Приняв власть, Верховная дума в первую же ночь после смерти царя Иоанна IV Васильевича обвинила Нагих в измене, выслала из столицы некоторых близких к покойному царю людей, других же заточила в темницу. К родственникам вдовствующей царицы, Нагим, приставили стражу, подозревая их в злых умыслах, очевидно, в намерении объявить Дмитрия наследником престола. Москва волновалась, но бояре успокаивали людей, присягнув Федору вместе со всеми чиновниками. Отряды воинов ходили но улицам столицы, наготове были пушки. Вдову Иоанна Марию с сыном Дмитрием, ее отцом, братьями и вообще всех Нагих отправили в город Углич. Царь Федор, нежно прощаясь с младенцем-братом, обливался горькими слезами.
По Москве пошел слух, будто Бельский, затворивший Кремль в отсутствие бояр, отравил Иоанна Грозного и хочет разделаться с Федором, умертвить бояр и возвести на престол то ли себя, то ли Бориса Годунова. Вопль бунта раздался из конца в конец Москвы, и 20 тысяч вооруженных людей устремились к Кремлю, где едва успели закрыть ворота и собрать стрельцов. Попытка мятежников разбить стену и проникнуть в Кремль не удалась.
Царь выслал к народу князя Иоанна Мстиславского, боярина Никиту Юрьева, дьяков Андрея и Василия Щелкаловых с поручением уговорить людей успокоиться, но толпа требовала Бельского. Этот несчастный человек, изумленный обвинением, искал спасения в покоях Федора. Царь знал, что тот не виновен, знали об этом и бояре. Однако Бельского срочно выслали из столицы. Народ восклицал: «Да здравствует царь с верными боярами!». Затем все разошлись по домам. А Бельский с этого времени воеводствовал в Нижнем Новгороде, его просто удалили от двора. Мятежники были настроены и против Годунова, тем не менее они не требовали его головы, уважая в нем брата царицы. Но Годунов видел, что ему тоже готовится гибель, и думал о своей безопасности. Первым делом Годунова было наказать дворян Ляпуновых, Кикиных и других возмутителей спокойствия Москвы. Он это и сделал — их сослали в отдаленные города. Народ молчал и славил правосудие. Двор угадывал виновника этой законной строгости и с беспокойством взирал на Бориса.
Царь Федор постоянно искал помощи и совета у Бориса, которому было тогда 32 года. Он был красивым, сообразительным, умным, обольстительным и красноречивым, умевшим повелевать. Знали также власть Годунова над царицей Ириной, своей сестрой. Обычно Ирину сравнивали с Анастасией. Знали власть жены над мужем-царем, который искренне любил Ирину. Если бы Борис Годунов родился наследником престола, то заслужил бы славу одного из лучших государей. Но рожденный подданным, с необузданной страстью к господству, он не мог одолеть искушений там, где зло казалось для него выгодой — и проклятье веков заглушает в истории добрую славу Бориса.
31 мая 1584 г. состоялось венчание Федора на царство. Как водилось тогда, новый царь одаривал своих приближенных. Борис Годунов стал «ближним великим боярином», конюшим, наместником Казанского и Астраханского ханств. Ему были даны лучшие земли. Теперь Годунов вместе со своими тоже разбогатевшими родственниками мог выводить до 120 тысяч воинов. Он был уже не просто временщик и любимец, а властитель в государстве. Борис с рвением устремился к великой цели: делами для общественной пользы он хотел оправдать доверие царя, заслужить любовь народа и признательность отечества. По существу, Борис стал истинным правителем. Он правил государственным рулем, повелевал именем царя, но действовал по своему усмотрению и по совету близких ему людей.
Именем царя были сменены «худые» воеводы, увеличили жалованье чиновникам. Следовало восстановить честь оружия и спокойствие России. Начали с Казани. Годунов больше умом, чем мечом, усмирил мятежных черемисов. Утихомирив Казанское царство, он вторично покорил Сибирь. Еще не зная о гибели Ермака, Годунов послал к нему на усиление воевод со стрельцами. Новые отряды встретились с остатками казаков Ермака. Объединив силы, они двинулись к реке Тобол. Воспрянувший было духом после ухода казаков Ермака из Сибири Кучум был прогнан в Барабинскую степь молодым и задиристым ханом Сейдяком.
Атаман Никита Мещеряк разбил Сейдяка и, раненного, взял в плен. Таким образом, дело Ермака было завершено — Мещеряк окончательно покорил Сибирское ханство. Воевода Ефим Воейков уничтожил последний отряд Кучума (1598 г.). Город Искер опустел, и основанный в 1587 г. Тобольск превратился в новую столицу Сибири. Была заложена цепочка городов, связывающих Пермь и Уфу с Сибирью. Первым русским городом в Сибири стала Тюмень (1586 г.); в 1592 г. были основаны города Пелым, Березов, Сургут, в 1594 г. — Тара, в 1596 г. — Нарым и Кетский Острог.
Кроме войск, Годунов посылал в Сибирь и земледельцев из Перми, Вятки, Каргополя, Москвы. В то время Сибирь давала в казну страны ежегодно 10 тысяч черных лисиц, 500 тысяч белок. Кроме того, поставлялись бобры и горностаи.
Во внешних делах Борис Годунов следовал правилам лучших времен Иоанна Грозного. Продолжались сношении с Англией и Литвой.
После 16 или 17 месяцев спокойного правления против Годунова составился заговор. Слабодушный князь Мстиславский, обманутый Шуйскими, Воротынскими и Головиными, стал главным в этом деле. Заговор раскрыли — и Мстиславского постригли, сослав в Кириллову обитель (Кириллово-Белозерский монастырь). Шуйских не коснулись. Казней не было. Даже сын Мстиславского, князь Федор Иоаннович, остался в Думе первым, или старейшим, боярином.
Царь Федор хотел возвратить в страну изгнанников Иоанна — князя Гаврилу Черкасского, Тимофея Тетерина, Давида Бельского (свойственника Бориса Годунова) и других. Федор простил всех беглецов, кроме несчастного Андрея Курбского (он умер в 1583 г.), а также Михаила Головина, который бежал в Литву и там выдал тайны России.
Царь послал к Баторию посольство, но оно было принято литовцами холодно. В итоге переговоров Россия и Литва заключили мир на 2 года. Возобновились дружественные отношения с датчанами, достигли перемирия со Швецией. Россия постоянно остерегалась Крымского ханства. Хан Магмет-Гирей не раз посылал отряды татар в юго-восточные пределы России. Одновременно Федор и бояре внимательно следили за действиями Турции.
Почти сто лет Россия и Грузия не имели государственных сношений. В этой прекрасной земле, угнетаемой турками и персиянами, правил тогда кахетинский князь, или царь, Александр, который просил Федора взять страну под свою опеку. С того времени (примерно с 1587 г.) Федор в свой официальный титул внес добавление «государь земли Иверской, Грузинских царей и Кабардинской земли, Черкесских и Горских князей», хотя реальных возможностей защитить далекие южные земли у Московского государства тогда не было.
Россия вела переговоры и с Персией. Так, в течение первых лет царствования Федора (или правления Годунова), проводилась Россией внешняя политика — не без хитрости и не без успехов, более осторожно, чем смело, с помощью угроз и обещаний, не всегда искренних. Русские не шли на войну, но готовились к ней, везде усиливали рать, проводили воинские смотры.
Внутри царства все было относительно спокойно. Правительство занималось переписью людей и пашенных земель, налоговой политикой, заселением пустующих земель, постройкой городов. В 1584 г. московские воеводы Нащекин и Волохов основали на берегу реки Северная Двина город Архангельск. Астрахань укрепили каменной стеной. Оживилось строительство в Москве. Основан город Уральск — около 1584 г. шестьсот или семьсот волжских казаков выбрали себе место жительства на берегах реки Яик. Это было время расцвета в истории донских и волжских казаков. От Азова до Искера гремела слава их удальства, раздражая турецкого султана и Крымского хана. Казаки смиряли ногаев и утверждали власть московских царей за Уралом, в Сибири.
В этих обстоятельствах, благоприятных для величия и целостности России, когда все доказывало ум и деятельность правительства, то есть Годунова, именно он стал ненавистен многим из бояр. Борис желал казаться скромным. Обычно он сидел четвертым от царя. Народ жалел царя Федора и ненавидел Годунова. Неприязнь потомков Рюрика, особенно Шуйских, к Годунову росла.
