В октябре 1655 г. в Москву явились небывалые гости — австрийские послы. Для Австрии было опасным падение союзной католической Польши и усиление враждебной протестантской Швеции. Император Священной Римской империи, эрцгерцог Австрии Фердинанд III явился посредником между русским царем Алексеем Михайловичем и польским королем Яном Казимиром. Его целью было прекращение русско-польской войны и, возможно, обращение русского оружия против Швеции. Царь возвратился в Москву из похода в ноябре 1655 г. В начале 1656 г. была достигнута договоренность о прекращении военных действий с Польшей.
Но теперь вновь столкнулись интересы России и Швеции. Алексей Михайлович хотел восстановить против Швеции Данию. В Копенгаген для переговоров направили стольника — князя Данилу Мышецкого.
15 мая 1656 г. русское войско под предводительством воеводы Петра Потемкина отправилось освобождать земли, прилегающие к Финскому заливу. Но эти земли Россия смогла возвратить лишь через 50 лет. 15 июля свыше 3 тысяч русских воинов выступило против шведов в Ливонии. 31 июля пал город Динабург (Двинск). В городе спешно построили церковь Св. Бориса и Глеба и город назвали Борисоглебов (Борисоглебск). Затем был взят Кокенгаузен (Кокнес). Этот старинный город Кукейнос был переименован в Царевичев Дмитрий. 23 августа войска осадили Ригу, но генерал граф Магнус Делагарди города не сдал. Русские сняли осаду Риги и ушли в Полоцк, им сдались Ниеншанц и Дерпт. На этом военные действия России в Ливонии закончились.
В Полоцке Алексей Михайлович стал ожидать результатов переговоров России с Польшей. 12 августа на первом совещании польских и русских послов князь Иван Никитич Одоевский потребовал уступить России все Великое княжество Литовское, а также возместить военные расходы: 800 тысяч рублей за 1654 г. и 500 тысяч рублей за 1655 г. В свою очередь, поляки выставили ответные требования.
В начале 1657 г. шведский король Карл X Густав уже потерял надежду удержать за собой все королевство Яна Казимира и стал искать союзников. Между Карлом, Рагоци и Хмельницким был заключен договор, по которому Украина навсегда признавалась отделенной от Польши, Великая Польша, Данциг и Приморье отходили к Швеции, Малая Польша, Литва, Мазовия и Галицкая Русь переходили к Австрии.
27 июля 1657 г. умер знаменитый гетман Украины Богдан Хмельницкий. 26 августа Рада выбрала гетманам Украины Ивана Евстафьевича Выговского, но с одной оговоркой, что при достижении совершеннолетия гетманом будет Юрий Хмельницкий, младший сын Богдана. Выговский не пользовался уважением казаков, так как он был выходцем из шляхтичей. Попытка нового гетмана поднять казаков против Москвы не удалась.
Новый, 1658-й год у казаков начался казнью некоторых полковников, которые выступили против Выговского. Гетман еще хитрил, делал вид, что служит русскому царю, хотя давно защищал польские интересы. 6 сентября Выговский и волынский кастелян Станислав Беневский выработали условия, при которых запорожское войско должно было опять перейти под власть Польши. Выговский получил все, что хотел.
Москва была в неведении до тех пор, пока под Киевом не появились польские войска и татары. Они начали военные действия против воеводы Бориса Шереметева. Таким образом, произошло разделение Украины, началась междоусобица. В сентябре царь разослал грамоты об измене гетмана, а тот делал вид, что ничего не произошло.
После того, как в 1658 г. гетман Украины Выговский заключил договор с Польшей (Гадячский договор) о присоединении Украины как "Великого княжества Русского к Польше" начались с обеих сторон военные действия. Запылали города и села. 20 декабря татары и верные Выговскому казацкие полки — Каневский, Черкасский, Чигиринский и Корсунский — под начальством переяславского полковника Тимофея Цецуры дали бой русскому князю Григорию Ромодановскому у Лоховиц, но были разбиты. Сколь тяжко отозвалась весть в Москве об украинской смуте, столь же радостно она была воспринята в Польше.
По условиям переговоров с Польшей Алексей Михайлович и его преемник могли претендовать на польский престол, и царь продолжал хлопотать о польском престоле или, по крайней мере, о присоединении Литвы, надеясь на ее разрыв с Польшей, к России.
Еще в начале 1657 г. царь отправил в Польшу своего любимца Артамона Матвеева следить за ходом событий. Матвеев, как мог, склонял Литву перейти на сторону России. Польско-литовские магнаты ссылались на то, что вопрос о выборе короля решает сейм, который в 1657 г. так и не состоялся. Лишь в марте 1658 г. в Москву прибыл польский гонец, который сообщил, что сейм состоится 27 июля. Из Москвы в Вильно для участия в сейме отправились послы князь Никита Иванович Одоевский, боярин Петр Васильевич Шереметев, князь Федор Федорович Волконский и думный дьяк Алмаз Иванов. Прождав в Вильно польских комиссаров до 30 июля, Одоевский и его коллеги так ни с чем и вернулись в Москву. Польская миссия на переговоры не явилась. Вместо переговоров литовский гетман Павел Сапега начал военные действия, захватив несколько российских городов. Только после этого начались переговоры. Весь сентябрь прошел в бесполезных спорах, а тем временем литовские войска продолжали военные действия против русских. 8 октября князь Юрий Алексеевич Долгорукий разбил литовцев в селе Верка. Гетман Литвы Винцент Гонсевский попал в плен. Князь Иван Хованский разбил литовцев при Мядзелах. Эти обстоятельства охладили пыл поляков и литовцев.
На Украину со 150-тысячным войском был послан князь Алексей Трубецкой. В июне 1659 г. Трубецкой у Конотопа встретился с соединенными силами Выговского и крымского хана. Казаки и татары заманили русские войска и внезапно ударили по ним. Трубецкой потерпел поражение. В плен попали воеводы князья Семен Пожарский и Семен Львов. За дерзкий разговор с Ислам-Гиреем князю Пожарскому отрубили голову. Через две недели в неволе умер князь Львов. В этом бою погибла русская конница. Татары взяли в плен 5 тысяч человек. Всех их убили — так договорились поляки и татары. После этого поражения московский царь так и не смог собрать такого сильного войска. Под Москвой начались земляные работы: рыли траншеи, укреплялись — боялись нападения татар и литовцев. Пошел слух, что царь собирается уехать в Ярославль.
Разгромив Пожарского и Львова, Выговский и Ислам-Гирей направились преследовать Трубецкого, а он, покинув Конотоп, 10 июля прибыл в Путивль. Неприятель больше не стал гнаться за русскими войсками. Полякам сдались Ромны и Гадяч (на реке Псел).
Но тут в татарский стан пришла весть, что молодой Юрий Хмельницкий с запорожцами разгромил 4 ногайских улуса и взял много пленных. Хан, отделившись от Выговского, ушел домой, на пути уничтожив посады ряда городов.
Пока хан воевал с Россией, донские казаки на судах «промышляли» у крымских берегов. Донцы высаживались под Кафой, Балаклавой, Керчью и уходили вглубь полуострова на расстояние до 50 верст.
С уходом татар силы Ивана Выговского и поляков значительно ослабли. Напрасно гетман Украины ждал помощи. 22 августа русские войска под Киевом нанесли сокрушительный удар по запорожцам-перебежчикам, во главе которых находился Данила Выговский (брат гетмана). Снова казаки стали переходить на сторону русских. Вскоре все казаки (10 тысяч человек) оставили гетмана Ивана Выговского и перешли на сторону Юрия Хмельницкого. Данила Выговский, женатый на сестре Юрия Елене Богдановне, тоже решил оставить брата и стать на сторону шурина. 5 сентября Хмельницкий написал царю, что он хочет служить, как и отец, России. 11 сентября состоялась Рада. Гетман Украины Иван Выговский, приехав к казакам, уговаривал их служить Польше, но едва унес ноги. 13 сентября Хмельницкий со своим войском пошел к Расаве для соединения с Чигиринским, Уманьским и Черкасским полками. 17 октября на Большой Раде гетманом Украины был избран Юрий Хмельницкий.
Осенью 1659 г. Россия возобновила переговоры со Швецией. Афанасий Ордин-Нащокин узнал о своем новом назначении. Царь доверил ему вести переговоры со шведами, которые начались 17 ноября. Московские послы требовали возврата ливонских городов, Карельской и Ижорской земель. Шведы ответили, что они будут вести переговоры на условиях прежнего Столбовского мира. 20 декабря заключили трехлетнее перемирие, по которому за Россией оставались все города, перешедшие к ней в ходе Ливонской войны.
