12 апреля 1573 г. Магнус женился на 13-летней Марии Владимировне. Свадьба состоялась в Новгороде. Вместо Ливонии и пяти бочек золота Магнус получил только городок Каркус.

В 1575 г. русские со шведами заключили перемирие, но оно касалось не всей территории Швеции, а лишь ее отдельных частей. Поэтому в ходе военных операций россияне взяли Пернов (Пернау). Многие замки сдались русским без сопротивления, в том числе важная крепость Габзаль. В 1576 г. Россия заключила союз с Австрией.

В 1576 г. в Польше произошло значительное событие, которое приковало к себе внимание всех европейских стран. На польский престол был избран Стефан Баторий — седмиградский трансильванский князь. Баторию было 42 года. Он отличался храбростью, отвагой, умом, красноречием, имел величественную наружность. Баторий поклялся, что будет неукоснительно соблюдать польские и литовские интересы, заключит союз с Оттоманской империей, усмирит крымского хана, присоединит к Литве все земли, ранее отвоеванные московскими князьями.

В июле 1577 г. Иоанн предпринял поход на Ливонию. Таким образом началась война с Баторием, столь важная своими последствиями. Многие ливонские города пали. Пал город Венден, в котором Иоанн жестоко расправился с местными жителями, что удвоило ненависть ливонцев к россиянам. Осталось взять только Ригу, но туда Иоанн не пошел. На этом успехи россиян в Ливонии закончились. Однако это были знаменательные, блестящие для россиян победы. Всего за два года и три месяца было взято 27 ливонских городов.

В России уже не было опричнины, но царь продолжал гонения и казни своих ближайших сподвижников. Сожгли шестидесятилетнего Михаила Воротынского — выдающегося полководца, завоевателя Казани, участника почти всех походов времен Иоанна Грозного. Под его руководством впервые был составлен русский воинский устав «Боярский приговор о станичной и сторожевой службе». Вместе с ним замучили князя Никиту Романовича Одоевского. Были умерщвлены старый боярин Михаил Яковлевич Морозов, его два сына и супруга. Пали князь Петр Андреевич Куракин, окольничий Петр Зайцев — ревностный опричник. Казнили Григория Собакина — дядю умершей царицы Марфы, князя Тулупова и других.

Царь, уже не требуя разрешения от епископов, около 1575 г. женился в пятый раз — на Анне Васильчиковой. Но летописцы не знают, дал ли он Анне имя царицы, торжественно ли венчался с ней, так как в описании этого бракосочетания «нет сего пятого», не видим также никого из ее родственников при дворе, в чинах, между ближними к царю людьми.

Шестой супругой Иоанна была прекрасная вдова Василиса Мелентьева. Царь без всяких священных обрядов взял с нее «только молитву для сожития». Но на этом беззаконные женитьбы царя, ненасытного в убийствах и в любви, не закончились.

Во внешней политике Иоанн, ведя Ливонскую войну, постоянно искал союзников. В 1578 г. был подписан договор с Данией. Желая если не союза, то хотя бы мира с престарелым крымским ханом Девлет-Гиреем, Иоанн не переставал сноситься с ним через послов. Девлет-Гирей умер в 1577 г. Новый крымский хан — его сын Магмет-Гирей дружелюбно известил Иоанна о своем восшествии на престол. Более того, он напал на Литву, разорил часть ее земель, тем самым показывая верность своим союзническим отношениям с Россией. Но одновременно Магмет-Гирей настаивал на том, чтобы ему отдали Астрахань.

Иоанн длительное время пел переговоры с польским королем Баторием, но обстоятельства стали складываться не в пользу России, овладевшей почти всей Ливонией, за исключением Ревеля, Риги, Курляндии.

Под Нарвой появился шведский отряд. Другие воинские подразделения опустошили Кексгольмскую землю. Ревельцы тревожили российские владения в Северной Ливонии. Польско-литовские войска заняли ряд городов в Южной Ливонии и отняли у России Венден. Магнус снова изменил Иоанну. В 1578 г. он заключил договор с Баторием и вместе с молодой супругой уехал в Курляндию. Иоанн не удивился этому и послал дополнительные войска в Ливонию. Шведы и поляки под руководством Батория в одном из боев под Дерптом взяли 17 русских пушек, множество коней и весь обоз. Убитых на поле боя было 6 тысяч человек. Этим сражением начались успехи польского короля. Баторий плохо знал русский язык, но он хорошо помнил, какие земли были отняты у Литвы и Польши.

В начале августа 1579 г. Баторий осадил Полоцк. Русские более трех недель защищались, но крепость пала. Этот город, памятный в народе тем, что он был уделом Владимира и Рогнеды, вновь, вплоть до царствования Екатерины II, стал собственностью Литвы. Литовцы выжгли 2 тысячи селений в смоленских землях.

В январе 1580 г. царь собрал высшее духовенство, он призвал церковь помогать ему в борьбе с внешними врагами. Иоанн увеличивал свое войско и в то же время мучительно искал мира с Литвой. Зима прервала военные действия. Баторий спешил в Вильно и Краков на сейм. Думая найти поддержку у Рима, Иоанн послал посольство к Папе и императору, но его поиски были бесполезными.

Баторий снова появился в России там, где его совсем не ждали. Иоанн трусил, но не предпринимал никаких мер. 5 августа 1580 г. литовцы взяли Великие Луки, девять тысяч воинов приближались к Смоленску, но русские на подступах к городу разбили этот отряд литовцев. Баторию сдались города Невель, Озерище, Заволочье. Уже зимой литовцы взяли Холм, выжгли Старую Руссу, опустошили дерптские владения и часть псковских земель.

С другой стороны на русских двинулись шведские полки, которые захватили Кексгольм, с боями взяли Падис и Везенберг.

Россия казалась слабой и безоружной, хотя имела 80 крепостей, наполненных оружием. Но Иоанн заперся в Александровской слободе. Воеводы же, обескураженные нерешительностью царя, сами действовать смело опасались.

В то время, как Баторий завоевывал русские земли, Иоанн решил жениться в седьмой раз. Выбор пал на Марию, дочь сановника Федора Федоровича Нагого. Одновременно царь женил своего сына Федора на сестре Бориса Годунова Ирине. Оба эти брака принесли России одни несчастья. Годунов все ближе становился к трону.

В 1581 г. Иоанн снова запросил у Литвы и Польши мира. Баторий требовал теперь не только земли Ливонии, но и Смоленск, Псков, Новгород, другие русские города. Баторий отклонил семилетнее перемирие, предложенное Иоанном, и прогнал русских послов. В августе поляки и литовцы осадили Псков. Обороняющихся воинов было тысяч тридцать. Более 40 тысяч воинов было в Новгороде, 15 тысяч — во Ржеве. Баторий привел в Россию 100-тысячное войско из поляков, литовцев, венгров, немцев, австрийцев. В общей сложности Иоанн собрал 300-тысячное войско, но оно было рассредоточено, так как царь боялся нападения крымского хана.

8 сентября 1581 г. осталось в истории славнейшим днем для Пскова. Была кровопролитная битва, «все нерусское», как говорили современники, бежало. Убитых псковитян было 863, раненых — 1626 человек. Неприятеля полегло около 5 тысяч. Но осады Пскова Баторий не снял, еще два месяца русские отражали нападение объединенных войск неприятеля. Литовцы хотели взять Печорский монастырь, который защищали около 300 воинов, но  и монастырь выдержал осаду.

Шведы взяли несколько российских городов, в их числе Ивангород и Нарву, где в кровопролитной сече легло 7 тысяч россиян. Иоанн был в ужасе. Повсюду он видел одних неприятелей, не надеялся на силы россиян.

Вскоре литовцы все же согласились на перемирие. Иоанн отказался от ливонских земель, уступил Полоцк, Велиж. В то же время Баторий возвратил России города Великие Луки, Заволочье, Невель, Холм, Себеж, Остров, Красный, Изборск, Гдов. Так закончилась трехлетняя война со Стефаном Баторием, неудачная для России и постыдная для Иоанна, который почти 24 года стремился к Балтийскому морю и мог бы это сделать, если бы не его малодушие и политические просчеты.

Но жизнь текла. В своем старшем сыне Иоанн хотел видеть самого себя. Любимый сын присутствовал в Думе, объезжал государство. Царевич в 1581 г. уже имел третью супругу Елену Иоанновну из рода Шереметевых. Две первые жены — Евдокия Сабурова и Параскева Соловая — были принудительно пострижены в монахини. Иоанн Иоаннович обладал умом и был чувствительным к славе.