Леон Модена, которого Дельмедиго считал своим учителем, пренебрежительно говорил о его апологии каббалы в своей критике «Ари ногем» и высказал предположение, что автор под видом защиты каббалы хочет осмеять ее, «так как он хитрый ученый, обладающий всякими познаниями» (глава 25). Свое всезнайство Дельмедиго демонстрировал в обширном труде «Элим», напечатанном в Амстердаме, куда переселился и автор (1628-1629). Здесь он пытается разрешить важнейшие проблемы математики, механики, астрономии, естествознания, философии и религии, но не разрешает, а еще больше запутывает их в пестрой смеси рассуждений. Книга производит впечатление фейерверка, пущенного для эффекта и оставляющего потом зрителя впотьмах. Вместе с тем Дельмедиго продолжал распространять ходкие в то время каббалистические писания через своего ученика, мистика Самуила Ашкенази, который выпустил под его именем серию статей под общим заглавием «Тайны Науки» («Taalumot chochma», Базель, 1631), куда вошла и упомянутая выше апология каббалы.

Лишенный прочной оседлости в мире духовном, Дельмедиго был лишен ее и географически: он не мог усидеть долго на одном месте. В 1631 г. он уже занимает должность врача в еврейской общине города Франкфурта-на-Майне, а последние годы жизни проводит в чешской Праге. Образованный врач, естествовед и философ, он тем не менее мирно уживался с германскими евреями, считавшими всякую светскую науку ересью, ибо умел приспособляться ко всяким обстоятельствам. Обширные знания не дали Дельмедиго ясного миросозерцания и твердых убеждений. Он постоянно метался между наукой и мистикой и противоречил себе на каждом шагу. В отличие от Модены, который мучился своими сомнениями, Дельмедиго забавлялся ими. Это был двуликий Янус в умственном отношении. В нем проявились комические стороны переходной эпохи, как в Азарии де Росси и Леоне Модене — трагические ее стороны. Но скоро прекратятся эти шатания мысли в итальянском еврействе. Со второй половины XVII в. там будут безраздельно царить раввинизм и каббала, окрыленная бурным мессианским движением того времени. Сомнения и дух критики заглохнут в умственном гетто, которое станет столь же тесным, как узкие и темные улицы еврейских кварталов.

После изгнания евреев из Пиренейского полуострова еще не прекратилась связь гонимой нации с мрачными гнездами инквизиции. Ушли евреи, но остались марраны, те десятки тысяч насильственно загнанных в лоно церкви, которые в душе остались верными своей религии и народности. Эти люди, надеявшиеся притворным крещением облегчить свою участь, создали для себя и своих потомков такой ад, что могли завидовать положению своих изгнанных братьев, скитавшихся на чужбине.

В Испании марранство было застарелой болезнью, вогнанною глубоко внутрь государственного организма. Дети и внуки «новохристиан», приобретенных церковью после севильской резни 1391 года и клерикального террора следующей эпохи, давно уже породнились и слились с испанским старохристианским обществом, вступили в ряды испанского дворянства, духовенства и чиновничества, — но не все сделались верными сынами мачехи-церкви, усыновившей их огнем и мечом. Многие льнули к синагоге и испытывали особенное наслаждение, когда после принудительной церковной службы изливали свою душу в молитвах к Богу отцов, где-нибудь в темном подземелье, в тайном собрании братьев по крови и вере. От отца к сыну шел завет: «Чти Христа устами, а Иегову сердцем; будь христианином явно и иудеем тайно». Учрежденная в 1480 г. инквизиция для истребления «иудействующих» осветила этот завет заревом костров, мученичество освятило его. Ни ярость Торквемады и других палачей церкви, ни изгнание евреев из Испании с целью удаления соблазна для марранов не могли искоренить марранства, этого протеста еврейской совести против произведенного над ней насилия. Число марранов еще увеличилось после 1492 года, ибо к старым группам прибавились новые, из тех, которые предпочли изгнанию притворное крещение. Новообращенные последней формации думали, что инквизиция не долго будет свирепствовать, что им удастся еломить это чудовище при помощи власти и денег; они не могли предвидеть, что чудовище просуществует еще триста лет и наполнит мир воплями тайных иудеев, тайных мусульман (мориски), протестантов и прочих диссидентов в разросшейся испанской монархии.

Еще при жизни короля Фердинанда Католика, учредителя инквизиции, умер первый генерал-инквизитор Торквемада (1498). При нем за 15 лет были сожжены по приговорам испанских инквизиционных трибуналов приблизительно десять тысяч отступников от католической веры и подвергнуто другим наказаниям около ста тысяч раскаявшихся или «примирившихся» с церковью («reconciliados») В обеих группах было немало марранов, осужденных за иудаизирование. Этими своими «клиентами» инквизиция особенно дорожила, ибо тут достигались обе цели ее учредителей: очищение страны от иноверия и наполнение королевской казны конфискованными имуществами осужденных. Католическое духовенство было также материально заинтересовано в этом предприятии. Инквизиционные трибуналы (к началу XVI века их было семь: в Толедо, Севилье, Кордове, Вальядолиде, Сарагосе, Барселоне и Валенсии, но потом число их увеличилось) имели огромный штат служащих, начиная с генерал-инквизитора и инквизиторов отдельных городов и кончая многочисленными агентами, шпионами, следователями, членами суда и палачами, специалистами по производству пыток при допросах. Вся эта армия чиновников, вербовавшаяся преимущественно из духовенства: епископов, священников и монахов, — содержалась на счет доходов от конфискованных имуществ осужденных, т.е. делила добычу с королем. Она поэтому была прямо заинтересована в умножении числа обвинительных приговоров и в создании возможно большего количества процессов против богатых марранов, владевших имениями и наличными капиталами. Король Фердинанд Католик и генерал-инквизитор были шефами очень выгодного торгового предприятия, носившего почтенное имя «Священное присутствие» (Sanctum officium), и оба старались расширить деятельность своей фирмы.

Преемник Торквемады, генерал-инквизитор Деза (1498-1507) усилил надзор за марранами, особенно за теми, которые крестились в 1492 г. с целью избавиться от изгнания. По малейшему подозрению в склонности к старой вере ловили марранов и подвергали их тем допросам под пыткой, которые были только ступенью к аутодафе. В трибуналах кипела работа. Сотни иудействующих приговаривались к сожжению, вечному заточению, ссылке, позорному публичному покаянию и конфискации имущества. Особенно свирепствовал кордовский инквизитор Лусеро. В 1505 г. он создал процесс-монстр, взволновавший всю Испанию, так как он задел высшие классы общества. По донесениям шпионов Лусеро арестовал около ста лиц из испанской знати, среди которых было много марранов, обвиняя их в том, что они участвуют в тайном обществе, которое разослало по стране 25 «пророчиц» для распространения иудейства. У одной из этих мнимых пророчиц вырвали на допросе под пыткой сознание, что в доме гранадского архиепископа Талаверы состоялось собрание, где говорилось о скором пришествии пророка Илии и еврейского мессии. Инквизитор хотел погубить престарелого архиепископа, в жилах которого текла еврейская кровь, и ходатайствовал перед папой о предании его суду. Этот инквизиционный террор вызвал возмущение в высшем обществе. Лусеро, имя которого означало «светлый», называли «Тенебреро» («мрачный»). В жалобах на него высшему совету при генерал-инквизиторе, Супреме, говорилось, что он хуже разбойника на большой дороге, ибо тот отнимает либо кошелек, либо жизнь, а Лусеро отнимает и то, и другое. В Кордове даже вспыхнул бунт: толпа, под предводительством одного графа, ворвалась в здание трибунала, арестовала чиновников (сам Лусеро успел скрыться) и освободила узников из тюрем инквизиции (1506). Все эти протесты заставили короля Фердинанда уволить генерал-инквизитора Дезу и заменить его кардиналом Хименесом, толедским архиепископом. Затеянный Лусеро процесс оказался только ловким приемом для ловли еретиков; уцелевшие от расправы узники были освобождены, а архиепископ Талавера был признан невиновным в самом Риме. Лусеро был предан суду, но благодаря покровительству короля отделался только тем, что его отрешили от должности.