Признательность иностранцев к милостям царя не осталась бесплодной для его славы. В 1602 г. ученый муж Фидлер (из Кенигсберга) сочинил о Борисе похвальное слово, которое читала вся Европа. Эту хвалу Борис тогда действительно заслуживал.
Годунов ревностно соблюдал все церковные уставы и правила благочестия. Он был трезвым, выдержанным, трудолюбивым, не любил суеты и забав и являлся примером в семейной жизни. Особенно царь заботился о сыне Федоре, неустанно ласкал его, никуда не отпускал от себя, воспитывал с отменным старанием, учил наукам. Любопытным памятником является географическая карта России, составленная младшим Годуновым и изданная под его именем в 1614 г. немцем Герардом. Готовя сына для престола великой державы и заблаговременно приучая всех любить Федора, Борис во внешних и внутренних делах давал ему право ходатая и заступника.
Но приближалось время, когда мудрый властитель Годунов должен был вкусить горький плод своего беззакония. Достигнув цели, поднявшись неутомимыми усилиями, неусыпной хитростью, коварством, происками, злодейством до царских высот, наслаждался ли Годунов в полной мере своим величием? Да, но, по крайней мере, недолго. Первые два года его царствования казались лучшими временами России XV века. Борис исполнял обет царского венчания и справедливо хотел именоваться отцом народа. Но прошло время, и Борис уже не хотел выходить к народу и выслушивать его жалобы, а если и появлялся перед ним, то был недоступен. С помощью патриарха он даже сочинил молитву о царе. У Годунова появились подозрения, он перестал доверять приближенным, ввел систему доносов. Первым пострадал Богдан Бельский, который лучше всех знал Бориса. Этого знатного князя послали строить отдаленную крепость Борисов на берегу Северского Донца. Затем Бельского заточили в темницу.
В опалу попал род Захарьина-Романова. Боярина Никиту Романовича выслали из Москвы. Он оставил пятерых сыновей: Федора, Александра, Михаила, Иоанна и Василия. Борис опасался влиятельных братьев Романовых и воспользовался тем, что их оклеветали. Внезапно по столице разнесся слух, что якобы они готовят козни и хотят отравить царя. Состоялся обыск. У одного из Романовых в доме нашли несколько мешков каких-то кореньев, предварительно заготовленных их слугами. Романовых и их родственников взяли под стражу, пытали, выслали по приговору из Москвы в отдаленные места и постригли в монахи. Это было одним из гнуснейших дел Бориса. Без всяких на то оснований схватили также Черкасских, Репниных, Карповых, Сицких и других. Всех допрашивали, пытали, мучили и терзали их слуг.
В июне 1601 г. исполнили царский приговор: Федора Никитича Романова, постриженного и названного Филаретом, сослали в Сийскую Антониеву обитель. Его супругу Ксению Иоанновну, также постриженную и названную Марфой, отправили в один из Заонежских погостов, тещу Федора Никитича Шестову выслали в Чебоксары. Братьев Федора Никитича сослали в разные места: Александра — к Белому морю, Михаила — в Пермь, Иоанна — в Пелым, Василия — в Яренск. Родственников Романова князя Бориса Черкасского с женой и детей Федора Никитича — шестилетнего Михаила (будущего царя) и юную дочь выслали в Белоозеро. Князя Иоанна Сицкого заточили в Кожеозерский монастырь, а его жену — в Сумской острог; других Сицких — Федора и Владимира, а также Шестуновых, Карповых и князей Репниных — в темницы разных городов России. За всеми ссыльными установили постоянную слежку.
Василий Никитич Захарьин-Романов скончался 15 февраля 1602 г. Недолго жили также Александр и Михаил Никитичи. Вскоре участь опальных смягчилась. В марте 1602 г. царь милостиво указал Иоанну Романову ехать на службу в Уфу, а оттуда в Нижний Новгород и наконец в Москву. Милость получили и другие опальные.
Не одних Захарьиных-Романовых опасался Борис. Запретили жениться князю Илье Милославскому и Василию Шуйскому, думая, что их дети, по древней знатности своих родов, могли бы также состязаться с сыном Годунова.
Не было шумных казней, но несчастных морили в темницах, пытали по доносам. Одним словом, это время царствования Бориса было тяжелым и оно по жестокости не уступало времени господства Иоанна Грозного. Мнение народа о царе резко изменилось. Сильный голод, потрясший Россию в 1603 г., и заботы царя о выходе из кризиса в это время не смогли изменить мнения о Годунове. Лишь в 1603 г. в стране стабилизировалось положение с хлебом, но это стоило многих сотен жизней россиян.
Казна была пуста, но именно в это время Годунов угощал своего нареченного датского зятя и возводил в Москве новые великолепные здания. В 1600 г. была достроена колокольня, позже названная «Иван Великий».
В стране начались разбои. Под Москвой разыгралось настоящее сражение между воеводой Иоанном Басмановым и атаманом «бродят» Хлопкой, или Косолапым. В этом сражении Басманов погиб, а Хлопка взят в плен. Вскоре он погиб от ран или пыток. Многих возмутителей спокойствия повесили, некоторые спаслись на южных окраинах России (Украине).
Через шесть лег пострижения, в 1604 г., в монастыре скончалась Ирина, жена Федора Иоанновича. Инокиню Александру погребли с царским великолепием в Девичьем Вознесенском монастыре, близ гроба дочери Иоанна Грозного Марии. Ирина была счастлива навеки сомкнуть свои очи, так как не стала свидетельницей гибели своего рода.
Внезапно разнесся слух о том, что якобы последний сын Иоанна Грозного Дмитрий жив. Россияне были поражены. Вскоре узнали, что имя мнимого царевича Юрий Отрепьев. Он был сыном бедного боярина из Галича, Богдана-Якова, стрелецкого сотника, убитого в Москве пьяным литовцем, когда Юрий был еще ребенком. Отрепьев-отец служил у князя Бориса Черкасского. Юрий был умен, знал грамоту, но имел мало благоразумия. Следуя примеру деда — Замятина-Отрепьева, он стал иноком. Постриженный вятским игуменом Трифоном и названный Григорием, этот юный чернец скитался по России — жил в Суздале, в Галицкой обители. Григорий был лучшим книжником того времени. Он часто ездил с патриархом Иовом в столицу, видел царскую пышность, которая его пленила. Григорий слышал об убийстве Дмитрия: семя пало на подготовленную почву. Он изучал русские летописи и нередко в шутку говаривал своим друзьям-монахам: «Знаете ли вы, что я буду царем в Москве?». За ересь Григория хотели сослать в Белоозеро, но он вместе с двумя другими иноками Мисаилом и Леонидом сбежал из монастыря.
Бродяги-иноки были тогда обычным явлением. Григорий с товарищами благополучно добрался до Новгорода-Северского, где Отрепьев оставил записку архимандриту Пафнутию: «Я, царевич Дмитрий, сын Иоаннов, и не забуду твоей ласки, когда сяду на престол отца моего!». Архимандрит ужаснулся, не знал, что делать, и решил молчать.
Таким образом, в первый раз открылся самозванец еще в пределах России. Безумец избрал надежнейший путь к цели — Литву! В этой стране всегда благосклонно относились к недругам России и особенно к тем, кто ей изменял. Здесь помнили князей Иоанна Шемякина, Иоанна Верейского, Михаила Тверского, Андрея Курбского.
Григорий благополучно добрался до Литвы. В Киеве он нашел защиту в лице знатного воеводы князя Василия Острожского. Отрепьев жил сначала в Печерском монастыре, а затем в Никольском, во всех монастырях справлял службу дьякона, но постоянно нарушал устав воздержания и целомудрия. Он распространил молву о спасении и тайном пребывании Дмитрия в Литве. У донских казаков Отрепьев учился воинскому делу. Вскоре он перешел на службу к князю Адаму Вишневецкому, который жил тогда в Брагине. И тут, заручившись поддержкой влиятельного князя, самозванец начал действовать. Григорию построили великолепный дом, его самого нарядили в богатые одежды и по всей Литве распространили слух о чудесном спасении сына русского царя. У Лжедмитрия, как и у настоящего царевича, на лице была бородавка и одна из рук короче. Королю Польши Сигизмунду III Ваза донесли О «чудесном воскрешении» Дмитрия.
Вместе с сандомирским воеводой Юрием Мнишеком и князем Вишневецким Отрепьев в 1603 или 1604 г. явился в Краков. Его принял король Сигизмунд. Лжедмитрию было выделено жалованье 40 тысяч золотых в год. Отрепьев написал Папе римскому Клименту VIII письмо, в котором просил быть его искренним покровителем.
