Неискушенному наблюдателю конца XVIII в. мощь и богатство Компании казались непоколебимыми. Регулярно выплачивались дивиденды, и акции Компании в 1781 г. продавались по цене, в два с лишним раза превышавшей их номинальную стоимость. Блестящий фасад скрывал, однако, полностью прогнившее здание. Прибыли Компании падали: в 1724–1725 гг. ее баланс впервые был сведен с дефицитом, но поскольку отчеты не публиковались, а бухгалтерские книги в Батавии не соответствовали тем, что находились в Амстердаме, общественное мнение Нидерландов не имело представления об истинном положении дел. Расходы на войны и управление поглощали львиную долю доходов от дани, налогов и торговли, а дивиденды пайщикам (неизменные 18 % годовых) выплачивались за счет постоянных займов.

Компания была коррумпирована сверху донизу. Генерал-губернаторы с жалованьем 700 гульденов в год привозили домой состояние в 10 млн гульденов, младший торговец платил (официально) 3500 гульденов за назначение на пост с жалованьем 40 гульденов в месяц и получал на этой должности годовой доход в размере 40 тыс. гульденов. Коррупция достигла таких размеров, что накануне падения Компании был введен официальный налог на взятки, которые получали ее должностные лица. Коррупция сочеталась с прямым воровством: недостача в миллион гульденов в казначействе Батавии не была раскрыта, пока скоропостижно не скончался главный кассир.

Причина упадка Ост-Индской компании была глубже, нежели дефицит в ее балансе и коррупция служащих. Упадок Компании с ее устаревшими методами, препятствиями, чинимыми ею частной инициативе, в том числе и голландских предпринимателей, был неизбежен и закономерен. Несмотря на сохранение и даже расширение нидерландской колониальной империи, в XVIII в. страна утратила свою колониальную, торговую и морскую гегемонию, которая перешла к Великобритании. Попытки наиболее дальновидных колониальных деятелей осуществить некоторые реформы натолкнулись на сопротивление торговой олигархии в метрополии. Окончательный удар по колониальному могуществу Нидерландов и ее Ост-Индской компании нанесла Четвертая англо-голландская война (1780–1784). Тяжелее всего сказалась морская блокада. Все связи между Архипелагом и Европой были прерваны, огромное количество непроданных товаров скопилось на складах Батавии.

В 80-90-х годах XVIII в. правящая верхушка Соединенных провинций безуспешно старалась поправить дела Компании, создавая бесчисленные комиссии и выдвигая различные проекты реорганизации управления Компанией и ее колониальными владениями. Борьба вокруг предоставления Компании займов и проведения реформ в ее управлении оказалась тесно связанной с бурными внутриполитическими событиями в Республике Соединенных провинций во второй половине XVIII в.

В 1793 г. Франция начала войну с Англией и Нидерландами. Голландские эмигранты во Франции сформировали Батавский легион, одним из офицеров которого был Херман Виллем Данделс, бывший адвокат, будущий наполеоновский маршал и генерал-губернатор Индонезии. В январе 1795 г. французская армия заняла Нидерланды. Статхаудер Вильгельм V Оранский бежал в Англию. Падение Оранской династии ускорило конец Компании. 31 декабря 1799 г., в день, когда истекал срок действия хартии Компании, все ее владения и долги (134 млн гульденов) перешли Батавской республике, государству, образованному в 1795 г. на территории Соединенных провинций.

Третьим центром европейского присутствия в Юго-Восточной Азии была испанская Манила на Филиппинах. В XVIII в. под властью Испании оказался почти весь архипелаг за исключением мусульманского юга. Колонизаторы перенесли на Филиппины феодальные отношения, разрушив доколониальную социально-политическую структуру. Основным типом феодального землевладения стало поместье (асьенда). Наиболее крупными (коллективными) асендеро были монашеские ордена. Число остальных испанских помещиков было крайне незначительным. В основном это были представители администрации во главе с генерал-губернаторами. В XVIII в. довольно интенсивно шло формирование слоя помещиков-филиппинцев из представителей местной общинной верхушки, составлявшей низшее и среднее звено колониальной администрации. Основной формой эксплуатации была издольщина. Плантационное хозяйство по образцу Латинской Америки на Филиппинах появилось лишь в конце XVIII в.

Особенностью Филиппин была христианизация и сопровождавшая ее испанизация культуры, явственно обнаружившиеся в XVIII в. Объединенные в религиозные ордена монахи составляли более двух третей проживавших на архипелаге испанцев. Обладая экономической и финансовой самостоятельностью, юридическим иммунитетом, собственной системой административного управления, церковь представляла собой силу, почти независимую от колониальной администрации. В борьбе с администрацией, в XVII–XVIII вв. принимавшей характер острых конфликтов, перевес, как правило, оказывался на стороне церкви.

Во второй половине XVIII в. впервые появились тенденции к обновлению методов колониальной эксплуатации. Преобразования на Филиппинах (конец 60-х — 80-е годы XVIII в.) были частью программы реформ, проводившихся в метрополии и колониях в период просвещенного абсолютизма Карла 111 (1759–1788).

Основные экономические мероприятия осуществлялись в период правления генерал-губернатора Баско-и-Варгаса (1778–1787). При нем были сделаны первые шаги по развитию на Филиппинах производства экспортных культур — сахарного тростника, табака, индиго, пряностей, хлопчатника, какао, кофе, по созданию текстильной и табачной промышленности, по разработке минеральных ресурсов. В 1785 г. по образцу европейских Ост-Индских компаний была учреждена Королевская филиппинская компания. Ей предоставлялась абсолютная монополия на испано-филиппинскую торговлю и торговые операции с азиатскими странами. Ее деятельность способствовала в известной степени экономическому развитию Филиппин (в 80-90-е годы XVIII в. увеличились производство сахарного тростника и вывоз сахара, табака, кофе и других экспортных товаров), росту торговли с соседними азиатскими странами — Китаем, Индией, Индонезией.

Вряд ли можно утверждать, что XVIII век стал временем кардинальных перемен в Юго-Восточной Азии: во многом он лишь продолжил процессы, начавшиеся на заре раннеколониальной эпохи, которую век XVIII и завершает. Тем не менее с известной долей допущения можно наметить некоторые новые явления в демографической, политической, социально-экономической и культурно-идеологической сферах жизни региона.

В XVIII столетии Юго-Восточная Азия оказалась вовлеченной в систему международных отношений на значительно более масштабном уровне, нежели в первые два века европейской колониальной экспансии. Это было связано не только с продолжавшейся (но не с той степенью накала, как в XVII в.) англо-голландской борьбой, сколько с соперничеством Великобритании и Франции. Юго-Восточная Азия стала ареной (не главной, конечно) столкновения интересов этих держав во время войны за Испанское наследство и Семилетней войны. В 40-е годы XVIII в. они пытались утвердиться в Нижней (приморской) Бирме, чтобы создать там военно-морские базы и верфи, столь необходимые им в условиях борьбы за господство у берегов Индии, особенно в Бенгальском заливе. Объединение Бирмы под властью династии Конбаун в 50-х годах XVIII в. не позволило англичанам и французам закрепиться в этой стране. В 1762–1764 гг. англичане оккупировали Манилу — владение Испании, союзницы Франции, а французская эскадра захватила английские фактории на Западной Суматре.

Конец XVIII в. обозначил те изменения в расстановке колониальных сил в регионе, которые в полной мере проявились уже в следующем столетии. После поражения в Семилетней войне Франция свернула деятельность в Юго-Восточной Азии; лишь во Вьетнаме оставались католические миссионеры, поддержавшие принца Нгуен Аня, объединившего страну и ставшего (в 1802 г.) императором Зя-лонгом. Ослабевшая Испания сосредоточила все усилия на удержании Филиппин и прекратила экспансию в южных — мусульманских — районах архипелага. Нидерланды упрочили свои позиции на Малайском архипелаге, окончательно завоевав Яву и сокрушив местные торговые центры на островах Риау и Сулавеси, но после неудачной для них войны с Англией были вынуждены допустить британских торговцев в свои владения.