Последним изданием ОПЕ стал Еврейский вестник, вышедший в 1928 г. Усилившаяся к тому времени цензура, очевидно, возмущала ученых. Не имея возможности открыто протестовать, редактор, видимо, не случайно включил в сборник «Отрывки из воспоминаний» Льва Гордона, в которых был нарисован отталкивающий портрет цензора еврейских книг Якова Брафмана (1825-1879), а также рассказывалось об инспирированном жандармским начальником письме бердичевских евреев английскому премьер-министру лорду Биконсфильду (Дизраэли), где утверждалось, будто «евреям в России живется прекрасно» и «никаких притеснений они не претерпевают».
Влияние ОПЕ и ЕИЭО распространялось не только через печатные издания. Регулярные доклады, читавшиеся на заседаниях ОПЕ на Стремянной ул. 18, являлись отдушиной для той части интеллигентов, которые не хотели расставаться с любимой ими еврейской культурой, несмотря на то, что многие из них на работе были заняты в областях, ничего общего не имевших с иудаикой, как, например, врач Шварц, микробиолог Иоффе и химик-металлург Цинберг. Первые арест и ссылка будущего кумраниста Иосифа Амусина (1910-1984) в 1927(?) г., по слухам, были вызваны тем, что он, едва приехав из Витебска в Ленинград, вступил в контакт «с кем-то со Стремянной». Выходец из Перми Владимир Иоффе выступил на заседании ОПЕ с докладом о поэзии Шнеура. Перебравшийся из Москвы в Ленинград активист ЕКРП Поалей Цион Зеэв Блюм в конце 20-х был на одном из собраний ОПЕ. Посетивший в 1927 г. СССР Марк Вишницер свидетельствовал, что на научные доклады ОПЕ и ЕИЭО собиралось по 60-70, а иногда и до 200 слушателей одновременно. В 1925—1927 гг. в ОПЕ и в
ЕИЭО состояло по 65-80 членов. Популярность богатой Библиотеки ОПЕ, открытой в 1924 г. 5 раз, а в 1927 г. — 3 раза в неделю и содержавшей книги по иудаике на 14 языках, выразилась в более чем 4 тыс. посещений в 1927 г. Библиотека продолжала пополняться, главным образом, за счет частных собраний умерших ученых и общественных деятелей — Я.Гальперна, Л.Каменецкого, С.Вейсенберга и др. Книгообмен осуществлялся с советскими еврейскими научными учреждениями и библиотекой Еврейского университета в Иерусалиме. Новые книги бесплатно присылались еврейскими организациями из Берлина. Бюджет ОПЕ состоял из членских взносов и дотаций Джойнта.
Значительная популярность ОПЕ и ЕИЭО, их интерес к науке в ее «допролетарской» форме, не могли не беспокоить городские власти. В 20-е ОПЕ и ЕИЭО оставались последними бастионами культуры «еврейского Петербурга», терпимыми постольку, поскольку запрещенные темы (сионизм, иврит, религия) не занимали заметного места в их исследованиях, и пока государственная внутренняя политика была относительно либеральной. Советизировать общества не удавалось. Если к 1925 г. Евсекция сумела установить контроль над ИВЕЗом, то в ОПЕ и ЕИЭО она не имела своих людей: в них не было ни единого члена партии. Когда в 1929 г. советский журналист вынужденно признавал, что «одна группа еврейских ученых в одном городе — Ленинграде осталась вне сферы нашего влияния, вне сферы нашей культурной революции», он имел в виду оба этих общества. До поры ОГПУ ограничивалось лишь наблюдением за их деятельностью.
Несмотря на периодические нападки евсеков и замалчивание достижений ученых еврейских обществ официальной печатью, последние до 1928 г. не чувствовали себя полностью изолированными от советской научной жизни. Да и окружающие не считали их «париями» до тех пор, пока сохранялась независимость «петербургской науки» в целом. Ленинградские востоковеды-неевреи не боялись выступать на заседаниях обществ и публиковать свои статьи в их редких сборниках. Существовало даже некоторое сотрудничество между минским идишистским центром (Еврейским отделом Института белорусской культуры) и членами ЕИЭО И.Равребе и Б.Шульманом. И.Маркон и И.Равребе в 1927 г. были приглашены преподавать на Кафедру семитологии и еврейской литературы в Белорусский государственный университет. Вместе с тем обществам все труднее было маневрировать в условиях ужесточавшегося режима. В последней книжке Еврейского вестника Комитет ОПЕ уже не смог использовать еврейский шрифт; под «еврейским языком» в ней подразумевался только идиш. На заседаниях обществ слово иногда приходилось давать и еврейским коммунистам.
В связи с ревизией национальной политики в конце 20-х и начавшимся разгромом находившейся тогда в Ленинграде Академии наук у ОПЕ и ЕИЭО, бывших в глазах властей одновременно «националистическими» и «буржуазными», не оставалось шансов выжить. В сентябре 1928 г. Трибуна сообщила, что журналист Соломон Непомнящий собирается конфисковать в архиве ЕИЭО фонд еврейских депутатов Государственной думы и передать его в Москву в якобы образованное при Наркомпросе Всероссийское общество по изучению еврейской истории, литературы и языка. В июне 1929 г. тот же Непомнящий на страницах Трибуны напал на ОПЕ и ЕИЭО, призывая перейти от бойкота «этого очага петербургщины» к «обращению на нашу сторону людей, по ряду мотивов отставших от нашего социалистического строительства и копошащихся в пыли». Эти слова, напечатанные в разгар всеобщей травли петербургской науки, были, в сущности, парафразой тезиса Покровского о том, что «период мирного сожительства с наукой буржуазной изжит до конца».
С июля 1929 г. в Ленинграде начала работать правительственная комиссия по чистке аппарата АН во главе с Ю.Фигатнером. Чистка выразилась в многочисленных увольнениях и арестах. В конце октября был уволен непременный секретарь АН академик С. Ольденбург. В ноябре-декабре из Библиотеки АН было увезено в Москву огромное количество исторических документов. По подсчетам Ф.Перченка, всего в связи с «Делом АН» с октября 1929 г. по декабрь 1930 г. было арестовано не менее 150 человек, две трети которых составляли историки, музееведы, краеведы, архивисты, этнографы.
Одновременно с «чисткой» Академии наук в октябре 1929 г. в Ленинграде работала Комиссия по обследованию политического состояния еврейских организаций города. ОПЕ и ЕИЭО проверялись Рогальским (Евсекция), Гильманом, Шидловским (Евдомпросвет) и Элентухом. Комиссия, не имевшая в своем составе ни одного научного эксперта, за один день «обследовала» деятельность ЕИЭО и его музея. Руководствуясь заключением Комиссии, Ленинградский Облисполком постановил ликвидировать ЕИЭО, о чем 9 декабря 1929 г. было сообщено его Комитету. Тогда же было закрыто и ОПЕ. Предлогом ликвидации ЕИЭО была избрана его связь с эмигрантом Дубновым, хотя в действительности это было результатом пересмотра национальной политики в масштабах страны, а также частью разгрома петербургской науки, учиненного ее московскими конкурентами. Не случайно эпитет «петербургские» употреблялся в статьях, направленных против ОПЕ и ЕИЭО, в неизменно презрительном смысле.
Музей, архив и библиотека обществ были закрыты; ценнейшие собрания книг, древних рукописей, исторических документов и художественных ценностей были утрачены или рассеяны по государственным хранилищам Ленинграда, Киева, Одессы, Минска, Москвы\ После ликвидации обществ последний председатель ОПЕ Саул Гинзбург, должно быть, напуганный арестами научных работников в Ленинграде, эмигрировал в США.
Наряду с научными программами еврейских учреждений в Петрограде существовала и официальная академическая наука о еврействе. Она интересовалась, как правило, только классическими аспектами иудаики (гебраистика, семитология, древнейшая история), которые изучались в университете, Государственной публичной библиотеке, Азиатском музее и родственных им учреждениях. В университете с дореволюционных времен работал выдающийся семитолог Павел Коковцов (1861-1942). До 1929 г. Коковцов преподавал историю средневековой еврейской литературы и анализ библейских текстов. Преподавание иврита он передал своему ученику гебраисту Михаилу Соколову. В 1922—1925 гг. университет закончили ученик Л.Штернберга и П.Коковцова Исаак Винников, критик Библии и гебраист Иосиф Бендер (1900-1941), семитолог Андрей Борисов (1903-1942). В 1921 г. при университете был образован Научно-исследовательский институт сравнительной истории языков и литератур Запада и Востока имени А.Весел6вского, в котором работал И.Маркой. В 1918 г. возникли Российская Академия истории материальной культуры и Институт истории искусств, в которых В.Струве, В.Шилейко, И.Франк-Каменецкий изучали и историю древнего Израиля. В 1921 г. при Азиатском музее образовалась Коллегия востоковедов, секретарем которой стал М.Соколов.
