Большая часть территории Самцхе-Саатабаго была захвачена османами, но борьба с ними продолжалась. Атабаг Манучар II пытался воспользоваться противоречиями между Ираном и Турцией и с помощью Ирана изгнать османов. С этой целью в 1605 году Манучар вел переговоры с иранским шахом Аббасом I. Шах сам стремился завоевать всю Самцхе-Саатабаго, и видя, что союз с Манучаром ему наруку, он пообещал ему помочь.

После смерти Манучара борьбу с османами возглавила его жена, дочь Симона I – Елена. Во время Ирано-турецкой войны ей удалось с помощью картлийского войска взять Ахалцих (в этой борьбе участвовали и кызылбаши). Шах-Аббас признал атабагом Самцхе сына Манучара – Манучара III. На данном этапе шах удовлетворился вассальной зависимостью атабага и не проявлял своих истинных намерений. Главной задачей шаха было убедить атабага и все население княжества в своем лояльном к нему отношении. К сожалению, грузины не смогли сохранить за собой Ахалцих – османы вновь заняли его.

Картли и Кахети, сами занятые ожесточенной борьбой с кызылбашами, не могли оказать помощь Самцхе. Следует отметить, что некоторые грузинские политики (Теймураз I) собирались использовать османов для борьбы с кызылбашами. Османы умело пользовались этим, а Иран не собирался отказываться от Самцхе. В 20-ых годах XVII века иранцы заняли Ахалцих. Шах поставил здесь своего наместника, который тотчас приступил к окызылбашиванию населения. Ясно было, что истинные намерения Ирана и Турции по отношению к Грузии ничем не отличались друг от друга. Примечательно, что и Иран, и Турция стремились захватить именно Самцхе и Ахалцих. Остальные части Месхети: Тао, Кларджети, Шавшети, Кола, Артаани уже давно были завоеваны Турцией. Этим было обусловлено участие самцхийского атабага Манучара III в битве против кызылбашей при Марабде (1625). До этого Манучар собирался с помощью кызылбашей выступить против османов.

После Марабдинской битвы и уничтожения кызылбашей в Ксанском ущелье, Георгий Саакадзе перешел в Самцхе. В 1625 году в Аспиндзской битве он разбил иранцев и взял значителные крепости – Ацкурскую и Хертвисскую. После этого иранцы сами покинули Ахалцих. Георгий Саакадзе обратился за помощью к турецкому султану Мураду IV, который пообещал ему помощь, но на деле ничего не сделал. Османы в тот момент вели бои за взятие Багдада. Султана устраивало, чтобы иранцы прислали свое войско в Грузию, так как это облегчало османам борьбу. Поэтому султан советовал Георгию продолжить борьбу. Георгий вскоре покинул Самцхе и вернулся в Картли.

Манучар III был вынужден явиться к султану и изъявить ему свою покорность. Султан был бы рад иметь в его лице союзника в войне с Ираном. Поэтому он на сей раз пошел на «уступки» и утвердил Манучара атабагом, не потребовав от него отречения от христианства. На обратном пути к Самцхе Манучар был отравлен своим дядей. Османы воспользовались создавшейся ситуацией и в 1628 году Чилдырским (Ахалцихским) пашой назначили омусульманившегося дядю Манучара Сафара-пашу.

В 1639 году между Ираном и Турцией был заключен договор, согласно которому все княжество Самцхе-Саатабаго осталось за Турцией. Таким образом, Грузия потеряла третью часть своей территории. Судьба грузин Самцхе-Саатабаго зависела только от них самих, так как помощи ждать было неоткуда. Оставшись один на один с врагом, самцхийцы вынуждены были либо покинуть Самцхе, либо омусульманиться. Лишь определенная часть самцхийского населения сохранила свою православную веру. К этому периоду относится распространение католичества в Самцхе-Саатабаго. Османы католиков притесняли меньше, чем православных. Поэтому часть самцхийцев мусульманству предпочла католическую веру.

Грузии не удалось вернуть себе свои исконно грузинские земли Самцхе-Саатабаго. Тем не менее грузины не прекращали борьбу против османского владычества.

XVI–XVII века – один из самых тяжелых периодов в истории Грузии. Страна была раздроблена на части. В результате ирано-турецкой агрессии резко сократилось население, экономика пришла в полный упадок. Все это, естественно, оказало свое воздействие на развитие культуры.

Значительным событием в истории грузинской культуры было издание первой грузинской печатной книги. В Италии по инициативе Никифоре Чолокашвили был напечатан грузинско-итальянскийсловарь. Никифоре Чолокашвили был послом Теймураза I в Европе. В 1626–1629 году он имел встречи с испанским королем Филиппом IV и Римским папой Урбаном VIII, но его миссия оказалась безрезультатной. В восьмилетнем возрасте Никифоре был послан в Италию учиться. Его отдали в греческую школу, где он стал монахом. Это был всесторонне образованный человек; он владел французским, испанским, итальянским, арабским, турецким языками. В 40-ых годах XVII века был настоятелем Иерусалимского Крестового монастыря и кандидатом Иерусалимского патриаршества.

1. Очаги культуры и просвещения. Молодежь получала образование в семьях и церквах– монастырях. Крупных просветительских центров в Грузии в это время уже не существовало. В XVII веке в Грузию приезжали католики-миссионеры с целью распространения католической веры. Они открывали свои школы, в которых обучали: грузинскому, латинскому, итальянскому языкам, а также другим предметам. Одаренную молодежь посылали учиться в Европу. Открытые католиками-миссионерами школы функционировали в Тбилиси, Гори, Кутаиси, хотя некоторые грузинские феодалы с самого же начала посылали своих детей учиться за границу, однако их число было невелико.

Тбилиси вновь оставался мощным очагом просвещения. Одним их значительных просветительских центров оставался Гелатский монастырь. Особенно возрос его престиж после того, как сюда была перенесена резиденция абхазского католикоса. Культурная деятельность протекала также в епископских и княжеских центрах просвещения. Продолжали функционировать грузинские монастыри в Иерусалиме и на Афонской горе, хотя и в тяжелых условиях. В южной Грузии были совершенно уничтожены грузинские культурные центры.

2. Историография. До нас дошло всего несколько исторических сочинений XVI–XVII веков.

В XVI веке была создана фамильная летопись рода Джакели, известная под названием «Хроника месхетинских псалмов». В ней повествуется в основном история Самцхе-Саатабаго в 60–80-х годах XVI века. Здесь мы находим сведения и о других уголках Грузии. Автор летописи неизвестен. Полагают, что им должен был быть один из представителей рода Джакели – современник описываемых событий. В XVII веке в Иране подвизался грузинский историк Парсадан Горгиджанидзе, воспитанный при дворе Ростом-хана. Ростом-хан отправил Парсадана в Картли на свою должность таруга. Парсадан Горгиджанидзе написал историю Грузию с древнейших времен до 1696 года. Особый интерес и значительность представляет последняя часть сочинения, где излагается история Грузии XVII века, так как он был очевидцем многих фактов и явлений, описываемых им в этой части. В то же самое время он привлекает в своем сочинении и многие сведения иранских историков. Труд Парсадана Горгиджанидзе является ценным источником по истории Грузии.

В 30–40-ых годах XVII века по указанию супруги Ростом-хана царицы Мариам был переписан летописный сборник «Картлис Цховреба», поэтому эта копия называется «Мариамовским» списком летописного свода. Во второй половине XVII века была сделана еще одна копия «Картлис Цховреба», автор которой неизвестен.