В первые дни июня 1606 г. в Москве начались мятежи. Кто-то мелом написал на домах богатых иноземцев, что якобы царь предаст их имущество разграблению. Нашлось много желающих поучаствовать в этом деле, но воинские дружины успели разогнать толпу.
Через несколько дней снова произошло смятение. Народ уверили, что с ним хочет говорить царь. Масса людей собралась на Красной площади. В это время Шуйский, ничего не подозревая, шел в храм. Его окружили бояре. Он обиделся на них, кинул царский жезл, снял с головы венец и промолвил: «Вижу ваш умысел, но для чего лукавить, если я вам не угоден? Кого вы избрали, того можете и свергнуть. Будьте спокойны, противиться не буду». Слезы текли из глаз этого несчастного властолюбца. Все молчали в изумлении. Шуйский снова надел венец, поднял жезл и сказал: «Если я царь, то мятежники да трепещут!». Все ответили Шуйскому: «Ты наш царь законный! Мы тебе присягали — и не изменим! Гибель крамольникам!». В толпе схватили пятерых подстрекателей и высекли кнутом. Нашли и великих крамольников, ими оказались Нагие. Их допросили, но наказывать не стали. Сослали только одного Петра Шереметева, родственника Нагих, действительно уличенного в кознях.
Столица утихла до времени, но большая часть государства уже пылала бунтом. Там, где появился первый Лжедмитрий, объявился и второй. Казалось, что уже никто не поддержит нового Лжедмитрия, но случилось совсем по-иному. Нашлись новые покровители самозванца. Первым из них оказался князь Григорий Шаховской, воевода Путивля, бывший любимец Лжедмитрия I.
Шаховской собрал жителей города и объявил, что московские изменники убили не Дмитрия, а какого-то немца. Якобы настоящий сын Иоанна Васильевича скрывается в Северской земле, и что Василий Шуйский готовит Путивлю и всей Украине гибель. Народ не усомнился в искренности речи Шаховского — и восстал. Казалось, что все города Южной России ждали этого сигнала. Волнения охватили Моравск, Чернигов, Стародуб, Новгород-Северский, Белгород, Борисов, Оскол, Трубчевск, Кромы, Ливны, Елец.
Странно, что еще никто не видел нового Лжедмитрия, но уже многие пылали к нему усердием. Кто не верил грубому, бесстыдному обману, кто не хотел изменить Василию и дерзал противиться мятежу, тех убивали, вешали, сбрасывали с башен, распинали. Плавая в крови, утопая в мерзостях насилия, мятежники терпеливо ждали нового лжецаря.
В Польше, на Украине, в южнорусских землях говорили о Дмитрии, который якобы ушел из Москвы в одежде инока и теперь скрывается.
Но кем же был этот новый самозванец? Он нисколько не походил на Отрепьева. Был выше его, смугл лицом, имел курчавые волосы, черные глаза, густые брови, приплюснутый нос, стриженые усы и бороду. На щеке выделялась бородавка. Так же, как и Отрепьев, новый самозванец говорил по-польски и знал латинский. Говорили, что этот обманщик был дворянин Михаил Молчанов, за какую-то провинность сеченый кнутом во времена Бориса Годунова.
Уже первый слух о возможном бегстве Отрепьева встревожил московских людей. Снова появились грамоты от имени Лжедмитрия. Объявлялось, что «царь» появится в столице к Новому году. Василий Шуйский принимал меры, но тщетно: выловить зачинщиков не удавалось. На юг России был послан митрополит, но его никто не слушал. Письма писала и инокиня Марфа. Однако ни грамоты, ни письма успеха не имели. Бунт нарастал.
Видя неизбежность кровопролития, Василий приказал войскам подойти к Ельцу и Кромам. Войсками предводительствовали бояре князья Иоанн Воротынский и Юрий Трубецкой. Но организованные в отряды восставшие сумели разогнать войска москвитян. Во главе мятежников стоял Иоанн Болотников, согласно наиболее распространенной версии в свое время взятый в плен татарами, проданный затем туркам, бывший у них гребцом на галерах; освобожденный из плена, он оказывается в Венеции, откуда пробирается в Польшу.
Орел, Мценск, Тула, Калуга, Венев, Кашира, все рязанские земли поддержали бунтовщиков. Избрали руководителей. Ими оказались боярский сын Истома Пашков, бывший воевода из Рязани Григорий Сунбулов (Сумбулов) и дворянин Прокопий Ляпунов.
Измена, как поветрие, распространилась на многие другие города: Смоленск, Дорогобуж, Вязьма, Ржев, Зубцов, Старица предались тени Лжедмитрия. Но Тверь, издавна славная в наших летописях, не изменила. Василий Иоаннович делал, что мог. Он объявил всенародно о причинах мятежа, о нелепом слухе, связанном со спасением Отрепьева.
Шуйский дал указание перенести тела Бориса Годунова, его жены Марии и юного Федора из бедной обители Св. Варсонофия в знаменитую Троице-Сергиеву лавру. Тела перевезли с почестями. Позади шествия ехала в закрытых санях несчастная Ксения, которая громко причитала о гибели своего дома, жалуясь Богу и России на изверга-самозванца. Она жила еще 16 горестных лет во Владимирском девичьем монастыре, не имея никаких утешений.
Снова мятежники имели успех. Болотников, Пашков, Ляпунов взяли и опустошили Коломну и расположились под Москвой. Они объявили о свержении Шуйского. Посылали грамоты москвитянам, духовенству, дворянству, народу. Столица была окружена мятежниками, но царь Василий Шуйский не терял духа. Он организовал оборону столицы. Некоторые города — Зубцов, Старица, Ржев и другие — перешли на сторону царя. Мятежников выбили из Можайска и Волока-Ламского.
Вскоре многие недовольные одумались и явились к царю с покаянием. Болотников со своим уже немногочисленным войском укрепился в Коломенском, войска Шуйского окружили его. Начались решающие сражения. Болотников бился, как лев. Пашков, не обнажив меча, перешел со значительной частью войска на сторону царя. Молодой 26-летний воевода князь Михаил Скопин-Шуйский победил мятежников. Было взято в плен столько пленников, что они не смогли вместиться во всех темницах Москвы. Однако Болотников скрылся из Коломенского и думал остановиться в Серпухове, но его туда не впустили. Он засел в Калуге и укрепил город глубокими рвами и валом. Беглецов-мятежников собралось тысяч десять.
Тем временем бродяга Илейка-Лжепетр, мнимый сын царя Федора, на пути к Москве узнав о гибели Отрепьева, проследовал мимо Казани, грабя и убивая население. Но Григорий Шаховской призвал Илейку, встретил его в Путивле с честью и обещал ему царство. Лжепетр обратился за помощью к Сигизмунду, затем направился в Тулу.
Иоанн Шуйский, брат царя Василия, осадив Калугу, не смог сломить сопротивление мятежников. Плохие вести встревожили Москву. В Калужской и Тульской землях скопились мятежники. Бунт вспыхнул в Арзамасе и Алатыре. Мордовские и русские крестьяне грабили и убивали царских чиновников и бояр. Был осажден Нижний Новгород, изменила царю Астрахань. Мятеж дошел и до Сибири, но появившиеся там воеводы не дали ему распространиться.
Так наступил 1607 год... Мятеж по-прежнему не прекращался. Болотников мужественно защищался в Калуге. Неудачная осада города длилась уже четыре месяца и завершилась поражением царских войск. Боярин Петр Шереметев не смог усмирить Астрахань, но царь уже не думал об этом городе, когда судьба царства решалась в 160 верстах от Москвы.
Снова закачался трон под Шуйским, но царь не терял самообладания. Болотникова предали анафеме. В мае 1607 г. Василий сам сел на коня и возглавил поход против восставших, центром которых стала Тула. В Туле, куда двинулся царь во главе 100-тысячного войска, находились тогда соединенные силы Болотникова и Лжепетра (Илейки).
Царские войска победили мятежников под Каширой, выбили их из Алексина и пошли к Туле, где засели 20 тысяч человек. Началась осада города — медленная и кровопролитная. Болотников с той же смелостью бился в вылазках, презирая смерть.
Весной 1607 г. в пределах Белоруссии появился новый самозванный царевич Дмитрий. Настоящее его имя неизвестно. Говорили только, что это якобы дворянин Андрей Нагой. В августе этот Лжедмитрий II появился в Стародубе (в нынешней Брянской области). Вместе с самозванцем был московский подъячий Александр Рукин, который объявил народу, что царь уже приближается к их городу. Он спросил, готовы ли они с честью встретить его? Народ единодушно воскликнул: «Где он? Где отец наш? Идем к нему все головами». Рукин ответил, что царь с ними, и указал на мнимого Андрея Нагого. Никто не усомнился, все кинулись лобызать ноги пришельца. Ударили в колокола, пели молебны, восхваляли самозванца.
