Католикос-патриарх Абрахам I активно участвовал в переговорах между восставшим Давидом VIII и монгольским чиновником, присланным Газан-ханом.

Тенденцию к отделению от единой Грузии больше всех проявляли самцхийские атабаги. Они стремились и к церковному отделению. На рубеже XIV–XV веков по наущению и поощрению атабага Иване, епископы Ацкури, которые пользовались большим почетом и уважением, перестали упоминать в своих молитвах имя католикоса-патриарха Грузии. Энергичные меры, принятые царем Александром I (пленение Иване атабага, смещение непокорных эриставов Самцхе) пресекли это опасное начинание. Ацкурские епископы дали клятвенное обещание католикосу-патриарху, что впредь в своих молитвах будут упоминать и католикоса и царя Грузии, а также во всем будут повиноваться мцхетскому престолу. Как мы уже указывали, на Ферара-Флорентийском церковном собрании в 1438–1439 годах присутствовали и грузины (в то время католикосом-патриархом Грузии был Давид III). Среди них были митрополит Григол и манглел-тбилельский епископ Иоанн. Грузинское духовенство часто выполняло дипломатическую функцию, а зарубежные грузинские церкви и монастыри являлись «представительством» Грузии.

В 50-ых годах XV века Кваркваре атабаг вновь попытался отделить самцхийскую церковь. Он сам назначал епископов, захватил владения, принадлежащие католикосу и запретил упоминание царя и католикоса-патриарха в церквах Самцхе. В таких обстоятельствах медлить уже было нельзя и католикос-патриарх Давид IV принял радикальные меры. Он лично отправился в Самцхе и в Сапару, проклял отложившихся священнослужителей и отлучил их от церкви. Отлученные от церкви не могли исполнять богослужение и к тому же понесли тяжкое наказание – им отказано было в причащении. Отменить это наказание мог только католикос-патриарх. Виновные вынуждены были покаяться и поклясться в верности и послушании католикосу-патриарху.

Находившийся в Западной Грузии патриарх Антиохии и Иерусалима Микаэл рукоположил католикосом Абхазети (Западной Грузии) Цаиш-Бедийского епископа Иоакима. По существующему обычаю, католикоса Абхазии рукополагал мцхетский католикос-патриарх и католикос Абхазии подчинялся мцхетскому престолу. Но после этого эта иерархическая зависимость была отменена. Хотя, следует отметить, что католикосов Абхазии назначали имеретские цари, а не какие-либо другие патриархи. Резиденция абхазского католикоса находилась в Бичвинте.

Сепаратистские устремления отмечались и в Кахети. Это подтверждается тем, что книгу верности католикосу-патриарху Грузии давал Алавердский епископ.

В период политического распада Грузии и ослабления царской власти сохранение единства грузинской церкви имело исключительно важное значение.

1. Царь Константин II. В период существования единого грузинского царства грузинские политики всегда пытались найти союзника в борьбе с нагрянувшим врагом. Необходимость в союзничестве с другим государством еще больше возросла после распада страны. В отдельности царства и княжества не могли справиться с многочисленными врагами. В конце XV века главная опасность угрожала Картли со стороны туркменских «Белых ягнят». После смерти их властелина Узун-Гасана, во главе «Белых ягнят» стал Якуб-хан, который неоднократно предпринимал походы на Картли. Грузинские князья-цари не откликнулись на призыв Константина II выступить совместно против врага общими силами. Несмотря на это, Константин II воспользовался внутренними междоусобицами среди туркменов, разгоревшимися после смерти Якуб-хана, и изгнал их из Картли. В то же время картлийский царь отправил посла к египетскому султану с предложением совместной борьбы против туркменов. На обратном пути посол царя встретился в Иерусалиме с посольством Испании и вернулся с ними вместе в Картли. Одновременно Константин II разослал письма испанскому царю Фердинанду и царице Изабелле, предлагая им создать антиосманскую коалицию. В 1495 году грузинский посол был принят в Испании с большими почестями, а затем и Римским папой, но реальную помощь картлийский царь ни от кого не получил. В Испании недавно закончилась война за освобождение Пиренейского полуострова от арабского господства. В 1492 году была взята последняя арабская цитадель – Гренада, поэтому Испания не имела ни желания, ни сил ввязываться в новую войну на востоке.

Между тем усиливается правитель Ардебила (провинция на юге Азербайджана) Исмаил, главным противником которого были туркмены. Исмаил обратился за помощью в борьбе с туркменами к царям Картли и Кахети и князю Самцхе, пообещав, что в случае победы освободит их от дани, которую они платили туркменам. Решающее сражение против туркменов произошло в 1503 году. Основную часть войска Исмаила составляли грузины (9 тысяч) – по 3 тысячи из Картли, Кахети и Самцхе. У самого Исмаила было лишь 7 тысяч воинов. Исмаил выиграл сражение. Первый шах Сефевидов Исмаил I (он был потомком династии Сефевидов в кызылбашском Иране) стал господствовать на огромной территории от Аму-Дарьи до Евфрата.

2. Царь Давид X. В 1505 году в Картли воцарился сын Константина II Давид X. К тому времени обострились отношения между Картли и Кахети. Кахетский царь Георгий II (Ав-Георгий) несколько раз выступил против Картли. Борьбу против Ав-Георгия возглавил Баграт, брат Давида X. Баграт попросил у царя в наследство Мухрани и тем самым заложил основу ветви Мухранбатони династии Багратионов. В 1513 году Ав-Георгий вступил в Картли, но был схвачен Багратом и заключен в крепость, где он и скончался. Воспользовавшись пленением Георгия, Давид X занял Кахети, правда, всего на несколько лет.

Усиление государства кызылбашей представляло серьезную опасность и для османов (турок). Против Исмаила I выступил султан Селим I. В 1514 году Исмаил потерпел жестокое поражение. После победы над Исмаилом Селим I перенес свое внимание на Египет, что дало возможность Исмаилу активизировать борьбу за господство на Южном Кавказе.

В 1518 году в Картли вторглись кызылбаши. Давид X счел бессмысленным продолжать сопротивление и решил заключить с Ираном мир с условием выплаты дани. Кахетинцы воспользовались тяжелой ситуацией, сложившейся в Картли, и посадили на престол сына Ав-Георгия Левана. Давид X пытался сохранить за собой Картли, но тщетно.

В 1520 году в Картли вновь вторглись кызылбаши. Давид оказал им сопротивление, но потерпел неудачу. Враг занял Тбилиси, поставил здесь свой гарнизон и у Авлабарского моста построил мечеть. В 1524 году Исмаил умер. Престол занял его десятилетний сын Тамаз. Давид X воспользовался малолетством Тамаза и освободил Тбилиси от кызылбашей. В 1525 году Давид отрекся от престола и постригся в монахи. По закону должен был воцариться его сын Луарсаб, но на престол взошел брат Давида Георгий IX (1525–1527). Луарсаб занял картлийский престол с помощью имеретского царя Баграта III (Луарсаб был женат на дочери Баграта III).

3. Царь Луарсаб I (1527–1556). Луарсаб понимал, какая опасность угрожала разрозненной Грузии. Иран и Турция активно боролись за господство над Грузией. Луарсаба беспокоила судьба не только Картли, но и всей Грузии. Он понимал, что необходим был прочный и надежный союз всех царей и князей Грузии. Луарсаб и Баграт действовали согласованно: в 1535 году Баграт III подчинил себе Самцхе, а Луарсаб I занял Джавахети. К сожалению, другие грузинские князья и цари не поддержали Луарсаба и Баграта.

В 1541 году шах-Тамаз вторгся в Картли. Враг подошел к Тбилиси и занял его. Царь тем временем со своей семьей находился в Мцхета на похоронах своего малолетнего сына. Царь устроил Тамазу патризанскую войну и нанес ему огромный урон.