Неплохо начал и «Спартак», хотя в ряде случаев приходилось решать сложные проблемы, как, например, в матче открытия чемпионата с «Металлургом», в котором он уже к 10-й минуте проигрывал 0:2, а незадолго до завершения встречи — 2:3. Глазков всё же спас своей команде очко. Блеснул результативностью в этой игре лучший бомбардир «Металлурга» предыдущего сезона С. Капелькин, забивший в ворота чемпиона два гола. Игра Капелькина произвела впечатление и на представителей военного ведомства: вскоре после игры согласно официальному сообщению Капелькин «был призван в ряды РККА». Новобранец пришёлся армейцам ко двору. Вместе с Федотовым они забили около четырёх десятков мячей. Благодаря отличной «боевой выучке» бывших «рабочих-металлургов» команда ЦДКА стала самой результативной в чемпионате.

В последующих восьми матчах спартаковцы одержали пять побед, три игры завершили вничью и с 14 очками возглавили турнирную таблицу. Тринадцать очков было у «проспавшего сигнал стартера» московского «Динамо» (поражения в первых двух турах) и двенадцать — у «Трактора». Чемпионат этот оказался самым удачным в истории сталинградской команды, в чём немалая заслуга самого молодого тренера в истории советского футбола Юрия Ходотова. К одному из многочисленных рекордов, установленных в 1938 году, имел непосредственное отношение и тренер «Трактора», которому исполнилось тогда всего 24 года. То, что Ходотов был моложе многих своих подопечных, не помешало ему создать интересный, самобытный, сплочённый и довольно сильный футбольный коллектив, осмелившийся в 1939 году замахнуться на святая святых — монополию московских клубов. Всего за пять туров до финиша сталинградцы шли вровень с ЦДКА и «Спартаком». Но на заключительном отрезке то ли от нехватки опыта, то ли от усталости, то ли от страха (счастье ведь было так близко) наступил провал (всего три очка из десяти возможных), отбросивший команду на четвёртое место. Но всё это будет потом. А пока матч «Трактор» — «Спартак» стал центральным в десятом туре. Сталинградцы отлично провели встречу и забили в ворота Жмелькова три мяча (два — Пономарёв и один — Проворнов). Победив со счётом 3:1, они догнали лидера. Однако в следующих двух играх последовали два чувствительных и на первый взгляд труднообъяснимых поражения: 2:4 от «Стахановца» и 1:7 от «Сталинца». О причинах неудач поведал своим читателям 18 июля «Красный спорт»:

Как оказалось, сразу же после завершения матча «Трактора» со «Спартаком» футбольные «гангстеры» из Москвы, представлявшие два силовых ведомства, тайно увезли ведущих игроков сталинградской команды в столицу. Пономарёву было уготовано место в «Динамо», Проворнову — в ЦДКА. Сейчас невозможно предположить, как развивалась закулисная борьба, известно лишь, что эта поистине детективная история имела счастливый конец: футболистам «Трактора» удалось избавиться от мёртвой хватки, что в те годы случалось весьма редко. По забавной случайности переход Капелькина в ЦДКА и похищение сталинградских форвардов последовали после того, как они отличились в матчах со «Спартаком». Вот как опасно было забивать голы чемпиону.

Как же отреагировал «Спартак» на проигрыш в Сталинграде? Как и в предыдущем сезоне, с одной лишь разницей: если в 1938 году после неудач команда разражалась сериями из четырёх побед, то теперь они стали вдвое короче. На сей раз под горячую руку чемпиона попали динамовцы Одессы (8:0) и Киева (3:1). Развить успех спартаковцы не сумели и по ставшей уже для них печальной традиции проиграли «Металлургу», уступив лидерство динамовцам Москвы. Но ненадолго. После очередных двух побед (над ленинградскими клубами) «Спартак» лидерство вернул, а затем с графика сбился. Наступил спад, и, как следствие, ни одной победы в последующих шести встречах (пять ничьих и одно поражение). Трудно судить о том, что же случилось с командой, однако упрекнуть её в безволии язык не повернётся. Не шла игра, соперники всё время вели в счёте, но спартаковцы боролись до конца, проявляя неистребимый дух, присущий этой команде на протяжении многих лет.

Очень трудно складывался матч с московским «Динамо». Большую часть времени чемпион защищался. Защита играла с повышенной нагрузкой, блестяще действовал в воротах Акимов, но и он в конце первого тайма вряд ли смог бы помочь команде, пробей Назаров одиннадцатиметровый поточнее. За 18 минут до завершения встречи динамовцы гол всё же забили. Беда, как известно, не приходит одна. Тут же у спартаковцев удаляется Степанов. И в довершение всех бед — ещё один пенальти. Якушин бьёт мимо. Судья требует одиннадцатиметровый повторить. К мячу снова подходит Назаров. На сей раз его сильный удар отражает Акимов. А на 79-й минуте вышедший на замену Глазков, тоже с пенальти, словно полученного в награду за пережитые страдания, счёт сравнял. В следующей игре в Киеве «Спартак» попал в ещё более сложное положение, проигрывая к середине второго тайма 0:2, но опять сумел отыграться. По такому же сценарию развивались события и в поединке с «Торпедо»: снова 0:2, и снова спасено очко на последних минутах. Все четыре гола в двух последних встречах забил лучший бомбардир команды В. Семёнов.

Перед заключительными пятью турами «Спартак», ЦДКА и «Трактор» имели по 27 очков, у вышедших из тени тбилисцев было двумя очками меньше. Именно матч с тбилисским «Динамо» и стал центральным событием на финишной прямой. В случае победы над лидером южане получали неплохие шансы на первое место, учитывая, что заключительные четыре встречи им предстояли на своём поле. Потому они и ринулись с самого начала на ворота Жмелькова. Но тот был в ударе и брал всё, что попадало в площадь ворот. А когда голкипер достал мяч из «девятки» после удара Бориса Пайчадзе с близкого расстояния, на стадионе долго не смолкали аплодисменты.

Увлёкшись атаками, тбилисцы пропустили три контрвыпада «Спартака», который в течение восьми минут забил три гола. Эта победа значительно подняла акции спартаковцев. К тому же в осеннюю непогоду забуксовала техника: и сельскохозяйственная («Трактор»), и оборонная (ЦДКА). Получив в «эндшпиле» материальный перевес, чемпион уверенно его реализовал, отштамповав победы в последних трёх играх с одинаковым счётом 3:1.

Но и после выявления чемпиона страсти в связи с обострившейся борьбой за второе место между тбилисским «Динамо» и ЦДКА не утихали. Ситуация сложилась такая: армейцы, проводившие последний матч, на очко (по потерянным) опережали соперников и, стало быть, могли ограничиться ничьей. Тбилисцам же и в предстоящей встрече, и в двух последующих необходимо было только побеждать. Поединок конкурентов вновь состоялся в Тбилиси. Это был первый случай в истории чемпионатов СССР, когда оба матча прошли на поле одной из сторон. Таким образом, был нарушен ещё один, казалось, незыблемый пункт Положения, по которому при двухкруговом турнире команды проводят игры на своём и чужом поле. По календарю игра армейцев с тбилисцами должна была состояться в Москве. Но её отложили на более поздний срок. Переносов в 1939 году было много — несколько десятков. Матчи переносились по поводу и без. Иногда причиной переноса могла стать болезнь одного-двух футболистов. Причём последовательности никакой не было: подобную причину для одной команды могли счесть вполне уважительной, для другой — нет. Матч ЦДКА — «Динамо» (Тбилиси) откладывался неоднократно, пока в Москве не ударили морозы. Тогда решили играть в Тбилиси. Непонятно, что мешало провести игру на нейтральном поле в одном из городов Закавказья, Средней Азии или Крыма? Армейцы неожиданно согласились ехать в Тбилиси. Неужто они были так уверены в себе? Судя по счёту первого тайма (тбилисцы проигрывали 1:4), так оно и было.