданы духовные управления мусульман Кавказа, Закавказья, Оренбурга; в конце XVIII–XIX в. открывались многочисленные мусульманские школы.

Менялась и политика в отношении евреев. Если императрица Елизавета Петровна заявила, что не желает иметь прибыли от «врагов Христовых» и не допустила евреев торговать в Российской империи, то Екатерина гарантировала свободу вероисповедания еврейскому населению, вошедшему в состав России после первого раздела Польши. Были восстановлены права кагала, т. е. еврейского самоуправления, существенно ограниченные до этого в Польше. Право еврейского населения вступать в городские сословия и входить в органы самоуправления городов Российской империи гарантировалось Городовым положением 1785 г. Указы о черте оседлости, опиравшиеся на давнюю европейскую практику, появились только в 1790-х годах, в том числе после жалоб московских купцов на еврейскую конкуренцию. Они предписывали евреям, исповедующим иудаизм, селиться только на западе Российской империи от Белоруссии и Курляндии до Крыма.

После первого раздела Польши католики и униаты, веками считавшиеся главными врагами русского православия, получили дозволение на строительство церквей. Тем не менее российская императрица, как и прусский король, оставляла за собой право вмешиваться в дела католической церкви и тщательно следить, чтобы все распоряжения, приходящие из Рима, получали силу только с ведома российских государственных властей.

Политика веротерпимости при Екатерине II распространилась и на русских старообрядцев. Указом 1763 г. уничтожалась Раскольничья контора и все дела, связанные со старообрядчеством, были переданы из церковного в ведомство светского правительства. Синоду предписывалось не заводить никаких комиссий подобного рода и освободить всех заключенных, содержащихся в синодальных и консисторских тюрьмах. Бежавшие за рубеж старообрядцы приглашались на родину, а с 80-х годов отменялся и обременительный «двойной оклад» (удвоенные подати), введенный Петром I.

Правда, из всех мероприятий, утверждающих основы веротерпимости в России, именно смягчение политики в отношении старообрядцев вызвало более всего протестов видных иерархов русской церкви. Митрополиты Гавриил (Петров) и Амвросий (Зертис-Каменский) указывали, что если политика по отношению к иностранным исповеданиям не представляла особой опасности для русских (поскольку «в кирхах публичных и мугаметанских зловериях» богослужение производится не на русском языке), то «раскольники-льстецы к нам по наружности близки, ибо от нас и произошли и наших же, а не чужих совращают… и те же таинства, что и мы святотатски действуют». Гавриил также подчеркивал, что Петр I был суров с «раскольниками яко народными мятежниками», а «вселенские и российские патриархи… [их] не за маловажных суеверов, как ныне многие о них думают, но за сущих еретиков признавали». Опасения по поводу излишней снисходительности к раскольникам высказывали и некоторые представители просвещенной элиты, например М.М. Щербатов. В своей «Статистике в отношении России» (1776–1777) Щербатов предупреждал, что старообрядцы, которые «суть неприятели правительства», пользуются особым авторитетом среди «простого народа», ибо придерживаются «строгой жизни» и «упражняются в торговле и ремеслах». Однако были в России и иные мнения относительно старообрядчества. Так, митрополит Платон (Левшин) полагал, что в основе «раскола» лежали «малости ничего не значащие», что преследования «раскольников» были неоправданными, а их присоединение к господствующей церкви должно совершаться только просвещением и снисхождением. В 1781 г. благодаря усилиям митрополита Платона, Никифора Феотоки и Г.А. Потемкина было введено единоверие, в рамках которого старообрядцам разрешалось молиться по старым книгам, при условии, что они будут принимать священников от синодальной церкви. При Павле I единоверцы получили государственный статус, но редкие переходы старообрядцев в единоверие ни в XVIII в., ни позднее серьезных успехов в преодолении раскола не принесли.

В отношении сектантства политика Екатерины мало отличалась от курса ее предшественниц — Анны и Елизаветы, которые поручили особым духовно-светским комиссиям расследование и пресечение деятельности хлыстов (1733–1739 гг. и 1745–1756 гг.). В 60-90-е годы при Екатерине также затевались процессы в связи с появлением и быстрым распространением духоборчества и молоканства, в это же время наказанию подверглись и члены скопческих групп. Однако репрессии и ссылки, которыми церковь и государство ответили на «новоявленные ереси», только способствовали их распространению: вокруг ссыльных «еретиков» быстро образовывались группы их единоверцев. «Мягкие» меры, предложенные Екатериной в 1773 г., хоть и ограничивали права Синода в преследовании иноверных, но вовсе не обязывали светскую власть терпеть «еретиков» и «фанатиков», тем более что и указов о жестоком наказании «хулящих веру православную» никто не отменял, а потому до самого конца XVIII в. не прекращались и расследования по делам нонконформистов.

В 1790-е годы границы екатерининской веротерпимости заметно сужаются. Наиболее показательным в череде других дел стал арест известного книгоиздателя и писателя Н.И. Новикова. В 1792 г. Новикова обвиняли прежде всего в принадлежности к масонству, а Екатерина, как, впрочем, и некоторые представители духовенства, склонна была считать мистическое масонство, в особенности московских розенкрейцеров, «обществом нового раскола», «сектой», основанной на суровой дисциплине, обладающей своими собственными клятвами, обрядами и даже «алтарями», к тому же финансируемой из-за границы. Вот тогда-то и пришлось высочайше указать на то, что свобода вероисповедания в екатерининской России распространялась только на традиционные конфессии и никак не касалась «новоявленных» вольнодумцев.

В течение всего XVIII в. и светская власть, и религиозные институции продолжали активно вмешиваться в духовную жизнь христианской паствы, ставя задачу исключить из религиозных практик верующих не только «фанатизм» и «энтузиазм», но и «суеверия».