Одни полки пошли «воевать» Финляндию, другие — Ливонию. Основные силы направились к Нарве. В январе 1590 г. был взят г. Ям. Князь Хворостинин разбил 20-тысячное войско шведов и «втоптал» их в Нарву. Город был переполнен людьми, запасов было немного. Главный шведский воевода Банер, оставив в крепости необходимое число воинов, ночью ушел к Везенбергу. За ним вдогонку сразу же устремилась русская конница. Шведы бросили обоз, пушки. В плен были взяты многие знатные чиновники. 4 февраля 1591 г. россияне окружили Нарву. Одновременно они беспрепятственно опустошили Эстонию (до Ревеля) и Финляндию (до Або). Шведский король Иоанн III имел больше мудрости, чем силы. Начались переговоры. Русские требовали Нарву и всю Эстонию. Но шведы уступили России только Ивангород и Копорье. Заключили перемирие на год и условились: судьбу Эстонии решить на будущей встрече послов. Царь Федор спешил возвратиться к супруге Ирине в Новгород, а затем в Москву.
Вскоре король Швеции Иоанн III упрекнул своего военачальника Горна в малодушии и объявил, что подписанный им договор не имеет силы. Шведы снова запросили у русских города Ям, Ивангород и Копорье. Об Эстонии речи не шло. Но даже шведские воины не хотели воевать, возмущались действиями короля и кричали: «Не хотим кровопролития!». Воспользовавшись этой ситуацией, русская дипломатия усилила нажим на шведов, в результате чего к России перешла Карелия. Когда послы разъехались, шведский генерал Бое в ту же ночь осадил Новгород, но мужественный воевода города Иоанн Сабуров в смелой вылазке наголову разбил шведов.
Воюя со Швецией, русский царь желал соблюсти мир с Литвой. Между тем 600 литовских казаков разбойничали в южных пределах России. Они сожгли город Воронеж. В январе 1591 г. Россия и Литва договорились о перемирии.
Закончив войны, Россия наслаждалась миром, но в душе ее фактического правителя Бориса Годунова мира не было. В это время его авторитет у россиян и во многих европейских державах был очень высоким. Стремясь возвеличиться и думая о своем будущем, Борис не мог забыть о подрастающем царевиче Дмитрии. Борису предсказывали корону на семь лет. Он восклицал: «Хотя бы семь дней, но только царствовать!». Во всяком случае, он уже не таился от самого себя, знал, чего хочет. Ожидая смерти царя Федора, располагая волей царицы, наполнив Думу, двор, приказы родственниками и друзьями, Годунов, примеряясь к царской короне, не сомневался и в преданности патриарха. Он хотел быть родоначальником новой царской династии и уже был близок к этому. Гибель Дмитрия была неизбежной.
Сначала Годунов хотел объявить Дмитрия незаконнорожденным, но передумал, так как не было для этого достаточных оснований. Тогда распустили слухи, что шести- или семилетий сын Иоанна IV имеет характер отца. Якобы Дмитрий любит кровь и муки, но многие утверждали, что Дмитрий рос умным и благородным ребенком.
Историки до сих пор делятся на тех, кто считает Бориса Годунова организатором убийства царевича Дмитрия, и тех, кто связывает его гибель с несчастным случаем. Изложим версию о том, как Годунов изводил и погубил царевича. По наущению Годунова, как повествует источник, мамка царевича боярыня Василиса Волохова и ее сын Осип дали Дмитрию яд, но он не подействовал на мальчика. Предлагали погубить царевича дворянам Владимиру Загряжскому и Никифору Чепчугову, но те отказались. Нашли «надежного» человека — дьяка Михаила Битяговского, который, осыпанный золотом Годунова, уехал в Углич. Вместе с Битяговским прибыли туда его сын Данила и племянник Никита Качалов. Успех казался легким, но за сыном неустанно смотрела мать, Мария Нагая. Она сама его кормила, ходила с ним на прогулки.
Настал трагический день 15 мая 1591 г. К вечеру, в шестом часу, царица с сыном возвратилась из храма и собиралась обедать. Ее братьев во дворе не было, слуги носили кушанья. В это время Волохова позвала Дмитрия гулять во двор. Царица, думая идти с ним же, в каком-то рассеянии на минуту остановилась. Кормилица пыталась удержать царевича, сама не зная для чего, но мамка силой вывела его из горницы в сени к нижнему крыльцу. Там их встретили Осип Волохов, Данила Битяговский и Никита Качалов. Осип, взяв Дмитрия за руку, сказал: «Государь, у тебя новое ожерелье?». Тот с невинной улыбкой поднял голову и ответил: «Нет, старое». И в этот момент над царевичем блеснул нож убийцы, который, едва коснувшись гортани Дмитрия, выпал из рук Волохова.
Закричав от ужаса, кормилица обняла своего державного питомца. Волохов убежал, но Данила Битяговский и Качалов вырвали раненого царевича, убили его и бросились прочь с лестницы. Именно в этот момент из сеней на крыльцо вышла царица Мария, а девятилетний мученик уже лежал окровавленный в объятиях той, которая воспитала и пыталась защитить его своей грудью. Дмитрий скончался, не услышав даже крика отчаяния матери.
Через минуту город стал неузнаваем. Бил набат. Улицы заполнились народом. Все увидели мертвого царевича, а возле него мать и кормилицу — обе были без памяти. Но имя убийц уже было названо. Они не успели или не хотели скрываться и закрылись в одном из домов. Тогда к толпе вышел главарь убийц Михаил Битяговский. Он пытался доказать народу, что якобы произошел несчастный случай и Дмитрий сам убил себя ножом «в падучей болезни». «Душегубец!» — завопила толпа. Камни посыпались в убийцу Данилу Битяговского, который искал убежища в доме с одним из соучастников злодейства Данилой Третьяковым. Народ схватил и убил их. Были убиты также Михаил Битяговский и Никита Качалов. Третий убийца, Осип Волохов, был схвачен и приведен в церковь Спаса, где уже стоял гроб Дмитрия. На глазах царицы Осипа умертвили. Убили также трех слуг Михаила Битяговского. Мамку оставили в живых для дачи показаний, а убийц похоронили без церковного отпевания.
Из Углича к царю послали гонца, но он был перехвачен людьми Годунова. Грамоту взяли и переписали, сказав в ней, что царевич в судорожном припадке заколол себя ножом из-за «небрежности» Нагих, которые якобы оклеветали дьяка Битяговского и его ближних в убийстве царевича. С этим подлогом Годунов и поспешил к Федору.
Царь горько плакал, но всему поверил. В Углич для разбора дела были посланы Андрей Клешнин (помощник в злодействе) и князь Василий Иоаннович Шуйский, брат которого был убит Годуновым. Прибыв в Углич, Шуйский и Клешнин осмотрели убитого царевича, собрали духовенство и граждан. Шуйский спросил: «Каким образом Дмитрий от небрежности Нагих заколол сам себя?». Ему назвали истинных убийц. Тогда допросы начали проводить тайно. После был составлен отчет-заключение царю. Обвинили близких и родных Нагих, особенно Михаила, брата вдовствующей царицы. Всех обвиняемых привезли в Москву, снова допрашивали. Бывшую царицу без ее воли постригли в монахини и отвезли в вологодские земли, на Выксу (близ Череповца). Человек 200 горожан Углича были казнены, многих заточили в темницу. Убийц перезахоронили по церковному обряду.
Но среди безмолвия двора и церкви все же был слышен ропот. Вскоре он затих, так как в Москве случился большой пожар, отвлекший мысли горожан от этого несчастья. Годунов проявил большую милость. Он раздавал горожанам деньги, строил новые дома. Москвитяне вновь начали ревностно славить Годунова.
Вскоре второе событие отвлекло столичных жителей от убийства Дмитрия. 26 июня 1591 г. в Москву пришло известие, что крымский хан Казы-Гирей опустошает Россию и идет на Москву. И действительно, 150-тысячное войско татар шло к Туле. Главное войско русских стояло в Новгороде и Пскове. В Москве объявили тревогу. 3 июля хан перешел Оку и направился прямо к столице. К русским войскам выехали царь Федор и Годунов.
Казы-Гирей встал в селе Коломенском. Вскоре войска сошлись в бою. Горожане наблюдали битву со стен Кремля. Бились целый день. За час до рассвета татары отступили. Русские преследовали войска хана. У Оки было взято в плен более тысячи татар, а в Крым возвратилось не более одной трети татарского войска. Этот поход для крымского хана оказался самым неудачным.
Царь вручил награды победителям. Борису с царского плеча была жалована шуба с золотыми пуговицами в 1000 рублей. Ему же были подарены города и новый титул — «слуга царя». Но торжество Бориса окончилось для россиян пытками и казнями, когда заговорили, что Годунов привел татар в Россию специально, чтобы «унять вопль России о жалостном убиении Дмитрия».
