Если еврейская школа была советизирована в первые же годы после Октябрьской революции, то борьба за независимый еврейский вуз продолжалась в Петрограде до середине 20-х. Подготовка ОПЕ к открытию Высшей школы еврейских знаний возобновилась уже в начале 1918 г. Ее программа имела чисто светский характер, что критиковалось частью еврейской общественности. Так, молодой востоковед Михаил Тубянский (1893—1937) горячо рекомендовал включить в проект ВШЕЗ богословский факультет, так как в развитии и укреплении религии он видел залог национального будущего еврейского народа. Одним из главных сторонников ВШЕЗ стал Семен Дубнов, который считал необходимым сохранение очага еврейских знаний в эпоху разрушения:

И вот мы сидим за столом, поверяя друг другу свои сомнения насчет того, возможно ли нечто подобное в окружавшей нас тьме. Саул Гинзбург высказался в том смысле, что быть может разумнее подождать, пока кончится это безумие. Но Семен Маркович возразил ему — и насколько убедительнее прозвучало это возражение, продиктованное неколебимой дубновской гордостью! «Что вы имеете в виду, говоря о тьме? — спросил он, обводя сидящих проницательным взглядом.

— Конечно, вокруг тьма, египетская тьма. Но когда же и зажигать свечу? При свете дня? Мы должны учиться у прошлого...

Как это ни парадоксально, большевистский переворот способствовал открытию ВШЕЗ, так как перед липом развала высшего образования в столице Наркомпрос согласился субсидировать даже еврейский вуз. Особую роль в рождении ВШЕЗ, первоначально названной Петроградским еврейским народным университетом (ПЕНУ), сыграл заместитель комиссара народного просвещения Зерах Гринберг, ассигновавший четверть миллиона на этот проект. По всей видимости, Гринберг, прилагавший одновременно усилия для «пролетаризации» еврейской начальной и средней школы, не имел ничего против сохранения элитарного центра еврейских знаний. Он, разумеется, выразил желание, чтобы большинство профессоров были коммунистами или хотя бы социалистами, но, за неимением таковых, не препятствовал приглашению ни откровенного противника советской власти Дубнова, ни раввина Айзенштадта, ни сиониста Ю.Бруцкуса.

Университет открылся в феврале 1919 г. на Английской набережной в особняке издателя Биржевых ведомостей Станислава Проппера. К концу года он переехал в просторную квартиру на Троицкой улице. Ректором ПЕНУ стал специалист по истории евреев Западной Европы Самуил Лозинский, а ученым секретарем — историк русской литературы Сергей (Израиль) Цинберг. Профессорами и преподавателями университета за первые 3 года его существования состояли лучшие научные кадры Петрограда. Часть ученых видела в ПЕНУ лишь временное убежище и при первой же возможности эмигрировала. Их сменили новые лекторы: ФАбрамович, М.Айзенштадт, Шалом Ганелин, ДЛевин, И.Сосис, И.Франк-Каменецкий, Бер Шульман. Пожалуй, ни в какой другой точке мира в то время не имелся столь квалифицированный состав преподавателей еврейских предметов, работавших к тому же за столь скромную плату. Каждый профессор заранее составлял подробный конспект лекций, обсуждавшийся на коллегии лекторов. Лекции читались в основном по-русски, но иногда и на идише. Первоначально было объявлено о создании трех отделений: а) общего; б) национальной истории, литературы и экономики; в) национальных искусств. В первом семестре занятия носили случайный характер. Их посещало не более 20 слушателей, в основном женщин, так как многие мужчины были мобилизованы. Разруха создавала массу препятствий для нормальной работы ПЕНУ. Помещение для занятий почти не отапливалось. Случались перебои в электроснабжении. Из-за практического отсутствия общественного транспорта профессора и студенты добирались в университет пешком. Так, 60-летний Дубнов приходил в университет с Петроградской стороны. По дороге он пересекал Неву по километровому Троицкому мосту, обдувавшемуся пронизывающими ветрами.

Тем не менее в октябре 1919 г. занятия возобновились. Еще летом был разработан новый трехгодичный план преподавания. Первый курс решили сделать подготовительным, обязательным для всех студентов. Затем предполагалось разделение на пять отделений: историко-социальное, философское, правовых предметов, филологическое и художественное. На этот раз в университет записалось 256 слушателей, но только 50-60 человек действительно посещали занятия. Надо сказать, что большинство петроградских вузов в тот период испытывали аналогичные трудности. Так, например, только 28 студентов закончило в 1919 г. крупнейший Технологический институт, а в Горном институте в 1919 —1920 учебном году занималось всего 75 человек.

Так как одного года первоначальной подготовки оказалось мало, обязательную программу ПЕНУ удлинили до двух лет. Таким образом, только на третий год своего существования университету удалось открыть, вместо предполагавшихся пяти отделений, два факультета — литературно-филологический и историко-социальный. Высшим управляющим органом ПЕНУ являлась Профессорская коллегия, куда входили все преподаватели и представители студентов. Исполнительным органом служило Правление, занимавшееся вопросами материального обеспечения. При университете имелась библиотека в 5000 томов. Так как по многим курсам учебники отсутствовали, планировалось издание трудов профессуры: Евреи во время Великой Французской революции С.Лозинского, Промыслы евреев в средние века И.Кулишера, О кодексе Хаммураби Г.Красного-Адмони и др. Однако нехватка средств помешала осуществить эти планы.

Наравне со студентами других вузов, в 1919 г. слушателям университета регулярно выдавались пайки Наркомпроса. Учрежденная в начале 1920 г. по ходатайству Горького Комиссия для улучшения быта ученых (КУБУ) стала систематически обеспечивать основными продуктами преподавателей вузов, в том числе ПЕНУ, что спасло оставшихся в Петрограде ученых от голодной смерти. В 1919 г. покровитель университета З.Гринберг переехал в Москву, что привело к усилению нападок на ПЕНУ со стороны еврейских коммунистов. В марте 1920 г. Петроградский отдел просвещения отказал университету в признании и в финансовой поддержке, сославшись на «крайний недостаток в учебных силах и учебных пособиях» в городе, а также недостаточный диапазон преподаваемых в ПЕНУ дисциплин. Однако настоящей причиной было то, что в глазах властей учебная программа не соответствовала духу времени, а состав преподавателей был далеко не советским. Чтобы все-таки пройти регистрацию, администрация университета совместно с преподавателями и слушателями разработала новое «Положение о Петроградском еврейском университете», не содержавшее, впрочем, больших уступок советской власти. В нем подчеркивалось, что студенты должны знать иврит и идиш и что учащихся готовят «к строго научному анализу всех теоретических и практических вопросов современной еврейской действительности». Руководство университета предлагало Наркомпросу объединить его с существовавшими архивными комиссиями (по изучению истории погромов, ритуальных наветов и библиографической), а также с возрождавшимся Историко-этнографическим обществом и образовать Институт истории и культуры еврейства. Хотя названный проект и не был принят, он, возможно, повлиял на переименование ПЕНУ осенью 1920 г. в Институт высших еврейских знаний (ИВЕЗ).

В конце 1920 г. в город приезжал представитель Евотдела Наркомпроса Моше Литваков, которого местные коммунисты склонили к мысли о реорганизации программы ИВЕЗа, обновлении состава его слушателей, а затем передаче его в ведение Евподотдела Петроградского ОНО. Литваков исключил Айзенштадта, как раввина, и Ю.Бруцкуса, как сиониста, из числа профессоров. Совет ИВЕЗа вынужден был согласиться на навязанные реформы. Ввиду перспективы возобновления пособий студентам приехавший с Литваковым представитель Евсекции настоял на их сортировке на «активных» и «пассивных» (вольнослушателей). В Правление ИВЕЗа был введен студент и, одновременно, заведующий ЕП ОНМ Петроградского НКП П.Лейтман.