16 февраля 1446 г. Василия Васильевича привезли во двор Дмитрия Шемяки и на четвертый день его ослепили. Это произошло по велению Дмитрия Шемяки, Иоанна Можайского и Бориса Тверского, которые сказали ему «Для чего любишь татар и даешь им русские города в кормление? Для чего серебром и золотом христианским осыпаешь неверных? Для чего изнуряешь народ податями? Для чего ослепил ты брата нашего Василия Косого?».

Василий Васильевич вместе с супругой был отправлен в Углич, мать его Софья — в Чухлому, дети Иоанн и Юрий были вывезены к князю Иоанну Ряполовскому в село Боярово, недалеко от Юрьева. Затем сыновья Василия Васильевича были перевезены в Муром.

Ужас и беспорядки были во всех уголках страны. Боровский князь Василий Ярославич, брат великой княжны Марии, уехал в Литву, где подучил в удел Брянск, Гомель, Стародуб и Мстиславль. Почти все московские бояре присягнули Дмитрию Шемяке.

Дмитрий Шемяка, приняв титул великого князя, отдал Суздаль Иоанну Можайскому, но затем отнял его. Новоявленный государь боялся и народного гнева и детей Василия Васильевича. Он послал епископа Иоанна в Муром с требованием привезти их, уверив того, что детям будет оказана милость. Епископ, в свою очередь, дал муромским боярам обет от имени Дмитрия Шемяки не делать княжичам зла и не чинить насилия. Иоанн и Юрий были посланы к отцу в Углич. Вся семья Василия Васильевича находилась под стражей. Дмитрий Шемяка не исполнил своего обещания, данного ранее, о предоставлении Василию Васильевичу собственного удела. Это вероломство возмутило группу бояр, и они решили свергнуть Дмитрия Шемяку. Но их замысел открылся, и заговорщики бежали в Литву.

Под давлением епископа Дмитрий Шемяка все же решил освободить Василия Васильевича. Приехав в Углич, Дмитрий Шемяка обнял Василия Васильевича и попросил у него прощения. Василий Васильевич тоже покаялся и скрепил мир с Дмитрием Шемякой крестоцелованием. Затем вся семья Василия Васильевича обедала у Дмитрия Шемяки. Василию Васильевичу в удел была отдана Вологда.

Однако вскоре Дмитрий Шемяка осознал свою ошибку. Василий Васильевич, прозванный после ослепления Темным, поехал в Белозерский Кириллов монастырь на богомолье, где умный игумен Трифон разъяснил Василию Темному, что клятва, данная им Дмитрию Шемяке, незаконна. Игумен благословил Василия Васильевича на великое княжение и успокоил его совесть.

Василий Темный больше не поехал в Вологду, а прибыл в Тверь. Князь Борис Александрович, оставив прежнюю злобу, просил Василия Васильевича женить его семилетнего сына Иоанна на своей дочери Марии. Состоялось торжественное обручение, что укрепило великое княжество. Василий Темный решил идти к Москве. С другой стороны к столице спешили из Литвы бежавшие туда от Дмитрия Шемяки князья.

Дмитрий Шемяка расположился у Волока-Ламского. В Москву тайно от Василия Темного прибыл боярин Плещеев с малочисленной дружиной. За полчаса всех сподвижников Дмитрия Шемяки заковали в цепи, и горожане вновь присягнули Василию Васильевичу. Эго случилось в 1447 г.

Узнав о происшедшем, Дмитрий Шемяка и Иоанн Можайский ушли в Галич, оттуда в Чухлому и в Каргополь. Вместе с собой они увезли мать Василия Софью, но вынуждены были отпустить ее. Василий Васильевич встретил мать в Троице-Сергиевой обители.

Князья Шемяка и Иоанн Можайский покаялись, отдали свои уделы и вывезенные ценности. Иоанн был прощен, ему в удел был отдан Бежецкий Верх, а с Дмитрием Шемякой Василий Темный примириться не мог, и лишь когда Дмитрий Шемяка дал Василию Васильевичу клятву никогда не противостоять ему, был им прощен.

В 1449 г. Василий Темный утвердил своего десятилетнего сына Иоанна соправителем и великим князем для того, чтобы народ заблаговременно привыкал видеть в нем будущего государя. Во время бедствий, постигших Василия Темного, новгородцы призвали Дмитрия Шемяку править городом и получили его согласие. Рязанские князья в случае конфликта с Москвой обещали не просить помощи ни у Литвы, ни у татар. С Тверью также был заключен договор о ее независимости от Москвы.

Новое вероломство Дмитрия Шемяки нарушило спокойствие великого князя Василия Васильевича. Дмитрий Шемяка не только не возвратил драгоценностей, вывезенных из Москвы, но начал настраивать татар против Василия Темного и решил воевать с Москвой. Он хотел захватить Кострому, но попытка не удалась. Василий Васильевич собрал сильное ополчение под предводительством князя Оболенского. Дмитрий Шемяка расположился станом близ Галича, укрепил город. Схватка произошла 27 января 1450 г., она была ужасной. Давно с такой яростью русские не убивали своих соотечественников. Это была последняя значительная битва между русскими князьями. Москвитяне победили, Дмитрий Шемяка бежал в Новгород, Галич снова был присоединен к Москве.

Новгородцы не побоялись принять Дмитрия Шемяку. Через несколько месяцев этот мятежный князь 29 июня 1450 г. занял Устюг. Он хотел завоевать весь север Московского княжества. Не теряя времени, Дмитрий Шемяка пошел к Вологде, чтобы открыть себе путь в Галицкую землю, но ничего не мог сделать и возвратился в Устюг.

Татары набегами постоянно тревожили Москву. Десятилетний Иоанн Васильевич был с полками, отражавшими походы казанцев на муромские и владимирские земли. Другие татарские вооруженные группы действовали близ Ельца и Москвы.

В 1451 г. татары Ногайской Орды с востока напали на Русь, требуя дани. 1 июня произошла битва под стенами Москвы. Стояла сухая и ветреная погода. Неприятель сжег посады столицы, густые облака дыма застилали Кремль. Воины задыхались от гари и копоти. Вечером, когда пожар стих, москвитяне сделали вылазку. Бились с татарами до ночи и вынудили их отступить, оставив на месте награбленное добро.

Установив в государстве мир и спокойствие, Василий Темный понял, что не может больше терпеть Дмитрия Шемяку в Устюге. Великий князь собрал войско. Дмитрий Шемяка бежал в северные пределы Руси, на Двину, затем он перебрался в Новгород, здесь его в 1453 г. и отравили. Виновник не был обнаружен. Новгородцы погребли Дмитрия Юрьевича Шемяку с почестями в Юрьевском монастыре. Великий князь изъявил нескромную радость.

После смерти Дмитрия Шемяки Василий Васильевич стал действовать более решительно и уверенно. Когда Иоанн Можайский не захотел идти вместе с ним на татар, великий князь объявил ему войну, заставив бежать вместе с семейством в Литву. Сын Дмитрия Шемяки Иоанн также ушел к литовцам, в результате Можайск был присоединен к Москве.

Новгородцы принимали всех недругов Василия Темного. Тогда великий князь решил наказать Новгород и с войском прибыл в Волок-Ламский. Москвитяне взяли Руссу, богатый город. Новгородцы, собрав 5 тысяч воинов, напали на небольшой отряд москвитян, но были побиты. В городе началась паника, однако Новгород откупился, дав Василию Темному восемь с половиной тысяч рублей и договорную грамоту. Василий Васильевич не теснил больше новгородцев и псковитян. В 1460 г. два месяца он гостил в Новгороде. Псковитяне же просили в наместники сына Василия Васильевича — Юрия. Но Юрий недолго пробыл в Пскове, оставив вместо себя Иоанна Оболенского-Стригу, сам же возвратился в Москву. Таким образом, великий князь, усмирив Новгород, предоставил возможность своему сыну закончить начатое дело: присоединить буйную республику к Московскому государству в следующее великое княжение.

В 1456 г. в монашестве умер рязанский князь Иоанн Федорович, внук славного Олега Иоанновича, поручив восьмилетнего сына Василия и дочь Феодосию великому князю. Василий Темный, будто бы желая лучше воспитать детей Иоанна, взял их в Москву, послав собственных наместников управлять Рязанью, и властвовал там как истинный государь. Властолюбие Василия Темного возрастало. Он без всяких на то причин взял под стражу Василия Ярославича Боровского, столь много сделавшего для великого князя в трудные времена, и сослал его в Углич. Этот удел был присоединен к Москве. Сын Василия Ярославича Иоанн ушел в Литву и думал вместе с Иоанном Андреевичем Можайским отомстить гонителю. Они оба умерли изгнанниками.