«Ритуальная» комиссия, наполовину сформированная из нееврейских ученых, подготовила том документов по Гродненскому ритуальному процессу 1816 г., который так и не увидел свет. Ничего не опубликовала и Библиографическая комиссия. «Погромная» комиссия издала два тома документов (в 1919 и 1923 гг.). Один том выпустила и Комиссия по образованию. В 1920 г. комиссии были переданы в ведение Евотделу Наркомнаца. В 1921 г. Комиссия по исследованию еврейских погромов еще существовала, а «ритуальная» комиссия была преобразована в Комиссию по исследованию истории евреев в России.
Из-за трудностей с книгопечатанием не осуществился начатый в середине 1919 г. проект издания новой Еврейской энциклопедии (очевидно, на идише), во главе которого стояли И.Яшунский, Д.Рейдер, А.Иоффин, Дубинский, Лапидус, Меламед. В редакцию входили Динабург, Лацкий, Литваков, Литвак, Лещинский, Кальманович, Штиф. Проведя ряд заседаний и потратив имевшиеся деньги, редакция так и не выпустила ни одного тома.
Лишенное своих учебных заведений ОПЕ, как и ЕИЭО, было вынужденно сосредоточиться главным образом на научной деятельности, объем которой резко сократился. В 1919 г. ОПЕ выпустило три книги на идише. Две из них, написанные публицистом Шмуэлем Розенфельдом (1869-1943), были посвящены деятелям Хаскалы, а третья — Израиля Сосиса — социально-экономической истории российских евреев в начале 19-го века. Дела ОПЕ, видимо, несколько поправились, когда в ноябре 1921 г. его удалось зарегистрировать в списке научных учреждений Петроградского Академического центра. Библиотека ОПЕ, в которой хранилось около 60 тыс. печатных изданий, коллекция редких рукописей и 300 произведений искусства, стала получать ассигнования от ГубОНО.
При НЭПе еврейская научная жизнь в Петрограде оживилась. Продуктовые посылки Фонда помощи еврейским ученым и писателям России, учрежденного в Берлине в начале 1922 г., облегчали положение деятелей культуры и науки. Снова появилась возможность относительно независимой издательской деятельности, что позволило напечатать в Петрограде ряд книг по еврейской истории. Две книги Дубнова Евреи в царствование Николая 2-го (1922) и Евреи в России и Западной Европе в эпоху антисемитской реакции (1923) вышли вскоре после эмиграции историка. Соломон Лурье выпустил книгу Антисемитизм в древнем мире (1922), которая перекликалась содержанием с тогдашними проблемами российского еврейства. Саул Гинзбург опубликовал тиражом в полторы тысячи экземпляров свой труд Минувшее, исторические очерки (1923). Нахум Бухбиндер выпустил в 1925 г. монографию История еврейского рабочего движения в России, описывавшую в основном борьбу Бунда. Юлий Гессен переработал и издал в двух томах свою Историю еврейского народа в России (Т.1, 1925; Т.2, 1927), после чего оставил еврейскую тематику. История Гессена касалась больше правительственной политики по отношению к евреям, а не еврейской жизни как таковой. Это объяснялось, во-первых, тем, что Гессен как до, так и после революции имел лучший доступ к государственным архивам, чем многие его коллеги; во-вторых, он не использовал собственно еврейские источники, поскольку, по свидетельству И.Цинберга, был «в еврейской грамоте не сведущ». В 1922 г. ОПЕ выпустило научнолитературный сборник Еврейская мысль под редакцией С.Гинзбурга. Разумеется, только часть издательских планов могла быть осуществлена. Так, Цинберг, убедившись, что его монография по истории еврейской литературы не имеет шансов быть опубликованной целиком в советской России, заключил договор с издательством в Вильно. Одной из причин, побудивших Дубнова эмигрировать в 1922 г. в Германию, было его стремление опубликовать свой opus magnum Всемирная история еврейского народа одновременно на иврите, русском, немецком и идише, что в условиях России было невыполнимо.
В 1923 г. в Петрограде в процессе обязательной перерегистрации было закрыто большинство гуманитарных обществ, но около ста чисто научных обществ не тронули, потому что советское правительство было заинтересовано привлечь на свою сторону ученых, сконцентрированных в таком крупнейшем академическом центре, как Петроград. ОПЕ было зарегистрировано как научное общество с правом деятельности только в Петрограде и его губернии и без права работать «среди широких масс», как хотелось его учредителям.
Активизировалось, получив средства из-за границы, и ЕИЭО. Как и ОПЕ, оно лишилось всероссийского статуса и было вынужденно ограничить свою работу лишь наукой, хотя его новый председатель, бывший народник, профессор этнографии Лев Штернберг мечтал о том, чтобы Общество прежде всего формировало национальное самосознание еврейского народа и через осмысление прошлого определяло его национальные цели, так как «народ без национальной цели, без идеала, жить не может». Несмотря на формальное ограничение своих функций, возрожденное ЕИЭО, как и прежде, стремилось к просвещению еврейского населения и тесному сотрудничеству с другими общественными организациями. В 1923 г. вновь открылся Музей ЕИЭО. Председателем Музейной комиссии стал академик скульпторы И.Гинцбург, а хранителем — молодой художник Соломон Юдовин (1892—1954), участник этнографических экспедиций Ан-ского. Товарищем председателя Музейной комиссии был избран Абрам Брамсон (с 1927 г. — председатель). Музей располагался в помещении Убежища для престарелых, а Брамсон возглавлял ЛЕКОПО, опекавшее Убежище. Годом позже вышел 11-й том Еврейской старины, в котором отразился этнографический «уклон» нового председателя. В 1927 г., во время печатания 12-го тома, Штернберг умер, поэтому последний, 13-й том вышел в 1930 г. под редакцией И.Цинберга, последнего председателя ЕИЭО.
Интересы членов ЕИЭО распространялись и за пределы России. Так, Комиссия по изучению еврейских древностей, действовавшая при Обществе под председательством Якова Эйгера, занималась формированием картотеки современной научной (в первую очередь — медицинской) терминологии на иврите на основании лексики Талмуда. Эту терминологию разработчики надеялись внедрить в возрожденной Эрец-Исраэль. Один из членов Комиссии, Владимир Иоффе, опубликовал в палестинском журнале Харефуа (медицина), статью по микробиологии, в которой он использовал новые термины. Выход под эгидой ЕИЭО трех сборников Вопросы биологии и патологии евреев (1926, 1928 и 1930 гг.) указывал на не прервавшуюся связь ученых с еврейской общественностью города, в данном случае — с деятелями распущенного ОЗЕ, из которых при Обществе была образована Комиссия по изучению психофизики евреев.
Поскольку в рамках публикаций ЕИЭО не было возможности обращаться к широкой аудитории читателей, члены общества Ю.Гессен, Д.Заславский, СЛозинский, И.Равребе и даже еврейский коммунист И.Сосис не преминули принять участие в популярных сборниках Еврейская летопись, четырежды появившихся между 1923 и 1926 гг. Большую часть в них занимали воспоминания, исследования о недавнем прошлом, публицистические очерки. Некоторые из статей были проникнуты ностальгией по уходящей традиционной жизни, по еврейскому укладу, подобно статье Иехиеля Равребе «Свадьба Макаровского цадика», где, между прочим, призывается сохранять наследие прошлого, «пока мировая буря не рассеяла остатки его по семи морям». Еврейская летопись — не только памятник дореволюционному еврейскому Петербургу ходатаев, просветителей, борцов за равноправие; это также одна из знаменательных попыток, предпринятых в 1920-х еврейскими учеными, журналистами и общественными деятелями старого поколения с целью «прорваться» к широким читательским кругам. Видимо, доступность и занимательность Еврейской Летописи, а также и ее склонность к «клерикальной» тематике привели к запрещению издания на основании надуманного обвинения в «сионизме».
В 1922 и 1926 гг. ОПЕ выпустило два сборника Еврейской мысли под редакцией С. Гинзбурга, в которых наряду с членами Общества участвовали представители нееврейских академических кругов В.Бенешевич, Василий Струве и Николай Марр. Среди молодых авторов сборника оказался и одессит Саул Боровой (1903-1989), которого привлек Саул Гинзбург.
