Амстердамские сефарды, эти «головни, спасенные от огня» инквизиции, с ужасом видели, как молодой Спиноза открыто отвергает веру, за которую они и их предки перенесли столько мук. Они боялись повторения недавней трагедии Уриеля да Косты или еще худшего — ренегатства с его средневековыми последствиями. Представители общины прибегли сначала к мерам увещания: они просили Спинозу не нарушать публично заповедей иудейства и хоть формально поддерживать связь с синагогой, предлагая ему ежегодную пенсию. Но Спиноза был не из тех, которые допускают компромиссы в деле убеждения; он отверг предложение старшин и все просьбы своего старого учителя, хахама Саула Мортейры. Тогда его призвали в раввинский суд («бетдин») и объявили, что, так как свидетельскими показаниями он уличен в неисполнении законов иудейской религии, на него налагается Предварительно «малый херем», исключающий виновного из общины на 30 дней, в течение которых допускается раскаяние. Раскаяния, конечно, не последовало — и 27 июля 1656 г. в амстердамской синагоге, при торжественной обстановке, состоялось отлучение Спинозы от общества верующих, по обряду «большого херема». Формула отлучения гласила между прочим: «...Мы отвергаем и проклинаем Баруха д’Эспинозу пред лицом этих священных книг и содержащихся в них 613 заповедей... Пусть он будет проклят днем и ночью, ложась и вставая, при входе и выходе. Да постигнут его все страшные проклятия, перечисленные в Торе!.. Повелеваем, чтобы никто не бывал в его обществе, не сносился с ним ни устно, ни письменно, не оказывал ему никакой услуги, не находился с ним под одной крышей или на расстоянии четырех локтей от него, и не читал ни одного из его сочинений».
Наложенная еврейской «инквизицией» кара была сурова, но все же далека от той жестокости, с которой искореняла ереси католическая инквизиция. Для Спинозы исключение из еврейского общества было только формальным признанием фактического положения: он еще раньше ушел из общины и даже порвал связи с родными. И тем не менее отлученный философ никогда не мог простить своим соплеменникам акт херема. Недобрые чувства к еврейству заметны в позднейших писаниях этого вообще благородного и душою чистого мыслителя. Впрочем, горький осадок могло оставить в нем то, что представители общины сочли нужным сообщить мотивы херема амстердамскому магистрату с донесением, что отлученный отрицает божественность Библии, служащей основой и голландской государственной религии. Вследствие этого донесения Спиноза должен был покинуть Амстердам. Некоторое время он жил в Гааге и окрестных городах, ведя жизнь философского отшельника, но потом вернулся в Амстердам. Для своего пропитания он занимался шлифовкой оптических стекол, что давало ему возможность жить спокойно и отдавать большую часть своего времени любимым философским исследованиям.
Еще раньше, накануне «большого отлучения», Спиноза написал и послал совету амстердамской общины «Апологию» для оправдания своего поведения. Содержание этой апологии неизвестно, так как она не была напечатана, но нет сомнения, что она частью вошла в состав написанного им позже на латинеком языке «Теологико-политического Трактата» («Tractatus theologico-politicus», напечатан анонимно в 1670 г.). В этом замечательном труде Спиноза дает стройную систему критики иудаизма и теологии вообще, которая поражает силой логической аргументации, но исторически является односторонней. Главное содержание «Трактата» сводится к анализу Библии в обеих ее частях: Ветхом и Новом Завете. Тут Спиноза сразу стал на христианскую точку зрения двуединой Библии, заменяя историческую оценку догматической. Наибольшая острота критики направлена на «Ветхий Завет», между тем как анализ Нового Завета сделан вкратце, с объяснением, что автор недостаточно знаком с греческим подлинником евангельских и апостольских книг. В своих существенных элементах спинозовская критика Библии является предвосхищением идей позднейшей научной критики: он первый установил теорию фрагментарности библейского текста и поздней его редакции. Он провозгласил ту простую, но страшную для слепо верующих истину, что Пятикнижие, эта «Тора Моисеева», не могло быть написано Моисеем. Субъективность автора проявляется только там, где он с пренебрежением говорит о позднейшем иудаизме, о «фарисеях» и раввинах; здесь очевидно воспроизведены доводы его резкой апологии, написанной накануне «большого херема». Это сказалось и в тоне изложения, где автор трактует еврейский народ как что-то чуждое ему. Современное еврейство, по его мнению, совершенно утратило смысл жизни и существует как особая нация только в силу ненависти окружающих народов, заставляющей евреев обособляться. Догму избранности древнего Израиля он признает лишь условно, в том смысле, что все пророки от Моисея до Христа передавали в виде божественных откровений те истины, которые открываются душе всякого мыслящего человека при свете Природы (lumen naturae) или Разума. От «исторической религии», где Израиль играет роль избранного народа, следует отделить индивидуальную религию, следы которой он находит в Евангелиях и посланиях апостолов. Христианство он явно идеализирует: Христа он ставит выше всех пророков и называет его «устами Божиими», а апостолов считает пророками особого рода. Эпиграфом для своего «Трактата» он выбрал стих из первого Послания Иоанна (4, 13): «Что мы пребываем в Боге и Бог в нас, мы узнаем из того, что Он уделил нам от своего духа». В эти слова Спиноза влагает свою идею натуральной религии, или пантеизма. В христианских симпатиях отлученного еврейского философа сказалось то исконное стремление от национальной религии к индивидуальной или универсальной, которое послужило мотивом возникновения христианства. Как все мыслители той эпохи, Спиноза совершенно игнорировал историческую перспективу, при которой затронутые им проблемы получили бы более объективное освещение.
Конечно, индивидуальная или универсальная религия Спинозы одинаково далека и от иудаизма, и от христианства, как вообще от всякой позитивной веры. То, что он создал в своей «Этике», стоит вне всяких исторических религий. Понятие «Бог-Природа», познание которого и есть вера, естественные законы которого составляют этику, «интеллектуальная любовь к Богу» и стремление к нравственному совершенству — все это в корне противоречит обычным религиям чудес, легенд, слепых догм, обрядов и мистических символов. И тем не менее между спинозовским пантеизмом и библейским монотеизмом есть лишь теоретическое различие, поскольку первый сливает Бога и Природу, или «творящую и творимую Природу», а последний отделяет Творца от творения; но сходство между ними заключается в конечной этической цели обоих мировоззрений. Даже спинозовское учение об абсолютизме государственной власти, противоречащее пророческому «анархизму», смягчено основным тезисом, что государство может регулировать только действия, а не убеждения и верования граждан. Непреодолимая сила национальной наследственности духа сказалась в том, что Спиноза не мог мыслить ни религию, ни философию без их этического венца. В этом — коренное различие между Спинозой и Декартом: для Декарта венец философии — в достижении полной достоверности познания, для Спинозы — в достижении идеала добра и правды; для одного важнее метафизическая истина, для другого — усовершенствование души. Недаром и вся философская система Спинозы носит название «Этика».
Появление «Теологико-политического трактата» в 1670 г. вызвало бурю в ученом мире. Немногие последователи Спинозы терялись в массе ярых врагов его «еретического учения», поколебавшего все здание теологии. Автору, хотя и скрывшему свое имя, грозила опасность со стороны властных ревнителей церкви; эта опасность заставила его откладывать печатание «Этики». Она появилась лишь после его смерти и стяжала пантеисту незаслуженную репутацию атеиста. Последние годы своей жизни великий мыслитель провел в Гааге, в своей обычной бедной обстановке, в неустанной научной и философской работе. Несмотря на свою бедность, он отвергал всякие пенсии и подарки, которые предлагались ему богатыми поклонниками. Когда пфальцский курфюрст Карл-Людвиг пригласил его занять кафедру философии в Гейдельбергском университете, Спиноза отклонил это предложение, чтобы не поступиться свободой своих убеждений и не нарушить своей спокойной кабинетной работы. Спиноза умер в своем гаагском уединении, 20 февраля 1677 г., на 45-м году жизни, не примирившись с еврейским обществом, исключившим его из своей среды.
