XVI–XVIII века – один из самых тяжелых периодов в истории Грузии. В ожесточенной борьбе грузинского народа за свое спасение от физического и духовного вырождения церковь всегда была рядом и выполняла огромную роль. Духовные лица непосредственно принимали участие в борьбе и жертвовали жизнью за свою родину. Так, в Марабдинском сражении руставский и харчашнельский епископы пали смертью героя на поле битвы.

В XV веке Грузия распалась на царства и княжества. Стремясь к обособлению и полной независимости, некоторые цари и князья посягали даже на целостность грузинской церкви. Особенно усердствовали в этом отношении самцхийские мтавары. Мцхетские католикосы рьяно защищали единство и неприкосновенность церкви. Когда иерусалимский патриарх находился в Самцхе, атабаг Мзечабуки решил воспользоваться этим и предпринял попытку отделения от грузинской церкви. Католикос Доротей II оказал ему упорное сопротивление.

В 1518 году при католикосе Басили VI Самцхе вновь подчинилась мцхетскому престолу. Атабаг Кваркваре написал книгу верности католикосу Басили.

Попытки отделения от единой грузинской церкви отмечались и в Кахети, однако царь Симон I и католикос Доменти I (1556–1560) своими энергичными мерами не допустили разделения грузинской церкви. В силу сложившейся тяжелой обстановки в Западной Грузии имеретский царь Баграт III Бичвинтский церковный центр перенес в Гелати. В тот период абхазским католикосом был Эвдемон I (1557–1578). На церковном собрании, состоявшемся в те годы в Западной Грузии, присутствовал мцхетский католикос. Собрание приняло решение о введении смертной казни за участие в торговле пленными. Строгие меры наказания были предусмотрены и за другие преступления. С сепаратистскими устремлениями в Кахети вновь пришлось бороться картлийскому католикосу Николозу VII (1561–1584).

Тяжкие испытания, выпавшие на долю Грузии, переживала и грузинская церковь. Служителям церкви приходилось вести свою службу в крайне тяжелых условиях. В 1614 году во время нашествия шах Аббаса вместе с Луарсабом II и Теймуразом у имеретского царя нашел приют и католикос Иоанэ IX (1612–1616). Когда шах потребовал у имеретского царя выдачи Луарсаба и Теймураза Георгий III послал к нему для переговоров абхазского католикоса Малакия II Гуриели. Малакиа в то же время был мтаваром Гурии и имел деловые отношения с католическими миссионерами.

Грузинское духовенство активно участвовало в политической жизни страны. В период царствования Ростома хотя официально христианство не преследовалось, но насаждались мусульманская религия и персидские обычаи. Все это вызвало беспокойство в церковных кругах. В 1612 году в заговоре против Ростома вместе с картлийскими тавадами и Теймуразом I участвовал католикос Эвдемоз I. После раскрытия заговора по приказу Ростома Эвдемоз был схвачен и умерщвлен в тюрьме.

Грузинская церковь причислила Эвдемоза к лику святых.

В конфликте, возникшем в Картлийском царстве между Георгием XI и Ираклием I католикос Николоз IX занял позицию Георгия и всячески поддерживал его. К прибывшему в Тбилиси картлийскому царю Ираклию католикос Николоз не соизволил явиться. Ираклий отстранил его от должности католикоса и назначил на его место своего дядю Иоана X. По всей вероятности, были отстранены и другие духовные лица и назначены преданные царю люди.

В 1705 году на церковном собрании Вахтанг VI вновь выдвинул кандидатуру Николоза IX, но собрание не согласилось с ним. Католикосом был избран брат царя Доменти IV, который всегда оказывал поддержку царю. После отъезда Вахтанга в Россию Доментий IV укрывался в Ксанском ущелье. Он вел активную деятельность против османов, за что и просидел девять лет в турецкой тюрьме. После освобождения из турецкого плена вернулся в Картли и до 1742 года был здесь католикосом. Первейшей заботой абхазских католикосов была непримиримая борьба против торговли пленными. Они заставляли тавадов и мтаваров дать клятвенное обещание, что не примут участия в этом постыдном деле. Абхазский католикос Григол II (1696–1742) пригрозил рачинскому эриставу и Дадиани, что прекратит богослужение, если в их владениях не будет запрещена продажа пленных. Григол II заботился о тех грузинах, которые жили между Кодори и Ингури на территории, входящей в Абхазию. Жестокое притеснение и преследование вынуждало их покидать насиженные места и переселяться в безопасное место. Григол II помогал грузинским беженцам и экономически. Католикос вел переговоры с князьями Шарвашидзе об освобождении пленных грузин и их поселении на новой территории. В 1759 году по инициативе Соломона I состоялось церковное собрание. Был восстановлен Кутаисский кафедральный собор. Церковь была освобождена от налогов. Повторно были утверждены права абхазского католикоса на принадлежащие ему владения. Собрание осудило торговцев пленными. В этот период католикосом был Бессарион, брат рачинского Эристава Ростома. Он был явным противником Соломона I. Бессарион был послан братом к Ахалцихскому паше за помощью против царя Соломона. Но политическая ситуация изменилась и Ахалцихский паша пленил Бессариона. Однако Бессариону удалось бежать из плена. Он явился к Дадиани, который назначил его одишским католикосом. Царь Соломон I на место Бессариона назначил католикосом своего брата Иосифа. После Иосифа католикосом стал Максиме II (1776–1795). Максиме был кутаисским митрополитом, когда царь Соломон I отправил его послом в Россию. Однако между царем и католикосом произошел конфликт. Католикос Максиме не разрешил царю похоронить своего сына, Александра в Гелатском монастыре, так как у него была незаконная жена. Ввиду этого конфликта Максиме перешел в Картли и вернулся в Имерети только после смерти Соломона. Он оказался последним абхазским католикосом, так как Россия после завоевания Имерети, упразднила абхазский католикосат.

Верным единомышленником Теймураза I и Ираклия II был католикос Антон I. Ради благополучия родины он не жалел сил и энергии и всегда оказывал поддержку царям. Католикос Антон I пользовался большим авторитетом и уважением. Он (в светской жизни – Теймураз Багратиони) был сыном брата Вахтанга VI – Иесе. Его матерью была дочь Ираклия Елена. Начальное образование Антон получил в монастыре Давид-Гареджи. В конце 30-ых годов XVIII века Антон постригся в монахи в Гелатском монастыре. Был настоятелем Гелатского монастыря и митрополитом Кутаиси. В 1744 году Антон был избран католикосом-патриархом. Именно он венчал на Картлийское царство Теймураза II. Во время конфликта между Ираклием и Абдула-бегом Антон осудил поступок брата и встал на сторону царя. Антон навел порядок в церкви. По его указу были собраны все древние рукописи и основана библиотека, в которой содержалось около 7 тысяч книг. Антон I сблизился с находящимися в Тбилиси католиками-миссионерами и с их помощью старался улучшить систему образования в стране. Однако этим воспользовались его противники во главе с царским духовником – Закария Габашвили (отцом Бесики) и обвинили его в католицизме. В 1755 году по этому обвинению Антон был отстранен от должности католикоса. После этого он отправился в Россию, где синод оправдал его и назначил архиепископом во Владимире. В 1764 году царь Ираклий II вернул его и восстановил католикосом. Учениками Антона были: Филипе Каитмазашвили, Гайоз Ректор, Давид Алекси-Месхишвили. В 1788 году Антон I скончался.

После Антона I католикосом был Антон II, сын Ираклия II. Антон II занимал эту должность до упразднения Россией автокефалии грузинской церкви в 1811 году.