В 1559 — 1560 гг. вновь вспыхнула война с Ливонией, которая к этому времени подписала союз с Польшей и попала под ее протекторат (1559 г.). Дерпт снова перешел к ливонцам. Новый поход совершили знаменитые воеводы: князья Иоанн Мстиславский, Петр Шуйский, Василий Серебряный. Были покорены земли от Псковского озера до Рижского залива. Без боя был взят Мариенбург.
В то время, когда сильная рука Иоанна Васильевича давила слабую Ливонию, в судьбе царя и России наметились большие перемены.
Тринадцать лет Иоанн наслаждался семейным счастьем. Анастасия родила еще сына Федора и дочь Евдокию. Но в июле 1560 г. жена Иоанна занемогла тяжкой болезнью. Говорят, что это случилось из-за пожара, который сильно напугал Анастасию. К отчаянию царя, его супруга 7 августа 1560 г. в пятом часу дня умерла. Иоанн шел за гробом, его под руки вели брат Юрий и князь Владимир Андреевич. Но народ еще не знал, что унесла с собой в могилу Анастасия!
Сразу же после смерти супруги Иоанн стал холодно относиться к Адашеву и Сильвестру, он удалил их от двора. Этих близких к царю людей оклеветали. Некоторые бояре сообщили Иоанну, что в смерти Анастасии повинны именно Адашев и Сильвестр. «Виновных» судили заочно. Сильвестра сослали на дикий остров Белого моря, в уединенную Соловецкую обитель, Алексея Адашева хотели отправить во вновь покоренный Феллин, но сослали в Дерпт, где он через два месяца умер от горячки.
Но следовало истребить дух Адашева. От бояр снова приняли клятву верности царю — и они ее дали. Иоанн любил покинувшую мир супругу, но бояре уговорили его найти новую жену. «Бог и народ требуют, чтобы ты в земной горести искал и земного утешения», — говорили они царю. Через восемь дней после кончины Анастасии митрополит, святители, бояре торжественно предложили ему искать невесту. 18 августа 1560 г. Иоанн объявил, что намерен жениться на Екатерине — сестре польского короля. С этого времени во дворце умолк плач и начались царские забавы.
Новыми любимцами царя стали боярин Алексей Басманов, его сын Федор, князь Афанасий Вяземский, Василий Грязной, Малюта Скуратов (Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский). Все они старались угодить царю любыми способами.
Царь начал гонение на всех близких Алексею Адашеву людей. Прокатилась волна казней. Из жизни ушли Данила Адашев, его двенадцатилетний сын, трое Сатиных, князь Дмитрий Оболенский-Овчина. Был умерщвлен боярин Михаил Репнин. Без вины и суда убили боярина Юрия Кашина, его брата Дмитрия Курляева. Князя Михаила Воротынского с женой и детьми сослали в Белоозеро. Знаменитый воевода князь Иоанн Шереметев был посажен в душную темницу, истерзан, закован в цепи. Его брат Никита Шереметев, израненный в битвах за отечество, был удавлен. Москва цепенела в страхе, кровь лилась повсюду, но тиранство еще только созревало.
Относительно Ливонии Иоанн надолжал начатую политику. Туда была послана сильная рать. В одной из стычек в плен попал ландмаршал — главный военачальник немцев, которого отправили в Москву, где ему отсекли голову. Снова был взят город Феллин. Немцы сдались без боя, хотя в городе было 450 пушек и множество запасов. Царь приказал доставить пленников в столицу и водить по улицам на показ народу. Пишут, что бывший казанскин хан, находясь в числе любопытных зрителей этого торжества, плюнул в одного немецкого пленника, сказав ему: «За дело вам, безумцам! Вы научили русских владеть оружием: погубили нас и самих себя!».
После падения Феллина сдались города Тарваст, Руя, Верполь и многие другие. Князь Андрей Курбский разбил войска нового орденского ландмаршала близ Вольмара и Вендена. Воевода Яковлев опустошил приморскую часть Эстонии.
Ливонский Орден практически перестал существовать. Датский король купил у эзельского епископа его владения (остров Эзель и г. Пильтен) для своего брата. Жители Ревеля (Таллина) присягнули в верности шведскому королю Эрику. 28 ноября 1561 г. в присутствии польского короля и литовских вельмож навсегда исчезло знаменитое братство рыцарей-меченосцев. Ливонским правителем был признан король Польши и великий князь Литвы Смгизмунд II Август.
Все земли Ордена распались на пять частей: Нарва, Дерпт и часть восточной Прибалтики оказались в руках России; Ревель и Северо-Западная Прибалтика достались Швеции; Эзель отошел Дании; южная часть Ливонии — Литве; Курляндия и Семигалия — последнему магистру Ливонского Ордена и первому герцогу Курляндии (с 1561 г.) - Готарду Кетлеру.
Ранее речь шла о сватовстве Иоанна к сестре польского короля. Он не сомневался в успехе, но ошибся. Польский король за невесту потребовал города Новгород, Псков, Смоленск, Северскую землю. Царь, естественно, не мог принять таких условий.
Тогда Иоанн стал искать невесту в другом месте. Ему предложили взять в жены дочь черкесского (кабардинского) князя Темрюка Идарова, которую привезли в Москву и показали жениху. Это была высокая стройная красавица лет семнадцати. Ее лицо было смуглым. Большие глаза с длинными ресницами сверкали огнем. Девушка, выросшая среди смелого и гордого народа, отлично владела оружием, умела лихо скакать на коне. Дикая красота молодой черкешенки вскружила Иоанну голову. Ее окрестили и назвали Марией. Бракосочетание состоялось 21 августа 1561 г.
Второй брак Иоанна не был счастливым. Мария, пленив супруга лишь красотой, не смогла быть для Иоанна, как Анастасия, еще и хорошим, умным другом. Современники писали, что эта черкесская княжна, дикая нравом, жестокая душой, еще больше склонила Иоанна к дурным поступкам. Мария не смогла разжечь любовь супруга к себе, поэтому вскоре Иоанн охладел к ней и стал равнодушен.
С переходом владений Ливонского Ордена к Литве и Польше они стали главными противниками России. Война продолжалась с ними. 31 января 1563 г. русские войска осадили Полоцк, 7 февраля город был взят. Сигизмунд II Август и население Польши были в страхе. Многолюдный укрепленный Полоцк считался главной твердыней Литвы. Русские воеводы пошли дальше на Вильно. Гетман с войском отступил в Минск. Так, практически без боев Иоанн «погулял» по этой стране. По пути из Литвы в Москву царю сообщили, что у него родился сын Василий, но новорожденный жил только пять недель.
Иоанн не забывал крымского хана, с которым шли переговоры о мире. Хан раскрыл царю «великую тайну» о приготовлении Турции к воине с Россией. Дания и Швеция вели военные действия за пределами Литвы, поэтому Иоанна они беспокоили меньше. Однако, для безопасности, Россия заключила мир со Швецией.
В последний день 1563 г. скончался, будучи глубоким старцем, митрополит Макарий. Он написал известную Степенную книгу, в котором изложил события с 862 до 1559 г., и способствовал учреждению в Москве первой типографии. При нем впервые в России была издана Библия. Новым митрополитом был избран Афанасий — инок Чудова монастыря.
Перемирие, заключенное Иоанном и Сигизмундом II Августом, не помешало россиянам и литовцам нападать друг на друга. Русские завершили завоевание полоцких земель, литовцы опустошили черниговские и стародубские земли. В январе 1564 г. русские возобновили военные действия против Литвы, но поход был неудачным. К тому же в нем погиб князь Петр Шуйский, завоеватель Дерпта.
Страх, наведенный царем на князей и бояр, привел к бегству многих из них за рубеж. К Сигизмунду II Августу ушел князь Дмитрий Вишневецкий, который попытался захватить Молдавию, но был пленен господарем Стефаном, сослан к турецкому султану и казнен там. Изменил Иоанну его недавний любимец князь Андрей Курбский — сподвижник царя, герой битв под Тулой, Казанью, на полях Ливонии. Иоанн уже не доверял Курбскому. Тот, зная об этом, простился с женой и девятилетним сыном. Для начала князь объяснился с царем, написав ему сильное и смелое письмо. Царь с достоинством и гневом ответил. Так началась знаменитая переписка Иоанна Грозною с Андреем Курбским, своего рода образец красноречия, литературный памятник XVI века.
Обласканный Сигизмундом II Августом, Курбский советовал ему, как нанести поражение России. Вскоре 70 тысяч литовцев, поляков, прусских немцев, венгров, волохов во главе с изменником России пошли на Полоцк. Одновременно 60 тысяч крымских татар вступили в рязанские земли. Бояре Басмановы первыми сообщили Иоанну о нападении татар и вооружили рязанцев на защиту города. Войска россиян подошли к Оке — татары быстро скрылись. За этот поход Басмановы были награждены золотыми медалями.
