«Хроніка Захарія» відома у двох рукописах: «Афон 1480» та «Р. VII. 132» — останній ще називають «Патріаршою версією». «Афон 1480» — манускрипт in quarto, написаний напівуніальним шрифтом, зберігається в бібліотеці Рільського монастиря в Болгарії, де й був знайдений 1923 року. Перша із двох версій «Хроніки» була записана, вочевидь, самим Захарієм із Зографу, можливо, за записами, які він зробив біля смертної постелі Стефана. Незважаючи на його заяву, що він «записував кожне слово», мабуть, рукопис зазнав значної переробки, бо відзначається досконалістю, якої неможливо досягти у чернетці, і має лише одне виправлення. Оригінал цього рукопису, можливо, зберігався в бібліотеці Зографу принаймні до 1814 року, оскільки бібліографія Зографу, датована цим роком, у якій перелічуються манускрипти п’ятнадцятого й шістнадцятого сторіччя, містить назву цього рукопису. Про нього знову стало відомо в Болгарії, коли болгарський історик Атанас Ангелов знайшов його захованим у палітурці книги вісімнадцятого сторіччя із трактатом про життя святого Георгія (Георгій 1364.21) у бібліотеці Рільського монастиря. Ангелов 1924 року перевірив, що в Зографу не було цього примірника. Невідомо й незрозуміло, як оригінал потрапив з Афона в Ріль, хоча, можливо, це піратські рейди на Афон у вісімнадцятому й дев’ятнадцятому сторіччях відіграли головну роль у переміщенні цього рукопису (та інших численних важливих документів й артефактів) зі Святої гори Афон.

Друга і єдина відома копія чи версія «Хронік» Захарія — «Р. VII. 132», або «Патріарша версія», — зберігається в бібліотеці Вселенського патріархату в Константинополі і палеографічно датована серединою або кінцем шістнадцятого сторіччя. Мабуть, це пізніша версія копії, надісланої патріархові настоятелем Зографу ще за життя Захарія. Оригінал цієї версії, ймовірно, супроводжувався листом від настоятеля до патріарха. У листі настоятель попереджає патріарха про можливу єресь у Болгарії в монастирі Светі Георгі. Листа більше немає, хоча, можливо, заради обережності та збереження таємниці настоятель Зографу попросив Захарія скопіювати рукопис, аби відправити його до Константинополя, а оригінал залишив у бібліотеці Зографу. Через п’ятдесят і навіть через сто років після створення документ усе ще вважали настільки важливим, що його копіювали в бібліотеці Вселенського патріархату. «Патріарша версія», що являє собою пізнішу копію листа із Зографу, відрізняється від «Афона 1480» однією деталлю: до неї виключено ту частину розповіді, де йдеться про те, що бачили ченці під час чергування біля трупа в церкві на Снагові (дослівно від рядка «Один чернець бачив, як звір…»і до рядка «безглаве тіло князя сіпнулося й намагалося встати»). Можливо, цей уривок виключили з пізньої копії, щоб користувачі Патріаршої бібліотеки не виявили небажаної інформації про єресь, описану Стефаном, або для того, щоб не афішувати забобони щодо мерців — такі хибні вірування керівництво церкви забороняло. «Патріаршу версію» важко датувати, хоча ця копія є в каталозі Патріаршої бібліотеки з 1605 року.

Остання риса схожості, разюча й загадкова, існує між двома відомими версіями «Хроніки». Обидва рукописи обірвані рукою практично в тому самому місці. «Афон 1480» закінчується словами «Я зрозумів…», у той час як у «Патріаршій версії» є продовження: «що це була не чума, а…». Після цього обидва документи були повністю обірвані уздовж рядка, можливо, щоб викинути частину розповіді Стефана, де оповідалося про ще більшу єресь або інше зло в монастирі Светі Георгі.

Ключем до дати ушкодження рукопису може бути виноска в бібліотечному каталозі, у якому «Патріарша версія» позначена як «незавершена». Ми цілком можемо припустити, що кінцівка цієї версії була відірвана до 1605 року. Проте не можна з’ясувати: ці обидва акти вандалізму було скоєно одночасно чи відірвана кінцівка одного рукопису змусила зробити те саме із другим, тільки пізніше. Ми також не можемо дізнатися, наскільки збігалися кінцівки обох цих рукописів. Але, ґрунтуючись на точній подібності «Патріаршої версії» до рукопису із Зографу, за винятком відсутності згадуваного уривку, можна стверджувати, що розповідь, вочевидь, закінчувалась однаково, принаймні, кінцівки двох документів були дуже схожі. Більше того, той факт, що частина «Патріаршої версії» була відірвана, незважаючи на виключений уривок про надприродні події в церкві на Снагові, свідчить на користь того, що відірвана частина все-таки була пов’язана з єрессю або злом у монастирі Светі Георгі. Більше серед балканських манускриптів не було знайдено жодного випадку, коли виправлялися б копії однакових документів, що знаходяться на відстані сотень миль одна від одної.

«Хроніка Захарія із Зографу» публікувалась до цього часу двічі. Перше видання було перекладом грецькою з ґрунтовним коментарем. Воно входило до книги Ксантоса Константиноса «Історія візантійських церков, 1849». 1931 року Вселенський патріархат надрукував брошуру зі слов’янським оригіналом. Атанас Ангелов, який знайшов версію Зографу 1923 року, планував видати її з великим коментарем, але його смерть 1924 року перешкодила йому здійснити задумане. Деякі з його нотаток були оприлюднені посмертно в журналі «Балканскі історично преглед» 1927 року.

Цю історію я, Захарій смиренний, почув від мого брата у Христі, Стефана Мандрівника із Царграда. Він прийшов у наш монастир Зографу 6987 (1479) року. Тут він розповів нам про дивні й незвичайні події свого життя. Стефану Мандрівникові, коли він прийшов до нас, було п’ятдесят три роки. Він був мудрою, набожною людиною, побачив багато країн. Ми вдячні Богоматері за те, що вона привела його до нас у Болгарію, куди він прийшов із багатьма ченцями з Валахії, зазнавши мук від безбожних турків і побачивши смерть своїх друзів, закатованих у місті Хасково. Він і його брати везли через безбожні землі реліквії чудотворної сили. Із цими реліквіями вони пройшли у глиб Болгарії, і слава про них прокотилася по всій землі. Коли проїжджала процесія, християни, жінки й чоловіки, ставали уздовж доріг, кланялися їм або цілували край візка. Отак ці святі мощі були перевезені в монастир Светі Георгі, де вони й були поміщені в раку. Тому, попри те, що монастир був малий і знаходився у відлюдному місці, багато прочан приходили туди з монастирів Рілі й Банково або зі Святої гори Афон. Але Стефан Мандрівник був першим, кого ми знали з тих, хто був у Светі Георгі.

Звертало на себе увагу те, що, коли він жив із нами кілька місяців, він майже не говорив про монастир Светі Георгі, хоча розповідав багато історій про інші місця, у яких він побував, він ділився з нами знаннями з усією своєю щирістю і доброчесністю, аби ми, проживши все життя в одній країні, дізналися про чудеса християнських церков у інших землях. Так, одного разу він розповів нам про каплицю на острові Котор у Венеціанському морі, такому маленькому острові, що хвилі вдаряються об колоту з її чотирьох стін. Він розповів нам також про монастир святого Стефана, що знаходиться на острові за два дні шляху на південь узбережжям, де він узяв ім’я покровителя церкви, відмовившись від власного. Він розповів нам ще багато чого, навіть те, що бачив страшних монстрів у Мармуровому морі.

Найчастіше він розповідав нам про церкви й монастирі міста Константинополя, якими вони були до зруйнування безбожними полчищами султана. Він із пошаною описував нам безцінні чудотворні ікони, такі, як образ Богоматері у соборі святої Софії та її ікона у святилищі Блачерне. Він бачив могили святого Іоана Златоуста й імператорів, а також голову благословенного святого Василія в церкві Святого Спасителя та інші численні мощі. Нам і йому пощастило, адже коли він був молодий, то вирушив із міста в мандри і тому був далеко, коли диявол Мехмед побудував поблизу могутню фортецю, щоб атакувати місто, а незабаром і зруйнував стіни Константинополя, убив і поневолив його шляхетних жителів. Коли Стефан був уже далеко і почув про це, він оплакував разом з усім християнським світом спаплюжене місто.