В ходе Крестьянской войны Пугачев создал «Государственную военную коллегию», которая состояла из четырех судей, четырех повытчиков, секретаря и думного дьяка.

По мере расширения восстания возрастало беспокойство в Санкт-Петербурге. «Глупая казацкая история», как называла эти события Екатерина II, выходила за рамки «Оренбургских замешательств». В ноябре 1773 г. под Оренбург было направлено полуторатысячное войско, которое возглавил генерал-майор Кар.

Другой отряд под предводительством полковника Чернышева, насчитывающий более 2200 человек, по приказу Кара должен был занять Татищеву крепость и преградить путь к отступлению восставших казаков.

Но случилось непредвиденное. В ночь на 9 ноября войска Кара были разбиты наголову. Кар бежал. Много солдат перешло на сторону Пугачева. Разгром генерала Кара, покинувшего свои войска, произвел большое впечатление. Неожиданное появление Кара в Казани, а затем в Москве вызвало панику среди дворянства.

В Оренбурге, осажденном восставшими, начался голод. Происходили бои в окрестностях города.

Восстание крестьян и казаков все ширилось. Салават Юлаев поднял всю Башкирию. Чика-Зарубин действовал на Урале. Поднялись ставропольские калмыки. К декабрю 1773 г. в Ставрополье действовало более 10 отрядов восставших.

С востока в Москву приходили тревожные вести: восставшие овладели рядом городов Южного Урала, осадили Кунгур, Екатеринбург. С Урала и Поволжья бежали дворяне и чиновники.

Верховным командующим военными силами, направленными против Пугачева, был назначен генерал-аншеф Александр Илларионович Бибиков. Осада Оренбурга отняла у восставших самое дорогое время. Силы Пугачева были разбросаны на большой территории России. 22 марта 1774 г. правительственные войска штурмом овладели Татищевой крепостью. Это было первое крупное поражение повстанцев. 24 марта под Чесноковой был разбит Чика-Зарубин. Под Екатеринбургом потерпел поражение И.Н.Белобородов. Бой под Самарой 1 апреля вновь закончился неудачей для Пугачева. Попали в плен Хлопуша, Чика-Зарубин, Почиталин, Подуров и сотни восставших. Через несколько дней была снята осада с Оренбурга.

Начался второй этап войны. Пугачев ушел со своими войсками на Урал. На новом этапе базой восстания стали Южный Урал и Башкирия. 2 мая с 5-тысячным отрядом Пугачев выступил из Белорецкого завода. У крепости Магнитной к нему присоединились Белобородов и казаки Овчинникова и Афанасия Перфильева. Вскоре соединился с Пугачевым и Салават Юлаев. Шли ожесточенные бои с правительственными войсками, возглавляемыми Михельсоном.

Пугачев принял решение идти на Казань. Его 20-тысячное войско 12 июня овладело городом. Восставшие готовились к штурму последнего оплота гарнизона — Казанского Кремля, но на следующий день вслед за Пугачевым к городу подошел Михельсон. В кровопролитных боях восставшие были разбиты. Потеряв 8 тысяч убитыми и пленными, Пугачев отступил. Белобородов попал в плен. Большая часть башкир повернула обратно, на родину. С отрядом в 500 человек Пугачев перешел на правый берег Волги.

С этого момента начался третий этап Крестьянской воины. Встретив сильное сопротивление, Пугачев пошел не на запад, а на юг, в свои родные казацкие места. Правительство готовилось к решительной борьбе против восставших. Так как уже был заключен мир с Турцией, появилась возможность против Пугачева бросить крупные регулярные войска. Из действующей армии прибыл А.В.Суворов. Новым главнокомандующим войсками, действовавшими против повстанцев, был назначен генерал-аншеф П.И.Панин.

Но росли и силы Пугачева. К восставшим присоединились 600 украинских казаков. На нижней Волге силы Пугачева пополнили бурлаки, донские и волжские казаки, калмыки. 21 августа 1774 г. войска повстанцев подошли к Царицыну, но город не взяли. 24 августа у Сальниковой ватаги, близ Черного Яра, правительственная армия Михельсона разбила войско Пугачева.

С небольшим отрядом предводитель восстания ушел за Волгу. Видя, что восстание потерпело поражение, Творогов, Чумаков, Федулов и другие яицкие казаки схватили Пугачева и выдали его царским войскам. Это случилось 14 сентября. А 10 января 1775 г. на Болотной площади в Москве Емельян Иванович Пугачев был казнен. С ним вместе были казнены Перфильев и другие соратники восстания, а в Уфе — Чика-Зарубин.

После подавления восстания Пугачева не прекратилась раздача крестьян и земель. В связи с заключением мира с Турцией щедрые пожалования крестьянами и деньгами получили Петр Румянцев, Алексей Орлов и другие. Для выдачи ссуд дворянам, пострадавшим от восстания, было отпущено 1,5 миллиона рублей.

Правительство содействовало развитию промышленности и торговли. Манифестом 17 марта 1775 г. было предусмотрено свободное заведение промышленных предприятий. Год спустя, в 1776 г., купечество получило не менее важную привилегию — освобождение от рекрутской повинности, замененной денежным взносом в 360 рублей. Через семь лет взнос был повышен до 500 рублей.

Крестьянская война показали слабость местного управления, поэтому начались реформы. 7 ноября 1775 г. было принято «Учреждение о губерниях». Екатерина II присваивала этот труд себе одной, о чем в торжественной форме она информировала французского философа и просветителя Вольтера. По «Учреждению о губерниях» страна делилась на губернии и уезды. Вместо прежних 23 губерний было образовано 50 менее обширных губерний.

После Крестьянской войны первый удар по «гнезду своеволия» и «разбойничьему месту» Екатерина II нанесла казачеству. В мае 1775 г. последовал указ об уничтожении Запорожской Сечи, как говорилось в указе, из-за «наглости и грабительства» казаков и из-за жалоб на их действия соседних держав. В начале нюня 1775 г. войска царского генерала Текели, возвращаясь в Россию после русско-турецкой войны с Дунайского театра действий, внезапно напали на Запорожскую Сечь и полностью разрушили ее. Часть казаков, недовольных ликвидацией Сечи, бежала за Дунай, образовав там Задунайскую Сечь. Оказавшись под властью Турции, задунайские казаки попали в еще более тяжелое положение.

После ликвидации Запорожской Сечи началось формирование так называемого Войска верных казаков, получившего позднее наименование Черноморского войска, которое было переселено на Кубань. Судьбу запорожского казачества разделило и Волжское казачье войско, переселенное в 1776 г. на Терек. Яицкие казаки тоже были лишены вольностей, ограничены в правах и подчинены Военной коллегии. После реформы 1775 г. на Дону было создало Войсковое гражданское правительство.

Покончив с Запорожской Сечью, правительство вскоре распространило губернскую реформу на Левобережную Украину, окончательно лишив ее автономного управления и остатков государственности, приобретенных в годы освободительной войны XVII в.

Заключение договора о Кючук-Кайнарджи еще не означало прочного мира между Россией и Турцией. Турецкое правительство, вынужденное дать согласие на условия, зафиксированные в договоре, не намерено было их выполнять. Особенно тяжелым считали в Турции признание независимости Крымского ханства.

В начале 1775 г. власть в Крыму захватил с помощью турок Девлет-Гирей. В 1776 г. Турция, угрожая русскому правительству разрывом, прямо потребовала возвратить ей Кинбурн и отказаться от поддержки Крыма. В ответ на претензии Порты русское правительство осенью 1776 г. ввело свои войска в Крым и оказало поддержку претенденту на ханский престол стороннику русской политики Шагин-Гирею. Это не было возобновлением войны, это была лишь демонстрация военной мощи со стороны России, причем Суворову удалось избежать столкновения с находившимися там турецкими войсками.

В марте 1777 г. Шагин-Гирей вновь был признан крымским ханом. Вскоре русские войска покинули Крым. Но этим воспользовались турки, которые содействовали организации восстания против Шагин-Гирея. Турецкое правительство назначило в Крым нового хана — Селим-Гирея. Но Шагин-Гирей нанес этому турецкому ставленнику поражение. Турецкий флот, опасаясь войск Суворова, не стал высаживаться на берег.