С 1521 года австрийскими землями управлял на правах эрцгерцога брат императора Карла V, Фердинанд I, ставший вскоре королем Богемии и Венгрии (1526), а позже и германским императором (1556). Это был типичный для того времени монарх, постоянно лавировавший между юдофобскими требованиями сословий и личными интересами, несовместимыми с сокращением «казенного добра» в лице евреев. В 1526 г. соединенный ландтаг австрийских земель ходатайствовал, чтобы евреям было запрещено жить во всех «наследственных землях» австрийской короны; Фердинанд ответил, что он оставит евреев лишь в местах, которые не имеют противных этому привилегий нетерпимости (de поп tolerandis judaeis). Оставленные на местах должны были платить, кроме обычных налогов, чрезвычайный налог на покрытие издержек по войне с турками, которая тогда была в самом разгаре. Многолетняя война с турками, занявшими значительную часть Венгрии, давала повод к обвинению евреев в сочувствии неприятелю, и на этой почве возникали новые проекты выселений или новые отягощения для тех, которые откупались от изгнания деньгами.
Большие еврейские массы сосредоточивались в Богемии, Моравии и Силезии. В начале XVI века, когда Богемией управняли венгерские короли из польской династии Ягеллонов, положение евреев определялось борьбой интересов короля, «панов»-землевладельцев и городских сословий. Еще в 1499 г. король Владислав II, вследствие жалоб евреев Праги и других городов на притеснения со стороны христиан, объявил в двух декретах, что евреи подчинены королевским властям, «дворскому судье» в Праге и «подкоморию» в других городах, которые должны охранять их права и привилегии, причем король запрещает евреям поступать под опеку «разных панов» в Праге или в провинции. В 1501 г. король и сейм «панов и рыцарства», ввиду распространившихся слухов о предстоящем изгнании евреев из Богемии, торжественно объявляют, что евреи останутся в стране и сохранят свои привилегии при условии платежа установленных податей. Однако некоторым городам удалось исходатайствовать для себя подтверждение старой привилегии — «не терпеть евреев». Так сделал город Пильзен, которому король позволил в 1504 г. выселить евреев; поводом послужило обычное «святотатство» — кража гостии из церкви для мнимо ритуальных целей. Ритуальный процесс в городе Будвейс повел к казни двух евреев и подготовил почву для выселения остальных (1505). Это придало бодрости бюргерам самой Праги, которые в 1508 году «выпросили» у короля Владислава в Офене дозволения изгнать евреев по прошествии одного года; скоро, однако, король одумался и не только отменил выселение, но даже запретил евреям оставить Прагу, причем поставил над ними опекуном пражского бургграфа. Тех евреев, которые уже покинули город и нашли приют в поместьях чешских панов, король старался вернуть в Прагу, обещая впредь не допускать выселения. Недовольный таким оборотом дела, пражский городской совет поставил евреям следующие условия относительно их промыслов: чтобы ссуда денег выдавалась ими мещанам только под залог вещей, в небольших суммах и на небольшие проценты, а для более крупных кредитных операций нужно испрашивать согласие магистрата; на городском рынке еврею запрещается предлагать продавцу большую цену, если покупатель-христианин предлагал за данную вещь меньше; евреям запрещается изготовлять и продавать сукно всякого рода, новые «кожухи», новые топоры, сабли, кошельки и прочие предметы, составляющие монополию христианских ремесленников, а дозволяется торговать только поношенным платьем и старыми вещами; вообще евреи могут вести торг только в своем квартале, а на городском рынке им можно торговать лишь в ярмарочные дни, да и то не в лавках или ларях, а вразнос, «держа товар в руке, без стойки, как на толкучем рынке»; в довершение всего, еврей обязан носить верхнее платье особого покроя для отличия от христиан (1515). Так как евреи не могли соблюдать все эти условия, продиктованные жадностью торгашей и мастеровых, то через несколько лет снова началась агитация с целью выселения их из города. Неизвестно, чем кончился бы этот новый поход юдофобов, если бы вскоре не наступил политический кризис в связи с упомянутым наступлением турок: чешско-венгерский король Людовик пал в битве при Могаче (1526) и в Богемии утвердилась династия Габсбургов в лице австрийского эрцгерцога Фердинанда I.
Один современник описывает, как евреи встречали нового короля при въезде его в Прагу (февраль 1527): «Когда его королевское величество в торжественном шествии приехал на площадь, там стояло больше тысячи евреев с большим красивым знаменем. Они держали также балдахин, к которому была подвешена таблица с красиво написанными десятью заповедями, и намеревались подвести короля под этот балдахин, но он не согласился на это. Затем евреи покорнейше просили короля позволить им остаться верными своим десяти заповедям, своей религии и Ветхому Завету. Король на это соизволил ответить, что он будет для них милостивым правителем». Через месяц Фердинанд I издал декрет, в котором было сделано знаменательное заявление: король оставляет евреев в Праге и во всем Богемском королевстве при их прежних привилегиях на вечные времена и не допустит, чтобы их оттуда вытесняли или изгоняли; все христианские сословия предупреждаются, чтобы они не притесняли евреев, «во избежание великого гнева нашего и наших потомков, будущих королей Богемии». Отношения между евреями и королевской властью отныне регулировались «Богемской камерой» (Böhmische Kammer) в Праге: она взимала государственные подати с евреев и вместе с тем защищала еврейское население от произвола городских советов и других сословных властей; камера сносилась со «старейшинами» еврейской общины Праги, то есть национальным советом, которому были подчинены еврейские общинные советы всех городов Богемии. На первых порах Фердинанд I и Богемская камера добросовестно исполняли роль покровителей еврейского населения. По жалобе еврейского совета, переданной камерой королю, последний потребовал от пражского городского совета объяснения, почему городские власти, взимая с богатых евреев особые сборы за право жительства, гонят бедных евреев. Камера объявила бургомистру выговор от имени короля за это самоуправство (1529). Представители королевской власти боролись также с попытками выселения евреев из разных городов. Тогдашняя австро-турецкая война заставляла короля ценить услуги евреев в качестве щедрых данников, а некоторых — в качестве устроителей военных займов.
С течением времени, однако, отношения Фердинанда к богемским евреям стали такими же переменчивыми, как к австрийским: король не мог противиться влиянию католического духовенства и требованиям сословий. Усилилось антиеврейское движение в Моравии и Силезии. В раздробленной на мелкие герцогства Силезии евреи, со времени бреславской катастрофы 1453 года (том II, § 47), во многих местах не имели права постоянного жительства, а могли только приезжать временно по торговым делам, в особенности на большие ярмарки, привлекавшие много купцов из Польши (Бреславль, Лигнитц и др.). В других местах (герцогства Иегерсдорф, Оппельн и Ратибор) они жили значительными массами и могли хорошо оплачивать свое право жительства герцогам или маркграфам, так как торговля с соседней Польшей доставляла им хороший заработок. Но тут благосостояние евреев вызывало зависть городских христианских сословий; мещане часто требовали изгнания евреев из того или другого города, обещая правителю платить ему ту сумму, которую их конкуренты платили за право жительства. Там, где денежные посулы не действовали, инсценировался ритуальный процесс, сжигались несколько евреев, а остальные изгонялись. Так, в 1535 г. старшина еврейской общины в городе Леобшиц был обвинен суеверной толпой в каком-то гнусном чародействе (попытка погубить всех христианок путем вливания женского молока одной христианки в череп казненного преступника) и сожжен на костре, а через некоторое время маркграф изгнал всех евреев из Леобшица. Король Фердинанд, после некоторых колебаний, утвердил решение маркграфа. В 1539 г. местные власти хотели изгнать евреев также из герцогства Оппельн, но тут Фердинанд велел им подождать, покуда не будет решен общий вопрос о евреях в Богемии. В то время городской совет в Праге снова принялся за решение этого вопроса. Он добивался полной опеки над местной еврейской общиной, желая присвоить доходы, которые поступали в королевскую камеру, а в случае отказа решил добиться изгнания евреев из города. Сначала королевская камера сопротивлялась этим домогательствам, но потом она сама выступила против евреев с обвинением в нарушении закона: некоторые евреи, вопреки запрещению, вывозили за границу серебро, составлявшее монополию монетного двора. Так как, рассуждала камера, подобными действиями евреи причиняют казне убыток, не покрываемый поступающими от них податями, то их следует изгнать из государства. В этом смысле было послано донесение королю Фердинанду (1540).