Первый генерал-инквизитор Португалии, Диего да Сильва, еще соблюдал поставленные папой условия, но льготные годы подходили к концу, и на марранов надвигалась страшная диктатура инквизиции. Из Лиссабона снова отправилась марранская депутация в Рим и представила папе записку, в которой между прочим говорилось: «Если ваше святейшество отвергнете мольбы и слезы еврейского племени или, чего мы не ждем, откажетесь устранить зло, то мы пред Богом протестуем и с плачем и стонами будем протестовать пред лицом всего мира. Так как наша жизнь, наша честь, наши дети находятся в постоянной опасности, несмотря на то, что мы старались (наружно) воздерживаться от иудаизма, — то в случае, если тирания не прекратится, мы сделаем то, о чем при другом положении никто из нас не подумал бы: мы вернемся к Моисеевой религии и отречемся от христианства, насильно нам навязанного. Мы все оставим наши насиженные места, чтобы искать убежища среди менее жестоких народов». Папа послал в Лиссабон нового нунция с поручением следить, чтобы марранам не чинили излишних обид и не мешали им апеллировать в Рим на приговоры трибуналов.

Вскоре произошел случай, снова ухудшивший положение. В феврале 1539 г. на воротах церквей в Лиссабоне появились плакаты со следующей надписью: «Мессия не пришел; Иисус не был истинным Мессией». Народ заволновался, и король объявил награду в десять тысяч крузад тому, кто откроет имя автора богохульной надписи. Виновник был обнаружен: он оказался марраном по имени Мануил да Коста. Сознавшись под пыткой, он был сожжен на площади в Лиссабоне. С этого времени недоверие и ненависть к марранам усилились. Снисходительный генерал-инквизитор да Сильва был смещен, и его место занял брат короля, кардинал-инфант Генрих, ожесточенный враг новохристиан. Напрасно папа взывал к соблюдению гарантий правосудия, установленных при введении инквизиции: кардинал-инфант и назначенные им местные инквизиторы взяли себе дискреционную власть. В Лиссабоне, Коимбре, Эворе лихорадочно работали «священные трибуналы», тюрьмы переполнились узниками и на площадях пылали костры инквизиции. Португальские марраны были наконец уравнены в правах мученичества с испанскими.

В Лиссабоне, где инквизитором был Иоанн де Мелло, заключенные томились в подземных темницах; пытка, при помощи которой у несчастных вынуждалось сознание, состояла в палочных ударах, сдирании кожи с тела, поджаривании пяток и тому подобных мучительствах. Отправить маррана на костер было для Мелло истинным наслаждением. Он с восторгом изображает в письме к королю одно огромное аутодафе в столице: «Около ста осужденных составляли торжественное шествие. Светский судья вел их в сопровождении двух церковных хоров. Когда пришли на место казни, запели гимн: Veni creator spiritus! Один монах взошел на кафедру, проповедь была коротка, ибо в этот день предстояло много работы. Читались приговоры, сначала для осужденных на изгнание и временное заключение, потом — для осужденных на вечное заточение и наконец — для приговоренных к смерти. Последних было двадцать. Семь женщин и двенадцать мужчин были привязаны к столбу и заживо сожжены. Только одна женщина, вследствие полного раскаяния на исповеди, была помилована». Другой инквизитор, доминиканец Бернардо де Санта-Круц, усердно работал в Коимбре. В числе пойманных им жертв был богатый марран Симон Альварес. Инквизитор решил сжечь Альвареса и его жену за ересь, но для законности приговора нужно было, чтобы хоть один свидетель показал против обвиняемых, а такого, к досаде судей, не было. Тогда Бернардо взял на допрос шестилетнюю дочь Альвареса, поставил ее перед чашкой с раскаленными угольями и грозил сжечь на угольях ее ручку, если она не скажет, что ее родители наносили удары фигуре распятия; девочка сказала все, что от нее требовали, — несчастных сожгли на основании «свидетельского показания».

Возмущенный известиями об ужасах инквизиции, папа Павел III снова поручил своему нунцию в Лиссабоне настаивать на соблюдении важнейших гарантий правосудия, установленных в булле 1536 года. Тогда король Иоанн послал епископа Балтазара Лимпо на заседания Тридентского собора, чтобы обелить там черные дела португальских инквизиторов. Епископ произнес там пламенную речь в защиту благодетельной инквизиции и даже нападал на папу за то, что он не вводит такого же розыска против марранов, приютившихся в Италии и открыто исповедующих иудейство. Уступая большинству в соборе, Павел III наконец согласился на компромисс: он объявил прощение всем марранам, которые публично раскаются в отпадении от церкви и обяжутся быть добрыми христианами; после этого они, в случае отступничества, уже подлежат строгому суду инквизиции (1547). На основании этого эдикта тысячи марранов были освобождены из темниц Лиссабона, Эворы и Коимбры. Но спустя несколько лет эти тюрьмы наполнились новыми узниками из тех «раскаявшихся», которые впали в прежнюю ересь. Опять пошел в ход весь аппарат священного трибунала, со шпионством, арестами, допросами под пыткой, публичными аутодафе и конфискациями имущества. Наступивший вскоре, при Павле IV, резкий поворот римской курии в сторону католической реакции развязал португальским клерикалам руки; между ними и курией установилось полное единодушие.

Право короля на конфискацию имуществ осужденных марранов, одна из важнейших побудительных причин при введении инквизиции, явилось впоследствии средством для смягчения ее режима. Конфискованные имущества богатых марранов составляли весьма значительную статью дохода для португальских королей, но эта статья колебалась в зависимости от числа приговоров в инквизиционных трибуналах: в годы, когда число приговоров было невелико, король нуждался в деньгах. С другой стороны, марранам было выгоднее отдавать добровольно казне часть своих денег, чем рисковать всем состоянием в случае осуждения их трибуналом. На этой почве между ними и королем Иоанном III состоялось соглашение, установившее нечто вроде взаимного страхования. Был заключен договор на десять лет, по которому король обязывался не пользоваться своим правом конфискации имущества осужденных, под условием, чтобы все марраны вносили в казну ежегодно специальную подать. Раньше марраны платили римской курии, чтобы она ограничивала деятельность португальских инквизиторов; теперь они платили королю за смягчение последствий этой деятельности. Этот договор, по-видимому, плохо соблюдался во время регентства бывшего инквизитора, кардинала-инфанта Генриха (после смерти Иоанна III в 1557 г.), когда государством управляли доминиканцы и наводнившие страну иезуиты. Регент возобновил запрещение эмиграции марранов из Португалии: без особого разрешения никто не мог уезжать из страны со своим имуществом (1569). Торговые сделки с правительством возобновились при юном короле Себастиане, который постоянно нуждался в деньгах для своих военных экспедиций. Он получил от всех португальских марранов огромную сумму в четверть миллиона дукатов, гарантируя им за это в течение десяти лет неприкосновенность имущества осужденных. Кроме того, он разрешил марранам переселяться в другие страны с правом продавать свое недвижимое имущество и вывозить движимое (1577). Вскоре, однако, этот король-маньяк, помешанный на идее распространения христианства среди мусульман Северной Африки, погиб во время похода туда, а в 1580 году Португалия была соединена с Испанией под властью Филиппа II. Судьбы марранов в обеих частях объединенного государства уравнились.

Присоединение Португалии к Испании отдало весь Пиренейский полуостров в руки злого тирана Филиппа И, который был вознагражден этим за отпадение Нидерландов от Испании. Вся энергия инквизиторов трона и алтаря направилась на искоренение всяких ересей на полуострове, который должен был служить образцом истинно католического государства в расколотой реформацией Европе. Продолжалось и обуздание «иудейской ереси». Марраны тогда устремились в освобожденные Нидерланды, где по Утрехтской Унии была провозглашена свобода вероисповедания, но Филипп II отменил предоставленную португальским марранам свободу выезда из государства. Чтобы отделить сомнительных католиков от истинных, он возобновил старый закон, обязывавший новохристиан в Португалии носить отличительный головной убор желтого цвета, какой носили евреи в католических странах. Это облегчало агентам инквизиции шпионскую работу среди марранов. Португальская инквизиция была объединена с испанской на автономных началах: король получил от папы право назначать в Португалии особого главного инквизитора. Этот пост обыкновенно занимал Лиссабонский архиепископ. В обеих частях государства участились аутодафе, но в Португалии террор инквизиции был гораздо сильнее. Это побудило многих марранов переселиться в Испанию, пока власти не спохватились и не усилили надзора за ними на новых местах. В Севилье и Толедо жгли на кострах уличенных в иудействе «португальцев» вплоть до смерти Филиппа II (1598).