Измена Курбского и замысел польского короля потрясли Россию и лишь вызвали некоторую тревогу в Москве. Но сердце Иоанна не успокоилось, оно кипело гневом; царь всех подозревал и искал предлога для наказания мнимых виновников. В начале зимы 1564 г. Москва узнала, что царь покинул столицу и убыл в неизвестном направлении. С царем ушли жена, два сына и его ближайшие советники — Алексей Басманов, Михаил Салтыков, князь Афанасий Вяземский и другие. Две недели царь прожил в Коломенском, 17 декабря он с обозом переехал в село Тайнинское, оттуда в Троице-Сергиеву лавру, а к Рождеству перебрался в Александровскую слободу.
3 января 1565 г. Иоанн прислал митрополиту в Москву письмо, в котором описывал беззаконие бояр. Другую грамоту он отправил гостям, купцам и мещанам Москвы. Эту грамоту читали народу, столица была в панике. Безначалие всем казалось хуже тиранства. К Иоанну в слободу отправились делегации от духовенства, вельмож, бояр, купцов, мешан и других слоев населения. Откликнувшись на просьбы народа, царь 2 февраля торжественно выехал в столицу и на другой день собрал знатнейших людей страны.
На 25-м году жизни Иоанн был велик ростом, имел широкие плечи, крепкие мышцы, широкую грудь, прекрасные волосы, длинные усы, римский нос, серые светлые глаза, небольшие, но проницательные и исполненные огня. Лицо было приятным. Но теперь, по приезде в Москву, Иоанн так изменился, что его трудно было узнать. Лицо было мрачным, взгляд свирепым, все черты исказились, а на голове и в бороде почти не осталось волос от необъяснимого действия ярости, которая кипела в его душе.
Иоанн предложил боярам и чиновникам создать для своей и государственной безопасности особых телохранителей и предложил им устав опричнины. Это слово никому не было до этого известно. Царь объявил своей собственностью ряд городов и выбрал тысячу телохранителей из князей, дворян, боярских детей. В самой Москве он взял себе Чертольскую и Арбатскую улицы (с Сивцевым оврагом), половину Никитской улицы. Были назначены особые чиновники для царских услуг. Иоанн дал указание строить новый дворец за Неглинкой — между Арбатом и Никитской улицей, огородив его высокой стеной.
Эта часть Москвы, тысячная дружина, новый двор, как отдельная собственность царя, находившиеся под его непосредственным ведомством, и были названы опричниной (от слова «опричь» — т.е. кроме, особо). А все остальное, то есть государство, — земщиной, которой Иоанн поручил править земским боярам. Царь потребовал себе от земской казны 100 тысяч рублей за издержки его путешествия от Москвы до Александровский слободы. Ему никто не противился.
Здесь уместно напомнить о земской реформе, которую произвел Иоанн IV в середине XVI века. Земство заменило наместничье управление (на основе кормлений) в городах и волостях местным выборным самоуправлением. Это был прогрессивный шаг, достойный внимания и современных россиян. Ввели: земские управы — уездные исполнительные органы земства, набираемые на 3 года на земских собраниях; земские соборы — высшие представительные учреждения России, в которые входили члены Освященного собора, Боярской думы, «Государева двора», выборные от дворянства и горожан, земские собрания — распорядительные органы земства.
К этому же периоду сложилась система приказов — органов центрального управления России (они начали зарождаться в конце ХV века). В числе основных постоянных приказов были: Большого двора (1534), Большого прихода (1554), Земский (1564), Казанский (60-е годы), Казенный (1512), Костромской четверти (60-е годы), Ловчий (1509), Новгородской четверти (60-е годы), Оружейной палаты (первая половина века), Печатный (1553), Полотняничный (середина века), Посольский (1549), Разрядный (первая половина века), Сокольничий (1550), Стрелецкий (1571), Устюжской четверти (60-е годы), Холопий (середина века), Челобитный (середина века), Ямской (1550).
4 февраля 1565 г. Москва увидела исполнение условий, объявленных царем духовенству и боярам в Александровской слободе. Начался второй этап казней мнимых изменников. Казнили близких к Курбскому князя Александра Горбатого-Шуйского (потомка Св. Владимира), его сына 17-летнего Петра, Петра Ховрина, окольничего Головина, князя Иоанна Сухого-Кашина, князя Петра Горенского, бывшего кравчим. Князь Дмитрий Шевырев был посажен на кол. Двух князей Иоанна Куракина и Дмитрия Немого постригли, многих бояр сослали в Казань. Другие бояре, в том числе и князь Василий Серебряный, должны были представить за себя ручательство в «неизменной службе» государю. Например, за князя Серебряного, в случае его побега из России, была установлена сумма неустойки 25 тысяч рублей (или 500 млн. рублей по курсу XIX века).
После очередных казней Иоанн занялся образованием своей новой дружины. В совете сидели Алексей Басманов, Малюта Скуратов, князь Афанасий Вяземский и другие любимцы царя. Вместо первоначальной тысячи Иоанн отобрал 6 тысяч опричников, которых наделили землей, домами, крестьянами. Опричников стали называть кромешниками («изверги тьмы кромешной»). Они именовались ловцами, а бояре — «ловом». Затейливый ум Иоанна изобрел достойный символ для своих ревностных слуг: к седлам были привязаны собачьи головы и метлы, в ознаменование того, что они грызут царских лиходеев и метут Россию.
Иоанн невзлюбил Москву и с того времени жил большей частью в Александровской слободе, которая стала городом, украшенным церквами, каменными домами и лавками. Местный храм Богоматери снаружи сиял разными цветами, серебром и золотом, на каждом кирпиче был изображен крест. Царь жил в больших палатах. Опричники имели свою улицу, купцы — свою. Иоанн вел как бы монашескую жизнь. Он пел псалмы, читал, столь ревностно молился, что на лбу у него всегда оставались знаки крепких земных поклонов. Все государственные дела Иоанн решал сам, принимал послов, писал грамоты. У него появились иноземные любимцы, особенно из числа ливонских пленников.
В 1567 г. начался третий этап гонения на бояр. Поводом послужило то обстоятельство, что от короля Сигизмунда II Августа и литовского гетмана Хоткевича тайно на имя некоторых знатных русских бояр поступили грамоты с предложением покинуть жестокого царя и получить новые уделы. Князьям Бельскому и Мстиславскому напоминали о том, что они литовского рода. Воротынскому сообщали, что он некогда был владетельным князем, а теперь потерял все. Престарелому конюшему Иоанну Петровичу Федорову недруги припоминали, какие обиды и оскорбления он терпит от Иоанна. Русские князья честно сообщили царю, что получили такие приглашения, но что они не собираются покидать родину.
Внешне восприняв это сообщение спокойно, царь внутренне горел ненавистью к этим важным особам. Больше всех его раздражал Федоров — щедрый, пышный воевода, 19 лет бывший начальником Конюшенного и Казенного приказов. Иоанну вдруг представилось, что этот старец думает сесть на царский трон. Царь, пригласив Иоанна Петровича к себе, в присутствии всего двора надел на него царскую одежду (не забыл и венец), вручил в руку державу и посадил на свой трон. Затем царь снял с себя шапку и низко поклонился Федорову, сказав при этом «раболепную» речь. На этом издевательства закончились. Иоанн ножом в сердце пронзил грудь Федорова — и тот замертво упал. Обезобразив труп, опричники выбросили его из дворца. Тут же умертвили престарелую жену Иоанна Петровича — Марию.
Затем казнили князей Иоанна Андреевича Куракина-Булгакова, Дмитрия Ряполовского и трех князей Ростовских, замучили князя Петра Шенятева, утопили старца — знаменитого во всех походах князя Иоанна Турунтай-Пронского, четвертовали казначея царя, известного своим богатством Тютина. Его казнили вместе с женой и детьми. Растерзали печатника, или думного дьяка, Дубровского. Ежедневно в Москве убивали до двадцати человек.
Однажды в воскресный день 1568 г. Иоанн со своими опричниками пришел в церковь на обедню. Митрополит Филипп отказался благословлять царя, ссылаясь на его бесчинства. Иоанн в гневе ударил о камень жезлом и удалился из церкви. На другой день начались новые казни. В числе знатных людей погиб князь Василий Пронский. Всех главных служителей церкви взяли под стражу, терзали, допрашивали, но ничего не добились.
