Разногласия с Хабадом существенно затянули подготовку Съезда в Ленинграде. Весной 1927 г. появилось второе, еще более грозное обращение Шнеерсона к верующим с предупреждением не участвовать в богопротивном мероприятии, которое «пронзит еврейское сердце». Ребе считал, что Евсекция РКП (б), неустанно боровшаяся с еврейской религией, использует Съезд для раскола в раввинате, репрессирования непокорных и создания из коллаборационистов «живой синагоги», подобной подконтрольной властям «живой церкви».

В действительности, если даже еврейские коммунисты или центральные власти вначале и хотели использовать Съезд в своих целях, они совершенно не были готовы утвердить широкую повестку дня, предложенную ЛЕРО. Повестка включала, в частности, обсуждение таких острых проблем, как благотворительность, организация религиозного образования для детей, субботний отдых и отмена ограничений на издание религиозной литературы. В результате, когда разрешение на созыв Еврейского «религиозного съезда» в Ленинграде было, наконец, получено 25 мая 1927 г. в Наркомате внутренних дел, в его повестке дня не оказалось четырех из 12 изначально планировавшихся пунктов. Оставшиеся пункты были сформулированы следующим образом:

1. Упорядочение дела «Босер-Кошер» (кошерного мяса).

2. Упорядочение дела «Миква» (ритуальный бассейн омовения).

3. Вопрос о захоронении умерших евреев по религиозным традициям, в связи с вопросом о еврейских кладбищах.

4. Об урегулировании вопроса о служителях культа.

5. Взаимоотношения между общиной и синагогами.

6. О богословских курсах для взрослых.

7. Выработка типового устава для еврейских религиозных общин.

8. Выборы исполнительного органа съезда.

Съезд предполагалось провести с 21 по 25 октября. В нем должны были участвовать 179 делегатов от ПО легальных общин. За формулировкой шестого пункта повестки дня стояло намерение ЛЕРО создать свой религиозно-философский семинар для подготовки раввинов, против чего упорно выступал Шнеерсон, считавший, что семинар будет разрешен властями только при условии выявления подпольных иешив и что там будут готовить реформистских раввинов, угодных как светским общественным деятелям, так и властям.

Самым амбициозным в программе было намерение избрать исполнительный орган Съезда, то есть центральное руководство религиозной жизнью евреев всего СССР. Этот план Любавичский ребе считал опасным, ибо создание нового органа, как и семинара, могло оттянуть часть средств, выделявшихся Джойнтом Раввинскому комитету, на что представители Джойнта прозрачно намекали.

Пока разворачивалась борьба за лидерство в еврейской религиозной жизни Ленинграда, политика властей в религиозном вопросе претерпела существенные изменения. Послабления по отношению к неправославным конфессиям и сектам, ощущавшееся в первые годы НЭПа, сходили на нет. Уже в 1926 г. Губсовет Союза безбожников нацелил свою деятельность на противостояние «малым религиям». В городе была развернута широкая сеть польских, еврейских, финских, латышских и прочих кружков и семинаров, готовивших специалистов по антирелигиозной пропаганде. В феврале 1927 г. газета Дер Эмее сообщила своим читателям, что в антирелигиозной борьбе недостаточно разоблачений предрассудков на лекциях о природе: нужны новые средства воздействия на верующих. В том же году Сталин объяснил делегации американских рабочих, что надо «довести до конца дело ликвидации реакционного духовенства».

Проводя эту политику в жизнь, сотрудники Ленинградского ОГПУ 9 февраля 1927 г. провели обыск у секретаря раввина Шнеерсона Хонона (Эльханана) Морозова. Переписка, изъятая при обыске, подтвердила агентурные сведения о руководстве и финансировании Хабадом нелегальных хедеров и иешив за счет средств, собираемых в СССР, и пожертвований из-за границы. Обнаружены были также документы, свидетельствовавшие, что Хабад организовал кампанию давления на Джойнт с целью заставить его финансировать религиозные нужды евреев СССР.

Главный обвинительный материал был получен ОГПУ при допросе бывшего сотрудника ребе Сабшеля-Якова Сорина, арестованного, очевидно, по обвинению в контрабанде. Сорин, стремясь облегчить свою участь, показал, что Любавичский ребе финансировал полтавскую и харьковскую иешивы, переведенные позднее, в 1924 г., в Невель. Средства на иешивы собирались с жителей СССР и с иностранцев. В каждом большом городе, по свидетельству Сорина, у Хабада имелись сборщики денег. Около тысячи рублей в месяц из собираемых средств шли, как он считал, на личные нужды ребе. Сорин утверждал далее, что ребе переписывался с заграницей, используя дипломатическую почту польского, латвийского и эстонского посольств. Всю конфиденциальную корреспонденцию ребе получал на адреса своих секретарей Хонона Морозова и Ефима (Хаима) Либермана, а также раввинов Элиаху-Хаима Альтхауза и Арона Александра. Сорин показал также, что раввин Шнеерсон неоднократно советовал своим хасидам не являться по вызову органов власти. Он якобы рекомендовал им вести контрабандную торговлю и сам был замешан в сомнительных торговых сделках, взятках и спекуляции.

Второй свидетель, бывший активный член СЕРП, безработный сапожник Бер Лапидус рассказал, как в 1906 г. Иосиф-Ицхак Шнеерсон донес полиции на группу еврейских революционеров после их столкновения с любавичскими хасидами. История с доносом двадцатилетней давности не могла быть использована против ребе, поэтому в обвинительном заключении имя Лапидуса даже не было упомянуто. Зато его показания, как и показания Сорина, впоследствии применялись в антирелигиозной пропаганде.

На основании собранных улик старший следователь ленинградского ОГПУ Нахмансон получил ордера на обыск и арест раввина Шнеерсона и его секретаря Хаима Либермана. Поздним вечером 14 июня 1927 г. следователи Нахмансон и Лулов, оба выходцы из семей любавичских хасидов, в сопровождении шести солдат и председателя домкома пришли на квартиру ребе, произвели там обыск и арестовали хозяина. Либермана взяли на следующий день. Предупрежденный вовремя, он успел вынести из своей квартиры почти всю переписку Шнеерсона. Не найдя разыскиваемого компромата, следователи обратили внимание на письма философа-мистика Варченко, нееврея, выпытывавшего у раввина Шнеерсона тайны Маген-Давида. Профессор Варченко интересовался Каббалой и верил, что владеющий тайной Маген-Давида может создавать и разрушать миры.

Хотя обыски ничего не дали, раввина заключили в следственную тюрьму Ленинградского ОГПУ — «Шпалерку» — на улице Воинова, бывшей Шпалерной. Раввин Шнеерсон был потрясен грубым обращением персонала тюрьмы, угрозами и рукоприкладством. В одиночной камере, куда его привели, он оказался четвертым узником.

Следствие по делу Шнеерсона и Либермана велось под руководством уполномоченного 4-го отдела Секретно-оперативной части (СОЧ) ленинградского ОГПУ Варенберга. Допросы проводились самим Варенбергом и молодым следователем Луловым. На допросе 16 июня ребе показал, что занимается исключительно учением «хасидес» и больше ничем. Он отрицал инкриминированные ему нелегальную переписку, получение денег на религиозные нужды и руководство иешивами. Вместе с тем он заявил, что отнесся бы к существованию иешив сочувственно. Арестованный Либерман также отказался сотрудничать со следствием и дерзко заявил, что если бы он и знал о руководстве иешивами, то, как человек религиозный, ничего бы об этом не рассказал.

Несмотря на безрезультатные допросы, 21 июня Шнеерсону и Либерману было предъявлено обвинение по ст.58, п.14 и ст. 122 на основании лишь собранного до их ареста материала. 14-й пункт 58-й статьи Уголовного кодекса РСФСР («контрреволюционный саботаж») предусматривал лишение свободы сроком от одного года и более с конфискацией имущества, а при особо отягчающих обстоятельствах — даже расстрел. 122-я статья («преподавание малолетним и несовершеннолетним религиозных вероучений») предусматривала исправительно-трудовые работы на срок до одного года. Обвинение арестованными признано не было. Судя по присутствию 58-й статьи в обвинительном заключении, раввина и его секретаря собирались наказать со всей строгостью. Однако мощная кампания давления, предпринятая сторонниками Любавичского ребе в Москве и за рубежом, облегчила судьбу обвиняемых. 27 июня Постоянная (судебная) комиссия ленинградского ОГПУ («тройка») постановила выслать Либермана в Тамбов, а Шнеерсона — в Кострому, на три года каждого.