Три солдата, отправленные с манифестами Петра III в Санкт-Петербург для распространения их в народе, встретили Екатерину при ее выезде из города и отдали ей все бумаги. Петр метался. Сначала он хотел защищаться в Ораниенбауме, но затем решил плыть в Кронштадт.

В 10 часов вечера 28 июня Петр III на галере и яхте со свитой отплыл в крепость. В первом часу ночи галера и яхта приплыли в Кронштадт. Но в Кронштадте именем Екатерины II уже начальствовал Талызин, а Девьер, посланный Петром, сидел под арестом. Кораблям велено было удалиться. Суда поплыли назад. Женщины были в панике. Миних, как мог, помогал Петру III. Он предлагал плыть в Ревель и с померанским войском прибыть в Россию. Но Петр решил возвратиться в Ораниенбаум и начать переговоры с Екатериной.

Императрица, отойдя 10 верст от Санкт-Петербурга, остановилась в Красном Кабачке, чтобы дать возможность отдохнуть войску. Она перехватывала всю почту, направляемую Петру и идущую от него.

В 5 часов утра 29 июня Екатерина опять села на лошадь и выступила из Красного Кабачка. В Сергиевой пустоши сделали вторую небольшую остановку. Здесь императрицу встретил вице-канцлер князь А.М.Голицын, который привез от императора условия переговоров. Петр предлагал Екатерине разделить с ним власть. Ответа не последовало. Затем приехал генерал-майор Измайлов и объявил, что император намерен отречься от престола. Екатерина поручила ему устроить это дело. Петр подписал отречение, составленное Тепловым.

В 5 часов утра 29 июня 1762 г. гусарский отряд под начальством поручика Алексея Орлова занял Петергоф. В первом часу дня Григорий Орлов и Измайлов привезли туда отрекшегося императора и поместили в дворцовый флигель. Вечером Петра III отвезли в Рокшу в загородный дворец, что был расположен в 27 верстах от Петергофа.

30-го июня 1762 г. императрица Екатерина Алексеевна торжественно вернулась в Санкт-Петербург. Фридрих II негодовал, он сказал: «...Петр позволил свергнуть себя с престола как ребенок, которого отсылают спать».

Ликование по поводу восшествия на престол Екатерины усиливалось еще и тем, что перемена произошла без пролития крови.

За свое кратковременное царствование Петр III не смог сделать многого. Однако следует отметить, что в его правление вышел манифест о вольности дворянства (1762 г.), то есть дворяне были освобождены от обязательной службы, имели право выхода в отставку и свободный выезд за границу. Уничтожили Тайных розыскных дел канцелярию. Учредили Государственный банк. Перестали преследовать раскольников.

Окончились заботы Екатерины о приобретении власти, начались более тяжкие — о ее сохранении. Сразу же ликвидировали ненавистный Императорский совет. Все видные участники событий 28 июня были щедро награждены повышениями по службе. Гетман Украины Кирилл Григорьевич Разумовский, Никита Иванович Панин и князь Михаил Никитич Волконский получили пожизненные пенсии по 5 тысяч рублей в год. Княгиня Екатерина Романовна Дашкова была пожалована в кавалеры ордена Св. Екатерины и получила денежное вознаграждение. Григорий Григорьевич Орлов стал камергером, Алексей Григорьевич Орлов — секунд-майором Преображенского полка. Оба были награждены Александровскими лентами. Их брат Федор Григорьевич получил звание капитана Семеновского полка. Каждый из братьев Орловых получил в тому же по 800 душ крестьян. Григорию Николаевичу Теплову выделили 20 тысяч рублей. Награждены были также два брата, ярославские купцы, известные основатели русского театра — Федор Григорьевич и Григорий Григорьевич Волковы. Они получили дворянство и по 700 душ крестьян.

Екатерина спешила возвратить двоих опальных прежнего царствования — бывшего канцлера Алексея Петровича Бестужева-Рюмина и бывшего генерал-прокурора князя Якова Петровича Шаховского.

В первые дни царствования императрица пользовалась советами преимущественно двух лиц — Никиты Ивановича Панина и старого сенатора Петра I Ивана Ивановича Неплюева.

Лица, близкие или считавшиеся близкими к бывшему императору Петру III, вначале подверглись кратковременному аресту. В их числе значились генерал-адъютант А.В.Гудович, конференц-секретарь Д.В.Волков и генерал-поручик А.П.Мельгунов. Гудович вышел в отставку и удалился в свою вотчину — в Черниговскую губернию. Волкова отправили вице-губернатором в Оренбург, но ненадолго. Мельгунов был временно удален на Украину.

Екатерина не сочла позволительным для себя не быть великодушной относительно человека с европейской известностью. Речь идет о графе Б.Х.Минихе.

Он был произведен в генерал-директоры «над Балтийским и Нарвским портами, Кронштадтским и Ладожским каналами, Волховскими порогами».

6 июля пришло известие о насильственной смерти Петра III. В манифесте по этому поводу Екатерина писала: «В седьмой день после принятия нашего престола Всероссийского, получили мы известие, что бывший император Петр III обыкновенным прежде часто случавшимся ему припадком гемороидическим впал в прежестокую колику... и по воле Всевышнего Бога скончался...».

Изготовление короны императрица Екатерина поручила И.И.Бецкому, который пришел в восторг и рассыпался в благодарностях.

Из 25 сенаторов 20 отправились в Москву на коронацию. Среди них были граф А.П.Бестужев-Рюмин, граф А.Г.Разумовский, князь Н.Ю.Трубецкой, граф А.Б.Бутурлин, канцлер граф М.И.Воронцов, граф А.И.Шувалов, писатель А.П.Сумароков, граф П.Г.Чернышев, князь И.В.Одоевский, князь А.М.Голицын, граф П.Б.Шереметев, князь Я.П.Шаховской, граф Н.И.Панин, граф М.К.Скавронский, князь М.Н.Волконский, граф Р.И.Воронцов, граф И.И.Воронцов, князь М.М.Голицын, князь А.В.Суворов, И.О.Брылкин. Пятеро сенаторов остались в Санкт-Петербурге.

1 сентября 1762 г. Екатерина покинула Санкт-Петербург, 13-го числа она торжественно въехала в Москву. Коронация происходила 22 сентября. По этому случаю была выбита специальная медаль.

Екатерина осталась довольной москвичами. Но среди части офицеров нередко упоминалось имя Иванушки (Иоанна Антоновича). После свидания Петра III со шлиссельбургским узником его участь не была облегчена. 29 сентября Екатерина дала указание о встрече с Иоанном Антоновичем. При личном свидании с ним императрица убедилась, как нелепы были толки людей, не видевших бывшего императора и думавших, что она может скрепить свои права на престол, выйдя замуж за правнука царя Иоанна Алексеевича (Иоанну тогда было 22 года, Екатерине 33 года). Иоанн был отвезен обратно в крепость. Все это содержалось в глубочайшей тайне. О неспособности к правлению Иоанна знали очень немногие люди.

Попытки высвободить бывшего императора из неволи и возвести на трон все-таки были. Такой заговор, правда незначительный, произошел в 1762 г. Его быстро раскрыли. В числе заговорщиков оказались Петр Хрущов и Семен Гурьев (сосланы на Камчатку), Иван и Петр Гурьевы (сосланы в Якутск). Дело заговорщиков было ничтожное, но оно произвело на Екатерину сильное впечатление. 4 июля 1764 г. также была сделана попытка свергнуть с престола Екатерину II и посадить на ее место шлиссельбургского узника. Это задумал осуществить подпоручик Смоленского полка Василий Яковлевич Мирович. Попытка освободить Иоанна Антоновича окончилась неудачно. Узник при его освобождении был убит, Мирович 15 сентября казнен.

Все ожидали, что Екатерина продолжит внешнюю политику, проводившуюся Елизаветой. Но фельдмаршал П.С.Салтыков, находясь в Пруссии, получил указание выйти из этой страны. Императрица сообщила, что она будет соблюдать мир с пруссаками. Этот мир ей был необходим для укрепления внутреннего положения страны. Назревал также «польский вопрос». Со дня на день ждали смерти короля Августа III. На ослабленную Польшу были обращены также взоры Пруссии, Австрии, Турции, Швеции, Франции.

При Петре III вместо Федора Матвеевича Воейкова русским послом в Варшаве был назначен граф Карл фон Кейзерлинг. Екатерина оставила его на этой должности. Несчастный Август III всеми силами хотел удержать Курляндию, где находился его сын Карл. Но эта вотчина была отведена русским двором Э.И.Бирону. 6 октября 1763 г. Екатерина получила от Кейзерлинга известие о смерти Августа III.