Пытаясь понять мотивы отрицательной реакции Екатерины II на обращение Шелихова и Голикова, надо учитывать также и иные немаловажные обстоятельства, а именно: наличие разногласий по данному вопросу в правящих кругах империи, сомнения императрицы в достоверности сведений, исходивших от промышленников и купцов, опасение возможного возникновения в перспективе конфликта между российской метрополией и ее владениями в Америке — по аналогии с восстанием британских колоний против Англии. Не исключено, что известную роль сыграли и вести о жестоком обращении шелиховской команды с аборигенами колонизуемых земель. На монаршее решение повлияли, вероятно, и попытки екатерининской дипломатии подписать торговый договор с Испанией, достигшие кульминации как раз в феврале-марте 1788 г. В итоге заслуги Шелихова и Голикова были вознаграждены лишь пожалованием золотых медалей, шпаг и похвальных грамот.

Не встретив поддержки при дворе, Шелихов не отказался, тем не менее, от своих планов изучения и колонизации Северо-Западной Америки. Важной вехой на этом пути явилось плавание галиота «Три святителя» под командованием штурманов Г. Измайлова и Д. Бочарова, предпринятое в мае-июле 1788 г. Мореплаватели получили инструкцию: следовать от Кадьяка «близ берегов твердой Американской земли, как для открытия новых морских островов и приведения под власть Российской империи разных островных народов, так равно и для утверждения всей новоизобретенной Американской части знаками Величеству и названию Российскому свойственными». За два с половиной месяца Измайлов и Бочаров открыли несколько мелких островков, залив Якутат и бухту Льтуа.

Подготовленная Шелиховым обширная программа исследований в северной части Тихого и в бассейне Ледовитого океанов включала также отправку компанейских судов из устья Лены, Индигирки или Колымы «прямо на противолежащие американские берега», причем ставилась задача по возможности «вступить во взаимное дружественное обязательство и торговлю» с их обитателями. Осуществляя свои замыслы, энергичный предприниматель вместе с И. Голиковым наряду с вышеупомянутой Северо-Восточной американской компанией вскоре (в августе 1790 г.) основал Предтеченскую и Уналашкинскую компании[17]. Год спустя прибывший на Кадьяк новый главный правитель шелиховско-голиковского предприятия А.А. Баранов приступил к обследованию острова и омывающих его вод, а также Кенайского и Чугацкого заливов.

Прожекты Шелихова получили одобрение генерал-губернатора Иркутского и Колыванского И.А. Пиля, доложившего о намерениях своего протеже в Петербург. При этом сановник выдвинул идею объединения российских промысловых компаний в указанном регионе. В дальнейшем наместник регулярно докладывал императрице об «успехах усердия и стараний» Шелихова, и под влиянием этой информации отношение Екатерины II к начинаниям «Колумба Росского» стало более благожелательным. Указом от 31 декабря 1793 г. она удовлетворила его просьбу о передаче Северо-Восточной компании работников из числа крестьян-переселенцев, ссыльных и каторжан, а Пилю повелела и впредь «доносить нам об успехах сей компании».

Через несколько месяцев генерал-губернатор направил Шелихову детальную программу дальнейших действий в Америке и на Курильских островах. Она предусматривала строительство крепости в подходящем месте американского побережья; возле нее предлагалось заложить поселение, с четкой планировкой улиц и площадей, жилыми домами, складскими помещениями и церковью. Пиль считал целесообразным, чтобы будущие поселенцы помимо «звериных промыслов» занимались также хлебопашеством, огородничеством, скотоводством и птицеводством, разведением льна и конопли, производством холста. При наличии залежей железной руды следовало, по его мнению, наладить на месте выплавку железа и изготовление якорей, болтов и гвоздей. Кроме того, русским вменялось в обязанность обучать жителей Америки «всем тем работам, изделиям и упражнениям, кои сами они знают». Этот документ означал, по существу, первый шаг к признанию шелиховско-голиковской компании единственной представительницей интересов России на Тихом океане.

На борту компанейских судов, доставивших осенью 1794 г. на Кадьяк инструкцию Пиля, туда прибыла также православная духовная миссия во главе с архимандритом Иоасафом. Она была отправлена из Петербурга в конце декабря 1793 г., через полгода после обнародования указа Екатерины II о создании церкви на Аляске, изданного 13 мая того же года. На миссию возлагалась задача «проповеди Слова Божия в Америке и просвещения тамошних народов в вере христианской и в познании должностей, в благоустроенных обществах необходимых».

Миссионеры много сделали для смягчения колонизационной практики. Они принимали участие в школьном обучении детей аборигенов, создали письменность для алеутов, оставили труды по этнографии Алеутских островов и Аляски. На Кадьяке была построена церковь (1796). Высочайшим указом от 19 июля 1796 г. Иоасаф был посвящен в сан «епископа Кадьякского и прочих прилежащих к тому в Америке островов». Однако, по ряду причин, хиротония (официальная церемония рукоположения) затянулась и состоялась лишь 10 апреля 1799 г. в Иркутске. На обратном пути епископ погиб при кораблекрушении, в результате чего деятельность православной миссии была надолго парализована.

В очередном пространном донесении генерал-губернатору от 20 ноября 1794 г. Шелихов высказал мысль о целесообразности значительного расширения сферы и масштабов российского судоходства в тихоокеанском бассейне. Поддержав это предложение, наместник незамедлительно доложил о нем в столицу, причем рекомендовал императрице принять меры к посещению русскими судами Калифорнии и Мексики. В контексте вышеупомянутого донесения для обозначения владений России в Новом Свете был употреблен термин «Российская Америка». Он фигурировал, впрочем, уже в предыдущем «всеподданнейшем рапорте» И.А. Пиля от 28 февраля того же года, где присутствовало выражение «матерая Российская Америка с ее островами».

Однако, рассмотрев в начале 1795 г. рекомендацию высокопоставленного чиновника, Совет при высочайшем дворе никаких конкретных решений не принял, что объяснялось, скорее всего, отсутствием заинтересованности со стороны правительства. Готовое поощрять активность Шелихова, пока тот обходился в основном собственными ресурсами, оно не испытывало особого желания предпринимать какие-либо усилия на казенный счет. Сдержанная позиция петербургского двора, видимо, была отчасти обусловлена и сложившейся к середине 90-х годов международной ситуацией, в частности состоянием русско-испанских отношений. В тот период Россия стремилась втянуть Испанию в антифранцузскую коалицию, а затем удержать пиренейскую монархию в ее составе.

К тому же вскоре после того как упомянутый выше генерал-губернаторский рапорт достиг Петербурга и за год с небольшим до смерти императрицы, Шелихов внезапно скончался (20 июля 1795 г.), а в конце 1796 г. ушел в отставку его могущественный покровитель И.А. Пиль. Таким образом, не стало человека, являвшегося главным инициатором исследования и освоения Северо-Запада Америки, а петербургскому двору в сложной европейской обстановке второй половины 90-х годов хватало и иных забот.

После кончины Г.И. Шелихова его конкуренты повели ожесточенную борьбу против созданной им компании с целью разорить ее крупнейших пайщиков и заставить их прекратить или по крайней мере ограничить свою деятельность.

Наибольшую опасность для наследников «Колумба Росского» представляли планы иркутского купца Н.П. Мыльникова, который в противовес шелиховскому предприятию учредил в начале 1797 г. в Иркутске коммерческую компанию «для произведения мореплавания, торговли и промыслов на американских землях и островах, принадлежащих высочайшему е.и. в-ва престолу, и других полезных открытий в неизвестных местах». Вскоре он, однако, убедился, что имевшегося у него капитала явно недостаточно, и без привлечения дополнительных средств новой компании грозит банкротство. Вместе с тем, в Петербурге весьма скептически отнеслись к образованию Иркутской компании, сомневаясь в ее способности отстоять российские владения в Америке от посягательств иностранных государств. В поисках выхода из сложившейся затруднительной ситуации Мыльников предложил объединить обе компании. В итоге, 18–19 июля 1797 г. в Иркутске были подписаны документы, закрепившие договоренность о слиянии Американской Северо-Восточной, Северной и Курильской компаний Шелихова и Голикова с «Иркутской коммерческой Мыльникова с товарищи компанией» под общим названием «Американская Голикова, Шелихова и Мыльникова компания».