В большой общине Праги внутренней борьбе плебеев с патрициями мешала необходимость внешней обороны: общине приходилось отстаивать независимость своего самоуправления от двойного контроля магистрата и Богемской камеры. Так как для обеих властей совет общины имел значение как орган фиска — по сбору налогов с евреев, то каждая из них старалась присвоить себе контроль над ним в виде права назначения или утверждения выборных членов совета или старшин (Judenälteste). В 1538 г. Богемская камера просила короля Фердинанда I передать ей право назначения старшин, которое пражский магистрат незаконно присвоил себе. Король издал такой декрет, но магистрат не хотел ему подчиниться, указывая на то, что он не сможет защитить евреев от нападений толпы, если еврейский общинный совет не будет непосредственно подчинен городскому совету. Жалуясь на это, камера заявила королю, что в действительности «защита» магистрата заключается в том, что он налагает на евреев разные сборы и штрафы, от чего они так обеднели, что не в состоянии уплачивать государственные налоги. Вскоре после этого начались описанные выше приготовления к выселению евреев из Богемии, и вопрос о юрисдикции над пражской общиной заглох на долгое время. Когда положение евреев в стране упрочилось, право назначения еврейских старшин в Праге фактически перешло к Богемской камере, а Максимилиан II в 1571 г. прямо объявил, что оставляет за собой лично это право, и поручил камере уведомлять его каждый раз о результате выборов. С тех пор списки новоизбранных старшин посылались на утверждение в Вену. Бывали случаи, когда император на основании отзывов Богемской камеры не утверждал некоторых лиц в списке и указывал на необходимость избрания других кандидатов. Камера доставляла императору сведения также о вновь избранных раввинах и судьях. Иногда император сам назначал сроки переизбрания старшин, особенно когда камера сообщала ему о неурядицах и раздорах в общине. Избирались в общинный совет и представлялись на утверждение императору следующие группы членов: пять главных или советских старшин (Ratsälteste), пять общинных старшин (Gemeindeälteste), трое раввинов и трое судей. В 1578 г. возгорелась борьба между двумя партиями в общине: советской и раввинской. Шестеро раввинов избрали новый состав совета и добились его утверждения императором Рудольфом. Советские старшины протестовали против этого нарушения обычного порядка выборов, между тем как «общинные старшины» поддерживали раввинскую партию. От обеих сторон шли просьбы и жалобы к императору, в дело вмешалась Богемская камера, и в результате был восстановлен старый порядок общих выборов по особому декрету императора (1579).

Пражский общинный совет был официально, как уже указано, органом всего богемского еврейства. Он отвечал за распределение королевских податей между всеми общинами. Издавна установился обычай, что из общей суммы податей половину уплачивали евреи Праги и других королевских городов, а другую половину — евреи, жившие на землях «господ и рыцарей». Раскладка податей между отдельными общинами производилась в Праге, что часто давало повод к столкновениям между столицей и провинцией. Мелкие общины возмущались тем, что на их долю ставили в Праге слишком много. Приходилось улаживать споры посредством третейского суда из авторитетных раввинов.

Однако, при всех недостатках тогдашнего порядка самоуправления, организованные главные общины были единственными крепостями, где германское еврейство могло защищаться против напора враждебных сил. Централизация приносила мелким общинам пользу тем, что в главную общину направлялись все жалобы на злоупотребления местных правительственных или муниципальных властей, а центральный общинный совет отстаивал интересы жалобщиков перед императором. В Богемии гегемония Праги до некоторой степени заменяла авторитет областных съездов, которые в ту эпоху созывались нерегулярно в Западной Германии и только в соседней Польше развились в постоянные сеймы, регулировавшие все стороны жизни еврейских общин.

Распространение книгопечатания привело к тому, что книга стала достоянием не только высших кругов, но и народных масс. Это внесло некоторое разнообразие и в литературу германского еврейства, которая раньше творилась только учеными талмудистами. С XVI века рядом с академической раввинской книгой становится популярная книга для простого народа, главным образом для женщин, которые умели свободно читать и писать только на своем обиходном языке: еврейско-немецком диалекте. Так появился рядом с древним национальным языком новый литературный язык, а с ним — некоторое новое содержание, конечно в узких пределах тогдашнего религиозного мышления.

В самой раввинской литературе яснее обозначилось в ту эпоху исконное соперничество двух элементов: ученого и популярного, Галахи и Агады. С одной стороны, талмудическая схоластика, «пилпулистика», была доведена до крайностей. В германских иешивах развился особый метод казуистических словопрений, имевший целью «изощрение ума учащихся». Он назывался «хилук» (логический разбор) и состоял в том, что желавший отличиться талмудист нагромождал разные цитаты из Талмуда и его комментаторов, отыскивал в них противоречия и затем путем разных софизмов улаживал эти противоречия, то есть распутывал им же запутанный клубок. Это был вид умственного спорта, где люди не искали истины, а наоборот, всякими хитростями запутывали ее для того лишь, чтобы показать свое остроумие и разностороннюю эрудицию, свою начитанность в огромной раввинской письменности («bekiut», specimen eruditionis). Распространение этих школьных состязаний связано с именем рабби Якова Поляка (ум. ок. 1530 г.), который учился в Нюрнберге, а затем насаждал талмудическое образование в иешивах Богемии и Польши. Из иешив новые приемы пилпула проникли в раввинскую литературу: в новеллы («Хиддушим») к талмудическим комментариям и в переписку раввинов (Респонсы, «Тешубот») по разным юридическим казусам. Из германских эрудитов этого толка прославился раввин Меир Шиф из Фульды (литературное имя — «Матарам Шиф», ок. 1600-1644), комментарий которого к Талмуду долгое время изучался в школах и считался самым трудным для учеников, не искушенных в рафинированной казуистике. Более умеренным в этом направлении был известный нам по своим злоключениям в Праге во время Тридцатилетней войны Иомтов-Липпман Геллер (1579-1654), автор общеизвестного комментария к Мишне под названием «Тосафот Иомтов». Практический общественный деятель, Геллер комментировал Мишну как источник действующего права и не мог допустить тут игры в диалектику. Однако и он в своих глоссах к компендиуму Роша («Maadane melech») — той самой книге, в которой ему инкриминировались оскорбительные для христианства выражения, — не мог удержаться от казуистического метода и одну часть этой книги даже озаглавил «Pilpula charifta» («Острый перец» — намек на происхождение термина «пилпул», от слова, обозначавшего «перец» или «острые пряности»). Геллер занимал раввинский пост во многих крупных общинах: в моравском Никольсбурге, в Вене и Праге, затем в украинских городах Немирове и Владимире-Волынском и, наконец, в польском Кракове. Ему довелось пережить украинскую резню 1648 года, которую он увековечил в синагогальной элегии.

Ближе к духовным потребностям народа подходили агадисты нового времени, раввины-проповедники, писавшие нравоучительные книги («Sifre mussar»). Самым плодовитым в этой области был главный пражский раввин Лейва бен-Бецалель («Магарал ми’Праг», «Der hohe Rabbi Löw», около 1520-1609 гг.). Это был богослов-моралист, обладавший ясным умом и порядочными общими знаниями (он был сведущ в математике и физике). Как другие раввины комментировали талмудическую Галаху, он объяснял Агаду и Мидраш. Он расширил в этом направлении библейский комментарий Раши в своем суперкомментарии «Gur Arje» (1578). Его сборники проповедей и этические трактаты («Нетивот Олам», «Нецах Израель» и другие) пользовались большой популярностью. Толкуя древнюю Агаду как моралист, рабби Лейва не допускал свободного ее толкования и осуждал критический метод итальянца Азарии де Росси. Но, с другой стороны, он также резко порицал тот метод «пилпула», который в форме «хилуким» развращал умы. Он жаловался на «кривые пути» тогдашнего обучения: вместо основательного изучения Библии и затем Мишны дети первого школьного возраста искусственно втягиваются в талмудическую казуистику и превращают учение в спорт, который «вместо изощрения ума до крайности затемняет его». Близкий к народу рабби Лейва сделался героем народной легенды. Рассказывали, что он сделал из глины человека-автомата, «Голем», вложил ему в рот «камею» (талисман) с надписанным полным именем Бога («шем гамфораш») и тем дал автомату возможность двигаться и исполнять разные поручения; как только раввин вынимал «камею» изо рта Голема, последний превращался в безжизненную глиняную фигуру. Еще рассказывали о таинственных беседах рабби Лейвы с жившим в Праге императором Рудольфом и полагали, что беседы касались вопросов астрологии и алхимии, которыми интересовался император; но скорее можно допустить, что на таких аудиенциях речь шла о делах пражской еврейской общины, которыми раввин занимался вместе с близким ко двору филантропом Мордехаем Майзелем. По каким-то причинам рабби Лейва в 1592 году покинул Прагу и занял пост главного раввина Великой Польши в своем родном городе Познани. Но через несколько лет он вернулся в Прагу, где умер в глубокой старости.