Политическое влияние Иосифа Наси возросло при преемнике Сулеймана, Селиме II (1566-1574), который с юных лет был расположен к своему еврейскому советнику. Тотчас по вступлении на престол Селим отдал Иосифу в пожизненное владение остров Наксос и прилегающую к нему группу Цикладских островов в Эгейском море. Бывший марран, некогда скрывавшийся от агентов инквизиции, стал титуловаться «герцогом Наксоским» или «герцогом Эгейского моря» (Dux Aegei Pelagi). Высокий титул должен был укрепить официальное положение сановника, который в то время принимал деятельное участие во внешней политике Порты. Европейские правительства, имевшие дела с Турцией, скоро почувствовали руку дипломата-еврея в Константинополе. Когда в Нидерландах появились первые признаки восстания против католической Испании, Иосиф Наси поощрял восставших обещанием помощи со стороны Турции. Он послал вождям реформации в Антверпене письмо (1566), в котором советовал стойко держаться против тирании Филиппа II. Скоро кровавый режим герцога Альбы раздул пламя восстания в сильнейший пожар, и вождь восставших, Вильгельм Оранский, отправил к Иосифу посла с просьбой склонить султана к объявлению войны Испании, дабы отвлечь ее силы от мятежных провинций. Но старания еврейского дипломата в этом направлении встретили противодействие со стороны турецкого министра иностранных дел, великого визиря Мухаммеда Соколли. Этот ренегат из венецианских христиан, принявший ислам ради карьеры, завидовал влиянию Иосифа при дворе и мешал всем его попыткам втянуть Турцию в войну с христианскими государствами.
Всесильному визирю не удалось, однако, предотвратить поход Селима на остров Кипр, предпринятый по совету Иосифа. Остров принадлежал Венеции, с которой бывший марран давно уже хотел рассчитаться за ее обращение с семьей Мендес-Наси и вообще с евреями, искавшими приюта во владениях республики. Когда Селим стал готовиться в поход, великий визирь, с целью помешать этому и скомпрометировать Иосифа, распустил слух о намерении еврейского герцога провозгласить себя королем Кипра, для чего им будто бы уже заготовлено особое знамя. Все эти интриги ни к чему не привели. Турецкие войска пошли на Кипр и осадили укрепленный город Фамагусту (1570). Взбешенное этим нападением, правительство Венецианской республики велело заключить в тюрьму всех турецких купцов, находившихся в Венеции, среди которых преобладали евреи, и, кроме того, задумало изгнать всех евреев из республики — акт мести за политику турецко-еврейского сановника. Однако когда Фамагуста была взята и остров был потерян для Венеции, план мести был оставлен: пришлось вести с Турцией мирные переговоры, а в такой момент раздражать еврейского дипломата было опасно. В Венеции знали, что и правительствам более сильных государств приходилось заискивать перед Иосифом Наси при ведении переговоров с Турцией. После новых турецких завоеваний в Венгрии германский император Максимилиан II поручил своему посольству, отправленному в Константинополь для заключения мирного договора, задобрить подарками Иосифа Наси, как и других султанских советников, чтобы расположить их к уступкам (1567). Польский король Сигизмунд-Август вел переписку с Иосифом Наси. В одном письме король обещает ему вскоре уплатить по сделанному крупному займу и подтвердить для польских евреев «условленные привилегии» (см. дальше, § 43). В этом письме король титулует Иосифа «Ваше высочество» (celsitudo vestra) и называет «высоким и дорогим другом» (excellens domine, amice noster dilecte). В другом письме (1570) Сигизмунд-Август просит «светлейшего князя» (illustris princeps) выслушать польского посла, едущего в Константинополь, и оказать ему содействие в переговорах с высокой Портой.
В Константинополе, где тогда сходились все нити европейской дипломатии, Иосиф Наси был опутан сетью интриг и обманов. Он едва не сделался жертвой этих интриг, вызванных его конфликтом с французским правительством. Конфликт имел личный характер: он был связан с вышеупомянутым отказом французского короля уплатить по займам банкирскому дому Мендес-Наси еще в то время, когда эта семья находилась по пути из Фландрии в Италию и Турцию. Мотив отказа: недействительность обязательства по отношению к «христианскому» банку, оказавшемуся еврейским, — придавал этому денежному спору принципиальный характер. Иосиф Наси в течение многих лет настойчиво добивался от французского правительства уплаты долга в размере 150 000 талеров. По его просьбе султан Сулейман писал французскому королю Карлу IX о необходимости уплатить долг «образцовому представителю еврейского народа». Так как в Париже продолжали уклоняться от платежа, то новый султан Селим II выдал Иосифу фирман, предоставляющий ему право налагать секвестр на торговые суда, прибывающие под французским флагом в турецкие порты. На этом основании были задержаны в гавани Александрии прибывшие из Франции корабли, нагруженные товарами (1569). Французское правительство протестовало. Французский посол при Порте Траншам (Grandchamp), один из самых бессовестных дипломатов того времени, решил путем обмана скомпрометировать еврейского сановника перед султаном. Для этого он подкупил одного из агентов Иосифа Наси, еврея-врача Дауда (Давида), который имел какие-то денежные претензии к своему принципалу, и тот подал турецкому правительству ложный донос, будто Иосиф подделал и долговые обязательства французских королей, выданные «испанским» банкирам, и самые письма покойного султана Сулеймана с требованием уплаты этих долгов. Продажный клеветник обещал еще доказать, что Иосиф Наси изменял султану, так как вел тайную переписку с папой, испанским королем, флорентинцами, генуэзцами и другими врагами султана. Об этом ловком ходе посол Траншам секретно сообщил в Париж Карлу IX и королеве Екатерине Медичи, не скрывая от своих столь же честных государей, каким путем удалось ему подстроить эти козни против ненавистного еврейского царедворца. Для Иосифа Наси создалось опасное положение, тем более что и великий визирь Соколли был заинтересован в падении своего еврейского соперника. Но Иосиф успел вовремя отразить удар. Он открыл перед Селимом весь дьявольский план своих врагов и убедил его в ложности их доносов. Султан выразил Иосифу свое полное доверие и велел сослать клеветника Дауда на остров Родос. Коллегии раввинов в Константинополе, Салониках и Сафеде (последние с Иосифом Каро во главе) провозгласили херем против Дауда и его соучастников в ложном доносе, который в случае удачи мог бы повредить всем еврейским общинам в Турции, пользовавшимся покровительством еврейского сановника (1571).
В качестве герцога Наксоса и Цикладских островов Иосиф Наси оказался опытным феодалом. Уплачивая ежегодную дань султану за свои обширные владения, он старался извлечь из них побольше доходов. Туземцы были обложены натуральными и денежными повинностями в пользу герцога. Иосиф Наси старался не допускать мусульманских поселенцев на Цикладские острова, населенные преимущественно греками, объясняя это желанием избегать столкновений на религиозной почве. Но здесь был и личный мотив: от турок он по закону не мог требовать столько податей, как от иноверцев-греков. По его просьбе султан распорядился, чтобы мусульмане не селились на Цикладских островах, «среди неверных, где нет ни мечетей, ни значительных мусульманских общин»; те же мусульманские солдаты и граждане, которые живут в Наксосе и притесняют местных иноверцев, подлежат выселению (1568).
Сам герцог редко бывал на своих островах и продолжал жить в Константинополе, в своем загородном дворце Бельведер на берегу Босфора. Управление островами он поручил своему приятелю, испанцу Коронело. Старый негоциант часто пробуждался в новом герцоге. Иосиф Наси и его теща Грасия получали от султана разные торговые концессии, особенно по экспорту товаров в придунайские области и Польшу. Агенты фирмы «Наси» славились во всех портах Леванта. Грасия умерла вскоре после того, как ее зять достиг герцогского звания, и современники сохранили о ней добрую память как об отзывчивой филантропке. Иосиф Наси на несколько лет пережил свое величие. Со смертью Селима II (1574) его участие в государственных делах прекратилось. Преемник Селима, грубый деспот Мурад III, не любил еврейского политика и совершенно устранил его от дел. Старый Наси уединился в своем Бельведерском дворце и остался только меценатом. Он содержал на свои средства раввинские школы в Константинополе и типографию для печатания еврейских книг; он поддерживал также ученых, которым открыл свое богатое книгохранилище. Самого Иосифа считают автором составленной одним из его «придворных» ученых, Исааком Онкенейро, книжки («Бен-порат Иосиф», Конст., 1577), содержащей диалог между христианским ученым и еврейским сановником о ценности метафизики и астрологии (еврей считает астрологию суеверием). Иосиф Наси умер в 1579 году. Его вдова Рейна продолжала содержать в Константинополе типографию для печатания еврейских книг. Алчный султан Мурад III отнял у вдовы бывшего сановника, под предлогом уплаты долгов покойного, большую часть состояния, оставив ей только 90 000 дукатов и дворец Бельведер.
