Таким образом, свершилось желание властолюбца. Но Годунов еще лицемерил. Он отказывался от престола, предлагая на это место бояр и князей. Наконец Годунов решительно отрекся от короны, но патриарх и бояре не теряли надежды. Все ждали Великого собора, который должен был состояться через шесть недель после смерти Федора. Годунов хотел, чтобы не одна Москва, а вся Россия призвала его на престол. Между тем Борис жил в монастыре, а государством правила Дума, советуясь с патриархом. Но указы писались именем царицы Александры (монашеское имя Ирины).

Начались неповиновения и беспорядки в Смоленске, Пскове и других городах. Разнеслись слухи о вторжении крымских татар. Все благоприятствовало Годунову, и все было им устроено хитро и умно.

17 февраля 1598 г. в Москве открылась Земская дума, или Государственный собор, где присутствовало более 500 человек. Такого еще не было со времен Рюрика. Казалось, что все ждали одного: как сироты найти скорее отца и знали, в ком его искать.

Все громогласно кричали и призывали в цари Годунова. В зале присутствовали старинные русские рода: Шуйские, Сицкие, Воротынские, Ростовские, Телятевские, однако они не претендовали на престол.

20 февраля Иов объявил Годунову, что не только Москва, а вся Россия избрала его в цари, но и после этого Борис отказался от царствования. Народ требовал царя, отца, Бориса! Снова просили Александру дать согласие на царствование ее брата. Наконец все услышали слова милости. Глаза царицы, до этого нечувствительной, наполнились слезами, и она дала согласие заступить брату на ее место. Годунов еще долго не соглашался принимать корону, но затем, как бы нехотя, «сдался». Итак, Борис Годунов стал царем. Народ ликовал.

26 февраля 1598 г. Москва встречала нового царя. Патриарх вторично благословил Бориса на царство, осенил крестом его жену — царицу Марию Григорьевну, юного сына Федора и дочь Ксению. Борис с семьей еще жил в Новодевичьем монастыре. Ирина неоднократно просила его царствовать не в келье, а на престоле Мономаха. Наконец 30 апреля состоялся торжественный въезд царя в столицу. Этот день остался в памяти народа как один из торжественнейших праздников.

Царь представил народу жену, давно известную благочестием и добродетелью, 9-летнего сына и 16-летнюю дочь ангельской красоты. В этот день по всей столице были расставлены столы с яствами, все — от патриарха до нищего — были желанными гостями царя. Москва не видела такой роскоши даже во времена Иоанна Грозного. Борис не хотел жить в палатах, где скончался Федор, он занял половину Ирины, расширив ее.

Годунов уже царствовал, но еще без короны и скипетра. Он хотел, чтобы церковь утвердила престол за ним и его родом. Однако вместо скипетра Борис прежде всего взял в руки меч, спеша доказать, что безопасность отечества ему дороже короны и жизни. Еще в марте Годунов узнал о приготовлении татар к войне. В короткий срок было собрано огромное войско. Но слухи о неприятеле внезапно смолкли. То ли Борис принял мнимое за действительность, то ли, попросту говоря, сам спровоцировал эти слухи, чтобы выглядеть перед россиянами рьяным защитником отечества — неизвестно. Ясно одно: вместо татарского войска в страну явились послы Казы-Гирея.

Патриарх просил Годунова венчаться на престол, но он отложил это торжество на 1 сентября. Наконец Годунов был возведен на царство. Торжества прошли пышно и весело.

При Годунове в Сибири началось активное строительство городов. Были построены Верхотурье (1598 г.), Мангазея и Туринск (1600 г.), Томск (1604 г.). За короткий период население Сибири значительно возросло. Одним словом, если Иоанну IV Сибирь досталась случайно, то государственный ум Бориса надежно и прочно закрепил эти необъятные земли за Россией.

Во внешней политике в царствование Бориса особых изменений не произошло. Донские казаки набегами тревожили Крым, а крымские татары —  Белгородскую землю. В делах с Литвой и Швецией Годунов также старался возвысить достоинство России. С первой — было заключено перемирие на 20 лет. Установились тесные связи с Данией.

Борис искал для своей дочери Ксении достойного жениха среди европейских принцев. Выбор пал на датского принца Иоанна, который в это время воевал под знаменами Испании, 10 августа 1602 г., жених был уже в устье реки Нарва. Затем принца на лодках перевезли в Ивангород. Ехали медленно, в день не более 30 верст. Миновали Новгород, Валдай, Торжок и Старицу. В Москве его встретили с почестями, поселили в Китай-городе. 28 сентября состоялось торжественное представление жениха. Царь и царица ждали Иоанна в Кремле. Увидев его, они встали, нежно обняли и долго беседовали с ним. Все смотрели на жениха с любовью, пленялись его красотой. Годунов уже видел в нем будущего сына. Но пока жених не видел Ксении. Он только слышал о ней, о ее красоте. Иоанн не обманулся в своих ожиданиях.

Современники пишут, что Ксения была среднего роста, полна телом, стройна, имела черные волосы — густые и длинные, лежащие на плечах, лицо свежее, румяное, брови «союзные», несказанной красоты глаза —  большие, черные. Не менее Ксения пленяла и душой, умом и тонким вкусом. Она любила книги и душевные песни. Обручение и свадьбу отложили до зимы.

Иоанн вел себя благоразумно, но то, чего искренне желали россияне и датчане, о чем молились родители невесты, не было угодно провидению. На обратном пути из Троицe-Сергиевой лавры в селе Братовщина царь узнал о болезни жениха. Болезнь усиливалась. 28 октября в 6 часов утра Иоанн на 20-м году жизни скончался. Все были в горести. Узнав о смерти жениха, Ксения упала к ногам отца без чувств.

Годунов был упрям и настойчив в достижении своих целей. Снова начались поиски жениха для Ксении в той же Дании, Австрии, Англии. В Грузии русский посол Татищев нашел для нее красивого царевича Теймураза, сына Давида, но вскоре Теймураз был отдан шаху для службы. Одновременно приглядывали невесту для Федора Годунова.

В итоге всех поисков женихом Ксении стал грузин Хоздрой, которого выбрал тот же Татищев. Двадцатитрехлетний жених был высок и строен, имел красивое, чистое лицо, глаза карие, нос с горбинкой, волосы темно-русые, ус тонкий. В разговорах Хоздрой был умен и речист, знал турецкий язык, а также иверскую грамоту. Одним словом, жених был хорошим. Но, очевидно, Годуновым Хоздрой не очень полюбился.

Невестой для Федора выбрали младшую сестру Хоздроя Елену. Отец Георгий померил рост дочери деревцем и показал Татищеву мерку, чтобы сравнить ее с ростом царевича Федора. Как описывают современники, Елена (ей было лишь 10 лет) была прелестной, красивой. Лицо ее было белым от природы, она имела черные выразительные глаза, небольшой нос, темные волосы, прямой стан.

Русский посол хотел забрать в Москву жениха и невесту, но их отец отпустил только сына. Договорились, что невесту отправят несколько позднее. Но и Хоздрой не доехал до столицы, так как в Дагестане произошло столкновение русских отрядов с турками — и путь на север был закрыт неприятелем.

Отношения России с Турцией были странными. Под флагом крымского хана турки еще во времена Иоанна Грозного без объявления войны порой доходили до Астрахани. Весной 1605 г. соединившись с кумыками, лезгинами, аварцами, турки вступили в Дагестан, где находился князь Владимир Долгорукий, имея небольшое войско. Произошла страшная сеча, ибо русские, опасаясь попасть в плен, предпочитали смерть в бою. В битве погибли 6-7 тысяч русских воинов. Россияне вынуждены были покинуть Дагестан и лишь через 118 лет вновь появились здесь.

В усердной любви к гражданскому образованию Борис превзошел всех древнейших правителей России. Он имел намерение завести в стране школы и даже университеты. В Священную Римскую империю в 1600 г. был послан Иоанн Крамер, который должен был подобрать там и привезти в Москву профессоров и докторов. Но это важное намерение Годунова не исполнилось: вмешалось духовенство, которое возразило против такого предприятия царя. Однако Годунов все же направил 18 молодых боярских детей в Лондон, Любек и Париж учиться у иноземцев. В то же время царь пригласил в страну многих иностранцев не только из числа художников, ремесленников, но и чиновников. В 1601 г. Борис принял 35 ливонских дворян и граждан, изгнанных из страны поляками.