Предварительно рассмотрение законопроектов, поступающих в Государственный совет, происходило в трех его департаментах (законов, экономии, гражданских и духовных дел), игравших, по существу, роль подготовительных комиссий. Для обсуждения некоторых вопросов при Государственном совете создавались особые комитеты (Западный, Кавказский, Еврейский, об устройстве сельского населения), комиссии (для исследования железнодорожного дела, окончания работ по преобразованию судебной части) и совещания (для охраны спокойствия и др.). Важнейшим из них даже предоставлялись права департаментов, и дела их поступали прямо в Общее собрание Государственного совета. Мнения высшего законосовещательного учреждения поступали в виде «меморий» на утверждение императору, при этом Александром иногда утверждались мнения меньшинства членов Государственного совета. Все члены и председатель Государственного совета назначались царем. Председателями совета во время царствования Александра II были: князь А. И. Чернышев (1855—1856), князь А. Ф. Орлов (1856—1861), граф Д. Н. Блудов (1862—1864), князь П. П. Гагарин (1864—1865), великий князь Константин Николаевич (1865—1881). В случае присутствия царя председательство переходило к нему.

Сенат¹⁹³ продолжал сохранять статус высшего органа суда и надзора. К середине XIX в. он представлял собой совокупность 12 полу самостоятельных департаментов, нескольких общих собраний и других учреждений, объединяемых лишь главенством генерал-прокурора, ставшего с учреждением министерств и министром юстиции. В состав каждого департамента входило несколько сенаторов, назначенных пожизненно царем, во главе его стоял обер-прокурор, а председательствующий в нем назывался первоприсутствующим.

В связи с судебной реформой 1864 г. в сенате были учреждены в 1866 г. два новых, кассационных, департамента — Гражданский и Уголовный. В то же время, по мере распространения новых судебных установлений, закрывались его апелляционные департаменты, поскольку большинство апелляционных дел перешло в созданные на местах судебные палаты. В 1872 г. в составе сената был создан высший политический суд России — «Особое присутствие для суждения о государственных преступлениях и противозаконных сообществах».

Практически мало изменились функции Комитета министров¹⁹⁴ — высшего административного органа России, в котором император совещался с наиболее доверенными чиновниками по всем вопросам управления государством. Комитет министров рассматривал дела, которые министры не могли решать из-за отсутствия законов, а также когда дело касалось интересов других ведомств и т. п. С 1872 г. он выступал как высшая цензурная инстанция. До 1865 г. председатель Комитета министров был одновременно и председателем Государственного совета. Председателями Комитета министров были князь П. П. Гагарин (1864—1872), граф П. Н. Игнатьев (1872—1879), граф П. А. Валуев (1879—1881).

Еще в ноябре 1857 г. для рассмотрения общих вопросов, связанных преимущественно с проводимыми реформами, был создан Совет министров¹⁹⁵. Его статус был оформлен законом 12 ноября 1861 г. В состав Совета министров входили министры и главноуправляющие ведомств, председатели Государственного совета и Комитета министров. На его заседаниях председательствовал сам Александр II, ему же принадлежала инициатива вынесения на рассмотрение Совета министров всех вопросов. Наиболее активно заседания проходили в 1858—1864 гг. В 70-е годы они проводились реже, а с 11 декабря 1882 г. прекратились вообще.

В период преобразований значительно был перестроен аппарат министерств, многие из них стали создавать свои местные органы. Время выдвинуло на первый план такие отраслевые ведомства, как Министерство путей сообщения, Министерство государственных имуществ, Главный комитет железных дорог, Министерство финансов.

Особую роль в пореформенный период приобрело Министерство внутренних дел¹⁹⁶, имевшее на местах ряд подведомственных органов: уездные полицейские управления, губернские правления, губернские присутствия и др. Министр внутренних дел имел право учреждения гласного полицейского надзора, разрешения периодических изданий и наложения на них взысканий, издания различных административных распоряжений и пр. Министрами внутренних дел были: Д. Г. Бибиков (1852—1855), С. С. Ланской (1855—1861), П. А. Валуев (1861—1868), А. Е. Тимашев (1868—1878), Л. С. Маков (1879—1880), М. Т. Лорис-Меликов (1880—1881)¹⁹⁷.

Губернаторы контролировали деятельность новых органов местного управления, созданных в ходе реформы: присутствий по крестьянским делам, присутствий по делам городского и земского самоуправления, фабричных инспекций и др.

С начала 60-х годов глава полицейской власти в уезде — исправник — не избирался дворянством, а назначался Министерством внутренних дел. Вместо земского суда, бывшего полицейским органом, в уезде были созданы уездные полицейские управления, власть которых распространялась не только на уезд, но и на город.

В связи с судебной реформой была упразднена выборность местным дворянством представителей судебной власти (председателя палат уголовного и гражданского суда, а также заседателей уездных судов).

Таким образом, влияние местного дворянства на губернские и уездные правительственные учреждения значительно ослабло. Однако в пореформенный период влияние дворянства было еще велико в земстве.

После покушения Д. В. Каракозова на царя 4 апреля 1866 г. внутренняя политика правительства претерпевает серьезные изменения. Новый правительственный курс был изложен Александром II в его рескрипте от 13 мая 1866 г. на имя председателя Комитета министров князя П. П. Гагарина. В этом документе, озаглавленном «О главных началах, которыми должны руководствоваться министры и главноуправляющие отдельными частями при управлении вверенными им ведомствами», император писал: «...Признаю я своею обязанностью охранять русский народ от тех зародышей вредных лжеучений, которые со временем могли бы поколебать общественное благоустройство, если бы развитию их не было поставлено преград»¹⁹⁸.

В общественной жизни страны в этот период определенную роль играло либеральное движение¹⁹⁹. В рукописной литературе, различных проектах, публицистических статьях в журналах «Отечественные записки», «Русский вестник», «Атеней» и других видные либеральные деятели К. Д. Кавелин, И. С. Аксаков, А. И. Кошелев, Б. Н. Чичерин, И. К. Бабст²⁰⁰, А. М. Унковский и другие выдвигали программу реформ, осуществляемых правительством, при сохранении помещичьего землевладения и монархии. Они выступали за освобождение крестьян с землей за выкуп, уничтожение сословных привилегий, гласность, ликвидацию полицейского режима, отмену телесных наказаний, ограничение прав правящей бюрократии, создание представительных учреждений.

После освобождения крестьян одной из первых и наиболее крупных реформ была земская, призванная поднять местное хозяйство и управление.

Считается, что земское начало есть исконное начало русской истории. Еще в древнейших актах русской государственной практики земское начало противопоставляется государственному: «Земское и государево дело», «земщина» и «государь», «земщина и опричнина»².

Под первым подразумевается земля, население, его интересы, его представители, под вторым — власть государственная (княжеская, царская), с ее интересами и органами. Фактически то и другое начало реализовывалось земскими властями — выборными земли и государственными, приказными властями, т. е. теми, которым приказано князем, царем ведать какой-нибудь отраслью правления. И земские, и приказные органы власти существовали всегда совместно. Однако в одни периоды истории преобладала земская власть с чертами демократии, в другие — приказная, автократическая. Зависело это, прежде всего, от положения государственной власти.