Вскоре настало тревожное время. Новое вторжение турок в Венгрию и поражение австрийских войск у Офена (1541) породили в народе слухи, будто евреи сочувствуют неприятелю и помогают ему путем шпионства. Говорили также, что евреи вместе с пастухами занимаются поджогами; этим объясняли участившиеся тогда в Праге и других местах пожары. Все эти тревожные толки повлияли и на короля. В сентябре 1541 г. он поручил своим послам на заседавшем в Праге сейме обсудить с депутатами от сословий вопрос о выселении из Богемии всех евреев за исключением тех, которые пожелают креститься. Сейм решил, что выселить евреев необходимо в кратчайший срок. Один месяц дан был евреям для сбора в путь. В некоторых провинциальных городах (Заац, Лейтмериц и др.) христианское население устроило выселенцам на прощание погромы, рассчитывая на безнаказанность таких патриотических подвигов; но король Фердинанд велел арестовать погромщиков и предать их суду, а еврейским общинам выдал охранительные грамоты. Срок выселения был продлен до весны 1542 года, а тем, которые имели должников, даны были более продолжительные отсрочки для взыскания долгов. Весной 1542-го потянулись толпы еврейских переселенцев из Богемии, Моравии и Силезии по направлению к ближайшим границам Польши. Но внезапно в настроении правящих сфер произошла перемена. Где-то были обнаружены действительные поджигатели, оказавшиеся христианами; тогда возникло сомнение и в верности молвы о сношениях евреев с турками. Главным же мотивом перемены было то, что в этом деле не оправдались финансовые расчеты Фердинанда. Лишившись дохода от евреев, король потребовал от магистратов Праги и силезских городов (Оппельна и Ратибора), чтобы они ему возместили эти убытки, так как городские советы раньше утверждали, что с уходом евреев возрастет богатство местных христиан. В Праге достигнуто было частичное соглашение; однако ни здесь, ни в других местах королевская камера не могла получать то, что раньше черпалось в изобилии из еврейских финансовых источников. Уже с осени 1542 г. наступила реакция в отношениях к евреям: король стал выдавать оставшимся в стране группам охранные грамоты (gleit kralowky) на временное право жительства, а затем такие грамоты выдавались всем возвращавшимся переселенцам. Такие паспорта должны были ежегодно возобновляться, и эта операция приносила королевской казне большой доход. В результате еврейские общины в Праге и других городах были восстановлены. Теперь король уже не обращал внимания на протесты сейма и городских советов: он запретил пражскому магистрату беспокоить евреев, допуская выселение только тех, которые не запаслись паспортом, то есть не заплатили в срок королевской камере за право жительства. По произведенной в 1546 году переписи, в Праге оказалось до тысячи еврейских душ обоего пола, из которых около половины должны были еще запастись «глейтами», или паспортами.

В Вене и Нижней Австрии положение евреев по-прежнему было крайне шатко. Право жительства в Вене давалось тому или другому еврею в виде особой милости. Приезжавший туда по торговым делам должен был заявлять властям, для какой цели и на какой срок он приехал, и получать особое разрешение на пребывание в столице; такие временные жители могли останавливаться только в двух гостиницах и обязаны были носить еврейский знак на одежде, для удобства надзора за ними. Впрочем, Фердинанд выразил желание, чтобы подобные декреты о евреях не были опубликованы, «ибо это может вызвать среди простого народа, в селах и на базарах, презрение (к евреям) и опасные последствия: легкомысленные христиане могут думать, что евреям запрещен доступ в город Вену за великие преступления и злодейства» (1548). Это, однако, не помешало Фердинанду через три года опубликовать общий декрет (1551), в котором по старому церковному шаблону еврейский знак выставляется как клеймо, предостерегающее христиан против вредного племени. Во всех подвластных Фердинанду I странах повелевалось евреям носить на верхней одежде, на груди с левой стороны, кружок из желтой материи такого размера, чтобы он мог быть замечен всеми. Кто по истечении месячного срока покажется на улице без этого знака, подвергается следующей каре: у него отбирается вся одежда с находящимися при нем вещами, и половина их отдается лицу, поймавшему такого преступника; пойманный же в третий раз без знака изгоняется из страны вместе с семейством. Только на больших дорогах, при переезде с места на место, евреи свободны от ношения Каинова знака. Препровождая проект этого декрета своему сыну, эрцгерцогу Фердинанду в Богемию, Фердинанд I указывает, что в этой провинции, где сосредоточена «наибольшая часть еврейства», особенно важно наблюдать за тем, чтобы евреи по внешности отличались от христиан.

Католическое благочестие пригодилось Фердинанду I через несколько лет, когда он, после отречения своего брата Карла V, получил титул императора Германии и Священной Римской империи (1556). В то время созрела в Риме «католическая реакция», проявившаяся, между прочим, в инквизиторских действиях папы Павла IV против евреев. В Австрии появились иезуиты, главные двигатели церковной реакции. По сигналу из Рима власти в Праге конфисковали множество религиозных книг в домах евреев и отправили в Вену для праведного суда над этими противохристианскими творениями; пражские евреи остались даже без молитвенников (1559). В то же время им угрожала еще большая опасность: император Фердинанд I снова склонился к доводам пражского магистрата о необходимости изгнать из Богемии евреев, которых жители считают главными виновниками упадка христианской торговли. На этот раз главное обвинение против евреев заключалось в том, что они распространяют в стране поддельную или неполновесную монету. В 1557 году Фердинанд I повелел объявить всем евреям, что по истечении одного года «глейты» больше не будут выдаваться и что им придется выехать из всех городов Богемии, Моравии и Силезии. В еврейских общинах поднялась тревога. Пошли ходатайства об отсрочке выселения; за пражских евреев ходатайствовал сам богемский наместник, эрцгерцог Фердинанд. Император согласился отсрочить выселение на год, а затем, по просьбе своего второго сына Максимилиана, еще на год. В виде компенсации за эту милость евреев обязали, по требованию иезуитов, представить епископу свои религиозные книги для цензуры и уничтожения там обидных для христианства выражений («дабы дети евреев не могли читать такие богохульства»). Вместе с тем еврейским старшинам было приказано, под страхом смерти («bei Verlust ihrer Leib und Leben»), не препятствовать членам общины слушать проповеди католических священников и не преследовать тех, которые под влиянием этих проповедей примут крещение. Иезуиты были уверены, что под угрозой предстоящего изгнания многие евреи согласятся на крещение. Однако ожидания не оправдались. Современник рассказывает, что заманенные в церковь евреи затыкали себе уши, чтобы не слушать миссионерских речей. Только трое слушателей приняли крещение.

Между тем наступил последний срок выселения (1561), и император объявил, что больше никаких отсрочек не даст, так как (по словам современного еврейского источника) он давно дал обет очистить страну от неверующих. Многие евреи уже уехали из Праги и других городов, но остальные еще боролись. Представитель пражской общины, Мордехай Цемах, отправился в Рим с целью просить папу разрешить императора от данного обета. Папой был тогда Пий IV, спасший евреев от жестокостей своего предшественника Павла IV. Он удовлетворил просьбу еврейского делегата, и набожный император согласился на дальнейшие отсрочки. В 1562 г. он велел короновать в Праге своего сына Максимилиана, в качестве богемского короля, и решил предоставить ему решение вопроса о пребывании евреев в королевстве. Скоро император Фердинанд I переселился в лучший мир, так и не осуществив своего обета о выселении евреев из Богемии.

Император Максимилиан II (1564-1576) снял с головы евреев дамоклов меч, висевший над ними в течение полувека. После ряда отсрочек выселения он наконец решился оставить евреев в Богемии. В 1567 г. он издал декрет, коим разрешалось евреям и впредь жить с потомством в Праге и во всем королевстве, на основании старых привилегий, и заниматься торговлей «без обмана и обиды для населения». Покровительство императора обходилось евреям очень дорого: специальные налоги росли из года в год, а во время войны к ним прибавлялись разорительные сборы. В разгар турецкой войны (1570) Богемская камера наложила на всех евреев поголовную военную подать, а также особый сбор для погашения королевских займов: «тридцатый пфенниг» с цены каждого проданного товара. Для обеспечения доходов казны Максимилиан вмешивался в выборы еврейских старшин в Праге, которые официально играли роль ответственных агентов фиска во всем королевстве.