В то время как Ордин-Нащокин склонял шведских послов к «вечному миру», он получил неприятное известие. Его сын Воин, умный и исполнительный молодой человек, во время отсутствия отца (а он замещал его по должности) покинул родину, уехав сначала в Данциг, а затем по Францию.

Это объясняют тем, что Воин получил образование на западный лад (его учителями, в основном, были поляки). Царь простил Афанасию Ордииу-Нащокину проступок сына.

В апреле переговоры со шведами продолжались, но безуспешно: король Карл X Густав умер и шведские послы объявили, что они по этой причине не могут согласиться на «вечный мир». В мае шведы заключили мир с Польшей (Оливский мир), который был направлен против России. На русских послов как со стороны шведов, так и с польской стороны начался нажим. По просьбе Ордина-Нащокина вместо него послом в Швецию для переговоров назначили князя Ивана Семеновича Прозоровского. Шведы уже не хотели уступать ничего. 21 июня 1661 г. был подписан «вековечный Кардисский мирный договор». Россия снова уступила Швеции все занятые в Ливонии города. Кокенгаузен, Дерпт, Мариенбург, Нейгаузен, Сыренск. Условия мира для русских были тяжелыми. Но обстоятельства требовали уступок, так как опять заволновалась Украина. Польша брала верх, татары грозили нападением, казна была пуста.

Военные действия с Польшей фактически не прекращались. Иван Хованский взял Брест, выжет его. Поляки попытались овладеть находившимся в руках русских Вильно, но безуспешно. Русские войска под командованием Хованского 18 нюня 1660 г. в Волоне (Полонке) потерпели поражение от поляков. Хованский бежал в Полоцк. В плен попали двое его сыновей —  Петр и Семен, а также князь Семен Лукич Щербатый. Не совсем удачно действовал в Могилеве и другой русский воевода — Юрий Алексеевич Долгорукий. На юге страны дела шли еще хуже. Поляки уговаривали Юрия Хмельницкого взять их сторону.

Василий Шереметев и Юрий Хмельницкий шли к Львову. В местечке Любары русские войска были окружены большими польскими силами и 60-тысячным войском татар. В русском стане наступил голод, решили пробиваться из окружения. 4 октября 1660 г. произошло ожесточенное сражение, но войска Шереметева и Хмельницкого так и не смогли вырваться из вражеского кольца. Хмельницкий начал переговоры с поляками и татарами.

Поляки попросили Хмельницкого явиться в их стан. 8 октября гетман Украины приехал к ним. Поляки, помня богатыря-отца, изумились, увидев черноволосого 18-летнего мальчика, скромного, неловкого, молчаливого. 9 октября 1660 г. Юрий присягнул польскому королю.

11 октября основная часть казацкого войска во главе с полковником Тимофеем Цецурой все-таки пробилась сквозь ряды татар и поляков. Василий Шереметев оказался в безвыходном положении. 23 октября он решил начать переговоры с поляками. В Чуднове (на реке Тетерев) заключили тяжелый для России мир. Плененного Василия Шереметева отправили в Крым. Москва снова была в печали. Поступили плохие вести с Дона. Под Азовом турки высадили военный десант. Туда же пришел с большим войском крымский хан.

Хмельницкий сам хотел сложить с себя гетманские полномочия, но поляков он устраивал, поэтому они упрашивали его остаться гетманом Украины. Юрий поссорился со своими полковниками. 10 ноября 1660 г. состоялась Рада, на которой Хмельницкому снова вручили гетманскую булаву. Но Черная Рада (собрание казацких представителей с участием крестьян) была недовольна. 11 ноября 20 тысяч казаков собрались у дома Хмельницкого, но гетман не выходил к ним. Свою печать запорожцы отдали новому писарю Павлу Тетере. Дядя Юрия Хмельницкого переяславский полковник Яким Семенович Самко с казаками стоял за царя и Россию. Запорожцы также были за царя. Начал самостоятельно действовать с дружиной лихой казацкий полковник Иван Серко.

В Москве не знали истинного положения дел на Украине. Царь направил туда в декабре 1660 г. стрелецкого голову Ивана Полтева, который установил, что гетманства одновременно добивались несколько казаков. В их числе были Яким Самко, Василий Золотаренко, Иван Брюховецкий. Самко советовал, чтобы Западная Украина отошла к Польше и чтобы при малороссийском гетмане постоянно находился великороссийский чиновник. На Самко начались доносы.

В январе 1662 г. многочисленные отряды крымских татар ворвались в севские места и захватили много пленных. Севский боярин князь Григорий Куракин напал на татар и освободил из неволи 20 тысяч русских. Татары дошли до Путивля, но воеводой Иваном Лобановым-Ростовским были отброшены.

Весной 1662 г. состоялась Рада, но этому предшествовали военные действия Хмельницкого против своего дяди Самко. Гетман потерпел поражение. В конце 1662 г. Юрий Хмельницкий отказался от гетманства и ушел в монахи. Гетманом Правобережной (Западной) Украины был избран Павел Иванович Тетеря.

Между тем продолжалась борьба за гетманство в Левобережной (Восточной) Украине. Наконец, 18 июня 1663 г. состоялась знаменитая Черная, или Генеральная, Рада, на которой гетманом Левобережной Украины избрали Ивана Мартыновича Брюховецкого. Противники нового гетмана были смещены, многих казнили. Эта же участь постигла Самко и Золотаренко.

Польские войска, возобновив военные действия против России, захватили Гродно, Могилев, Вильно. Царское войско в Белой Руси находилось в плачевном состоянии. Русские вынуждены были вступить с поляками в переговоры. Переговоры проходили очень тяжело. Даже вопрос о размене пленными согласовывался трудно. Но все же поляки освободили знатных пленников, а русские отпустили польских солдат из Смоленска даже без размена.

Осенью 1663 г. гетман Иван Брюховецкий сообщил царю, что он приступом взял города Поток, Кременчуг. Удачно действовали на юге Украины московский воевода Григорий Касогов и казацкий полковник Иван Серко, которые доходили до Перекопа. Ян Казимир вел военные действия на Восточной Украине, но шли они безуспешно.

В январе 1664 г. Серко отправился за Буг и Днепр, где вторгся в турецкие владения. В том же году поляками был убит Иван Евстафьевич Выговский. Брюховецкий объявил, что Выговский погиб от поляков «за христианство». Начались военные действия на Правобережной Украине. Татары помогли полякам.

В январе 1665 г. в Москву прибыли послы гетмана Брюховецкого. Весной военные действия для русских войск на Украине начались удачно. Были взяты Канев, Белая Церковь. Вскоре гетман Восточной Украины сообщил о своем намерении прибыть в Москву.

13 сентября гетмана принял царь. Прием был обычный, посольский. Брюховецкий был пожалован в бояре. Царь предложил Брюховецкому жениться на дочери князя Дмитрия Алексеевича Долгорукого. Из Украины дошли дурные вести о междоусобицах, что вызвало необходимость быстрого возвращения гетмана на Украину. Видя, что ни Россия, ни Польша не могут «перетянуть» Правобережную Украину, один из руководителей казачества — Петр Дорофеевич Дорошенко — взял сторону Турции. Дорошенко стал преемником гетмана Правобережной Украины Тетери. Он стал действовать против тех, кто был предан Москве. Епископ Мефодий написал в Москву гетману Брюховецкому отчаянное письмо, в котором просил его быстрее возвратиться в войско. В феврале 1666 г., гетман Левобережной Украины возвратился из Москвы к казакам.

В Запорожье и Переяславле (на Украине) началась казацкая смута. К казакам прибыл посланец царя дьяк Фролов. Казачество высказалось против гетмана-боярина. На Брюховецкого царю написали жалобу, а киевский воевода Петр Шереметев указал на его корыстолюбие. Против гетмана ожесточилось и духовенство.

Возобновились сношения России с Польшей. Послом определили Афанасия Лаврентьевича Ордина-Нащокина. Переговоры начались 30 апреля 1666 г. в Андрусове (под Смоленском). Поляки проявили неуступчивость. В итоге, лишь в январе 1667 г. было заключено перемирие. Так окончилась в Восточной Европе опустошительная русско-польская 13-летняя война. Она началась вследствие событий на Украине, где народ не хотел жить под властью поляков.

Перемирие, заключенное с Польшей, казалось ненадежным. Киев был отдан России лишь на два года. Но война не возобновилась до второй половины XVIII в., и Андрусовское перемирие 1667 г. перешло в «вечный мир». Напрасно Польша надеялась, что она так же, как Россия, переживет внутренний разброд и сможет вскоре вернуть себе былое могущество. В течение еще полутора веков в Польше было неспокойно.