Митрополит Дионисий, Шуйские, их друзья решили от имени всей России просить царя Федора, чтобы он развелся с бесплодной супругой, отпустив ее, и взял бы другую, чтобы иметь наследника. Выбрали, как пишут, и невесту: сестру князя Федора Мстиславского, отец которого, низверженный Годуновым, умер в Кириллово-Белозерской обители в 1586 г. Написали грамоту и утвердили ее целованием креста.
Но Борис, имея множество преданных ему людей, узнал об этом заговоре. Без гнева, без укоризны он пытался усовестить митрополита. Дионисий извинился, дал слово не разлучать супругов. Годунов обещал не мстить виновникам заговора. Несчастную княжну Мстиславскую, как опасную соперницу Ирины, постригли в монахини.
Годунов пользовался и низкими средствами для достижения своих целей. Однажды слуга Шуйских пришел во дворец и сообщил, что его господа в заговоре с московскими купцами и думают изменить царю. Шуйских взяли под стражу. Были взяты также князья Татевы, Урусовы, Колычевы и другие. Собрался суд, допрашивали обвиняемых и свидетелей, но никто не подтвердил клеветы доносчика. Однако суд не оправдал подозреваемых. Шуйских удалили, князя, боярина Андрея Иоанновича, главного виновника, сослали в Каргополь, князя Иоанна Петровича — в Белоозеро, у князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского (старшего в роду) отняли наместничество и не разрешили жить в Москве. Других виновников сослали в Буйгород, Галич, Шую, Вологду, Нижний Новгород, Сибирь. Семи купцам, участвовавшим в заговоре против Ирины Годуновой, на площади отсекли головы. Пока еще не трогали митрополита, но он не захотел быть робким зрителем происходящих событий. Митрополит перед лицом царя назвал Годунова клеветником, тираном, доказывая, что Шуйские и его товарищи невиновны. То же самое говорил и архиепископ Крутицкий Варлаам. Вскоре Дионисия заточили в Хутынский монастырь, а Варлаама — в Новгородский. Борис дал указание удавить двух главных Шуйских — Андрея Иоанновича и знаменитого князя Иоанна Петровича. Так погиб герой Пскова, которого знала вся Европа.
С этого времени начались злодейства Бориса Годунова. Смирив двор опалой Шуйских, духовенство — свержением митрополита, а граждан столицы — казнью знатных московских гостей, окружив царя и заняв Думу своими близкими родственниками, Годунов уже не видел никакого сопротивления, никакой для себя опасности до конца жизни царя Федора.
Современники царя так описывают его быт. Федор вставал обычно в четыре часа утра и ждал духовника в спальне, полной икон, освещенной днем и мочью лампадами. После встречи с духовником, он шел к жене Ирине. В девять часов утра Федор слушал литургию, в одиннадцать — обедал, после обеда спал не менее трех часов, затем снова шел в церковь к вечерне. Все остальное время до ужина царь проводил с супругой, шутами и карликами, развлекаясь их кривляниями или слушая песни. Иногда Федор любовался работой своих ювелиров, золотарей, живописцев. Вечером, готовясь ко сну, он опять молился. В праздничные дни царь забавлялся медвежьей травлей.
Внутренне радуясь полному бездействию царя, хитрый Годунов постоянно старался возвысить Ирину в глазах россиян, одним ее державным именем, без Федора, издавая милостивые указы, прощая или жалуя людей.
12 декабря 1586 г. скончался Стефан Баторий — один из знаменитейших венценосцев мира того времени и опаснейший противник правителей России.
Из Литвы и Польши пришли слухи, что вельможные паны хотят избрать себе нового государя и что претендентами на это место могут выдвинуть шведского королевича Сигизмунда (племянника вдовы Стефана Батория) и царя России Федора Иоанновича. Послом из Москвы в Литву был послан Елизарий Ржевский. Паны ответили Федору, что их государь будет избираться сеймом. Между тем Польша и Литва были в сильном волнении. Страсти кипели. Для участия в сейме из Москвы выехали два знатных боярина — Степан Годунов и князь Федор Троекуров, а также известный дьяк Василий Щелкалов. С ними было отправлено 48 писем польским и литовским вельможам, но дары посланы не были. Нет сомнения, что Федор, подобно отцу и деду, искренне хотел королевского сана, чтобы соединить вечно враждующие державы узами братства, предлагая польскому сейму выгодные условия.
12 июля 1587 г. русское посольство было остановлено в селе Окунево, в 15 верстах от Варшавы. От имени польского сейма им сообщили, что в столицу въезжать опасно. Так называемое рыцарское коло (место шумных совещаний) представляло иногда зрелище битвы: вооруженные толпы стреляли друг в друга. Наконец благоразумно условились прекратить междоусобицу и выставить в поле в соответствии с числом претендентов три знамени: российское, цесарское (эрцгерцога Максимилиана, брата германского императора-цесаря) и шведское, чтобы видеть под каждым число избирателей и тем решить большинство голосов. Знаменем Федора была московская шапка, австрийским — немецкая шляпа, шведским — сельдь. Российское знамя одержало верх. Под него стеклось самое большое число людей. Но это блестящее торжество российской стороны оказалось бесплодным, когда дело дошло до условий.
4 августа духовенство, сенаторы, дворянство Польши и Литвы с великой честью приняли российских послов — Годунова и Троекурова. Выслушав условия царя Федора, назначили 15 вельмож для выработки приемлемых решений. Однако поляки и литовцы поставили ряд невыполнимых условий.
Они хотели, например, чтобы россияне приняли католическую веру, чтобы в титуле русского царя Польское королевство стояло выше Московского. Русские послы вынуждены были прекратить переговоры. Они хотели, по крайней мере, заключить мир, но также не могли согласиться с его условиями: Литва, например, требовала возврата ей Смоленска и Северской земли. В свою очередь и послы Федора были неуступчивы — они требовали Дерпт. Но на этом переговоры не закончились. Вторично послы съехались в Каменце. Снова шли бесконечные и бессмысленные торги. К тому же Федор не хотел искать милости у Папы и манить его лживым обещанием смены веры, не хотел он и венчаться на королевство в Польше.
Пока шли дипломатические переговоры, Замойский мечом и золотом вдовствующей королевы Анны завоевал престол 21-летнему Сигизмунду из шведской королевской династии Ваза. Российские послы преуспели только в одном: с Польшей было заключено на 15 лет перемирие без всяких уступок и выгод. 16 декабря 1587 г. Сигизмунд III Ваза был коронован в Кракове на польский престол. Царь Федор выразил досаду не за отвержение его условий в сейме, а за избрание этого короля, так как тесная связь шведской и польской держав усиливала двух неприятелей России.
Активизировали свои действия крымские татары во главе с ханом Казы-Гиреем (Ислам-Гирей умер в 1588 г.). Новый хан искал богатой добычи. Театром убийств и пожарищ надлежало выбрать Литву или Россию. Хан предпочел Литву. В конце 1589 г. Казы-Гирей известил Федора о сожжении татарами многих литовских городов и сел. Русский царь выслал Казы-Гирею подарки, однако на берегах Оки держал сильное войско.
В 1589 г. Годунов ввел в России патриаршество. В Москву приехал патриарх Константинопольский Иеремей, который встретился с царем Федором и Годуновым. Первым патриархом в России стал Иов. Тогда же было решено назначить четырех митрополитов (в Новгороде, Казани, Ростове и Крутицах), шесть архиепископов (в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани, Твери) и семь епископов (в Пскове, Ржеве, Устюге, Белоозере, Коломне, Северске, Дмитрове). Получив дары, патриарх Иеремей уехал на родину. Таким образом, устроив управление в церковных делах, Годунов, несомненно, искал опоры власти в духовенстве.
В 1590 г. заканчивался срок мирного договора со Швецией. Это заставило русского царя пересмотреть свою политику по отношению к Швеции, которая владела значительной территорией, ранее принадлежавшей Руси.
Швеции была объявлена война. Россияне собрали 300-тысячное войско. Годунов хотел отличиться и в ратном деле. На коня был посажен Федор Иоаннович (так хотел Годунов). Князь Федор Мстиславский, знатнейший из родовых вельмож, начальствовал в Большом полку, князь Дмитрий Хворостинин — в Передовом. Борис Годунов и Федор Романов-Юрьев (будущий митрополит Филарет) находились при царе и поэтому их называли дворовыми или ближними воеводами. Царица Ирина ехала за супругом до Новгорода.
