Внезапно по всей Руси разнеслась весть, что жена царя Ирина беременна. Через несколько месяцев царица родила дочь Феодосию, которую крестили 14 июля 1592 г. Опять пошли слухи, что у Ирины якобы родился сын, а Годунов подменил его девочкой. Но на следующий год, ко всеобщему сожалению, Феодосия умерла. И снова подозрения пали на Бориса.

Во внешней политике Федор мог бы гордиться успехами, достигнутыми за годы его правления. Надеясь на крымских татар, шведский король Иоанн III отверг перемирие, и его генерал Мориц Грип вступил в Новгородскую землю. Однако вскоре шведы отступили.

Летом 1591 г. шведы снова появились на русской земле, поддерживая татар, которые разоряли южные области России. Шведами был взят г. Сумской острог на Белом море. Для отражения неприятельских сил из Москвы на север была послана дружина стрельцов во главе с братьями Андреем и Григорием Волконскими. В 1592 г. русские войска выжгли некоторые селения и города Финляндии, взяв несколько тысяч пленных. Шведы не отважились на битву: сидели только в Выборге и Або. В феврале 1593 г. войска россиян возвратились в столицу. Видя, что татары — плохие союзники, шведский король в конце жизни искренне стал желать мира. На два года Россия и Швеция заключили перемирие, а в 1595 г. между ними в Тявзине был заключен «вечный мир». России были возвращены города Ям, Копорье, Ивангород, Орешек, Ниеншанц. 25 ноября 1592 г. шведский король Иоанн III умер, и престол наследовал его сын, польский король Снгизмунд III Ваза, который ненадолго (до 1599 г.) объединил Швецию и Польшу в одно государство. Но Сигизмунд, поддерживая во всем поляков и литовцев, унижал достоинство шведов. Он хотел, чтобы шведский народ отказался от протестантской религии и вернулся в католическую, но народ негодовал, и Сигизмунд вынужден был бежать из Стокгольма.

Обескровленный походом на Россию, крымский хан снова стал собирать войска, чтобы восстановить свое имя и честь перед султаном. Желая усыпить бдительность Федора, Казы-Гирей писал царю ласковые письма, но одновременно татары опустошали Рязанскую и Тульскую земли. Их отряды промышляли также под Каширой. России вновь был нанесен существенный ущерб.

Федор Иоаннович попытался установить белее тесные отношения с Турцией, но видя, что крымского хана с помощью Турции обуздать не удастся, русские начали усиленно строить города-крепости. Восстановили древний Курск, обновили Ливны, Кромы, Воронеж, построили Белгород, Оскол, Валуйку. Хан, по договоренности с султаном, запросил у России мир. В ноябре 1592 г. послы съехались под Ливнами, и после этого татары почти три года не беспокоили русские границы.

В 1595 г. Федор объявил себя владыкой многолюдной Киргизской (Казахской) Орды. Это произошло по обоюдному согласию царя Федора и казахского хана Тевкеля (Тевеккеля). Причем казахи приняли российское подданство добровольно, без всякого насилия.

Русские крестьяне искони имели в стране гражданскую свободу, но без недвижимой собственности. Крестьянин мог свободно переходить с места на место в назначенный законом срок с условием обрабатывать часть земли для себя, другую для господина. В 1592 и 1593 гг. были приняты указы, которые уничтожили право свободного перехода крестьян из волости в волость, из села в село и навеки закрепили их за своими господами. В 1597 г. вышел указ царя, в котором предусматривалось, что беглые крестьяне при их поимке в течение пяти лет любым путем должны быть возвращены своим хозяевам вместе с женами, детьми и имуществом.

Чтобы защитить запад России от внешних врагов, Годунов в 1596 г. приказал построить каменную крепость в Смоленске. Строительство этой крепости закончилось в 1600 г.

При правлении Федора Москва украшалась новыми сооружениями. Обновился весь Китай-город, так как старые постройки в 1595 г. уничтожил пожар, когда Москву попытались поджечь из-за корысти. Князь Василий Щепин-Ростовский и другие, запалив несколько домов, хотели расхитить богатую казну, хранившуюся в Покровском соборе. Воры были пойманы и казнены у Лобного места.

Пережив всех грозных правителей на Руси, каким-то чудом еще оставался один удельный великий князь в Твери — Симеон Беркулатович, известный тем, что во времена опричнины был объявлен Иоанном Грозным «великим князем». Симеон, по указанию Годунова, был ослеплен, так как Борису показалось, что ему из Твери прислали отравленное вино.

Сам Федор Иоаннович, и в цветущей юности не имевший иной мысли, кроме как о спасении души, в конце жизни еще меньше заботился о мирской жизни и о своем царстве. Царь Федор ходил и ездил из обители в обитель, приглашая греческих высших священнослужителей в Москву, и много молился. В конце 1597 г. Федор тяжело заболел. 6 января 1598 г. открылись явные признаки близкой смерти. Царь постепенно лишился зрения и слуха, он постоянно обращал свой угасающий взор на Годунова. Бояре безмолвствовали. Народ любил Федора как последнего царя крови Рюрика и Владимира Мономаха. Перед смертью Федор написал духовную грамоту, в которой указывал, чтобы держава перешла в руки Ирины. Главными советниками трона были назначены двое — патриарх Иов и шурин царя Борис Годунов.

Перед смертью Федор беседовал с Ириной наедине. Содержание этой беседы осталось неизвестным. 7 января 1598 г. в час дня Федор испустил дух, без судорог и трепета, незаметно, как бы заснул тихо и сладко...

... Царица Ирина упала на тело мужа и потеряла сознание. Годунов напомнил, чтобы присутствующие присягнули царице. Все с ревностью исполнили этот долг. Случай был, конечно, беспримерный, ибо мать Иоанна Грозного — Елена Глинская властвовала только от имени малолетнего сына. Ирине же отдавали державу и скипетр Мономаха со всеми правами и неограниченной властью.

Бедная вдова терзалась, билась в отчаянии, не слушала ни братьев, ни патриарха. Из ее уст то и дело вырывались слова: «Я вдовица бесчадная... Из-за меня гибнет корень царский!». 8 января 1598 г. состоялось погребение Федора Иоанновича в храме Св. Михаила Архангела, рядом с могилой Иоанна IV.

«Так прекратилось на московском троне знаменитое варяжское поколение, которому Россия обязана бытием, именем и величием» (Н.М.Карамзин). К общей сложности род Рюрика правил на Руси 736 лет!

Скоро столица узнала, что вместе с Ириной вдовствует и царский трон, что венец и скипетр лежат на нем праздно, что Россия, не имея царя, не имеет и царицы.

Никогда Борис Годунов не был так деятелен. Ему было уже 46 лет. Нельзя было больше упускать время — и он действовал. Через девять дней после кончины Федора объявили, что Ирина отказывается от царства и навеки отправляется в монастырь. Эта весть поразила Москву. Представители высшего духовенства, царские чиновники, дворяне, горожане пали перед венценосной вдовой, неутешно плакали и заклинали не оставлять их в ужасном сиротстве. Но на царицу, до того мягкосердечную, не повлияли их моления. Она ответила, что ее воля неизменна и что государством будут править бояре вместе с патриархом. В тот же день Ирина выехала из Кремля в Новодевичий монастырь и под именем Александры приняла постриг и вступила в сан инокини. Россия осталась без главы, а Москва — в тревоге и волнении.

Что же делал в это время Годунов? Он также затворился в монастыре и молился там. Казалось, что Борис, подобно сестре, отверг мир, величие, власть и государственное кормило. Но кормчий неусыпно бодрствовал в тесной монастырской келье и твердой рукой держал царство.

Узнав о пострижении Ирины, духовенство, чиновники и горожане собрались в Кремле, где государственный дьяк и печатник Василин Щелкалов требовал, чтобы они целовали крест в пользу Боярской думы, но никто не хотел этого делать. Все кричали: «Не хотим ни князей, ни бояр, знаем только царицу!». Им разъяснили, что Ирина уже не вернется. Тогда было сказано: «Итак, да царствует брат ее!». Никто не дерзнул противиться, противоречить. Все восклицали: «Да здравствует отец наш Борис Федорович! Пусть он будет преемником матери нашей царицы!». Немедленно все пошли к собору. Патриарх Иов просил монахиню Александру, чтобы она дала согласие на передачу престола Борису Годунову. Иов обратился к Годунову, смиренно предлагая корону.