Среди правящих кругов России не было единства по вопросу дальневосточной политики. Витте стремился к «мирному» завоеванию экономического господства в Китае и особенно в Маньчжурии. Другая влиятельная группировка стояла за военные методы проведения дальневосточной политики. Эту группировку возглавлял А.М.Безобразов. Николай II поддержал Безобразова, который в мае 1903 г. был назначен на должность статс-секретаря Особого комитета по делам Дальнего Востока. Сторонник Безобразова адмирал Е.И.Алексеев стал наместником на Дальнем Востоке. Витте был удален с поста министра финансов и перестал на какой-то период играть существенную роль в правительстве.
Летом 1903 г. начались русско-японские переговоры о Маньчжурии и Корее. Но, несмотря на это, Япония, обеспокоенная проникновением России в Корею, готовилась к войне. Россия оказалась в изоляции. Японию же поддерживали Великобритания и США.
22 января 1904 г. большой совет под председательством микадо (титул японского императора) решил порвать дипломатические отношения с Россией и начать войну. 24 января посол Японии в Санкт-Петербурге вручил российскому министру внутренних дел В.Н.Ламздорфу ноту о разрыве дипломатических отношений.
Численность русских войск значительно превышала численность японской армии. Русский военно-морской флот превосходил японский, по меньшей мере, вдвое. Но русские войска находились главным образом в Европейской части страны. Соотношение сил на Дальнем Востоке было не в пользу России. В техническом отношении японские войска превосходили русские. К тому же к началу войны военно-морские и сухопутные войска были рассредоточены по всему Дальнему Востоку. Еще одно обстоятельство пагубно отразилось на ходе войны — недооценка противника. Во главе сухопутных войск был поставлен бывший военный министр А.Н.Куропаткин. Хорошо образованный, исключительно работоспособный, обладающий незаурядными административными способностями, Куропаткин показал себя исполнительным начальником штаба у М.Д.Скобелева в 1877 — 1878 гг. Однако Куропаткин никак не годился на первые роли. Нерешительность, боязнь риска, вечные колебания и постоянные оглядки назад характеризовали стиль командования русской армией.
Командующим Тихоокеанской эскадрой стал в начале войны вице-адмирал С.О.Макаров — крупнейший специалист по морскому делу, умный и энергичный флотоводец. Над командующим был поставлен главнокомандующий вооруженными силами на Дальнем Востоке адмирал Е.И.Алексеев. Но для этой роли он не годился. Отношения у него с Куропаткиным не сложились, более того, он открыто с ним враждовал.
25 января от вышедшего в море японского соединенного флота отделилась эскадра крейсеров контр-адмирала Уриу и направилась к корейскому порту Чемульпо, где находились русский крейсер «Варяг» и канонерская лодка «Кореец». Главные силы японского адмирала Того двинулись к российской военной базе Порт-Артуру, чтобы ночью миноносцами атаковать русские корабли.
Русская эскадра находилась на внешнем рейде Порт-Артура. Японцев никто не ожидал. Три из шестнадцати выпущенных японскими эсминцами торпед попали в цель. Были серьезно повреждены броненосцы «Цесаревич» и «Ретвизан», крейсер «Паллада».
Утром 27 января перед Порт-Артуром появилась уже вся эскадра адмирала Того. Встреченная огнем кораблей и береговых батарей, японская эскадра быстро отошла. Японцы поняли, что русские сохранили боеспособность и готовы дать отпор.
В тот же день драматические события разыгрались в Чемульпо. Русские корабли попытались прорвать японскую блокаду. «Варяг» и «Кореец» устремились навстречу японской эскадре, состоящей из 6 крейсеров и 8 миноносцев. Произошел неравный бой, в котором героический «Варяг» показал образцы мужества и выдержки. Но прорыв не удался. Потеряв почти все артиллерию, 7 офицеров и 115 матросов убитыми и ранеными (не считая свыше 100 легкораненых), поврежденный «Варяг» вернулся на рейд Чемульпо. Здесь «Кореец» был взорван, а «Варяг» затоплен русскими моряками. Экипажи были доставлены на иностранных кораблях в нейтральные порты.
24 февраля в Порт-Артур приехал вице-адмирал Макаров. Началась кипучая работа по подготовке к генеральному сражению. 26 февраля русские моряки вписали новую героическую страницу в историю флота. Эсминец «Стерегущий», попав в окружение, целый час бился с четырьмя японскими эсминцами. Погибла почти вся команда, но два уцелевших матроса открыли кингстоны и погибли вместе с кораблем.
В конце марта эскадра адмирала Того вновь появилась под Порт-Артуром. Утром 31 марта Макаров вывел русские корабли на внешний рейд. Но флагманский броненосец «Петропавловск», на котором находился Макаров, наткнулся на мину и взорвался. Броненосец погиб о течение полутора-двух минут. Вместе с ним погибли адмирал Макаров со своим штабом, художник В.В.Верещагин и большая часть команды. Трагический случай унес жизнь талантливого флотоводца. Во главе эскадры был поставлен совершенно не подготовленный к этой роли контр-адмирал В.К.Витгефт. По указанию Алексеева он прекратил всякие активные действия и перешел к пассивной обороне.
К середине апреля японские войска сблизились с русскими. Силы противников были примерно равны (по 70 тысяч штыков). Но русские войска заняли неудачные позиции. В ночь на 17 апреля японцы форсировали пограничную между Кореей и Китаем реку Ялу и нанесли поражение слабой левофланговой группе отряда Засулича. Восточный отряд отступил на север. Значение боя за Ялу было весьма велико. Отбросив восточный отряд, японцы обеспечили возможность высадки своей Второй армии на Ляодунском полуострове, где находился Порт-Артур.
28 апреля японцы захватили часть железной дороги на Порт-Артур, а затем начали наступать вдоль побережья на Цзиньчжоусский перешеек, соединяющий Квантунский полуостров с материковой частью. В это время Куропаткин и Алексеев спорили о целесообразности боевых действий.
Тем временем Вторая японская армия 13 мая атаковала Цзиньчжоусскую позицию. После овладения этой позицией генерал Оку, оставив одну дивизию для угрозы Порт-Артуру, повернул свою армию на север. Только в начале июня японцы сосредоточили против Порт-Артура две дивизии, которые составили Третью армию генерала Ноги. Этих сил для штурма крепости было явно недостаточно.
Между тем Алексеев, потеряв надежду убедить Куропаткина в необходимости наступления на юг, обратился к императору, и 22 мая из Санкт-Петербурга поступили указания, требовавшие эффективной помощи Порт-Артуру. Куропаткин выделил для наступления 1-й Сибирский корпус генерала Штакельберга (до 24 тысяч штыков), который 1 — 2 июня под Вафонгоу потерпел поражение.
10 июня русская эскадра вышла из Порт-Артура и направилась во Владивосток. Но японцы блокировали русский флот. Явного преимущества у японцев не было, однако русские корабли от сражения ушли и вернулись к Порт-Артуру.
Теперь японцы смогли развернуть наступление на всех направлениях. 17 июля противник вышел к внешнему обводу крепости. 25 июля на внутреннем рейде Порт-Артура стали падать первые японские снаряды. Русской эскадре угрожала японская осадная артиллерия. Виттефт отдал приказ о прорыве во Владивосток. 28 июля 6 броненосцев, 4 крейсера, 8 эсминцев снова вышли в море и после полудня встретились с японским флотом (5 броненосцев, 13 крейсеров, до 30 эсминцев). Вначале успех в артиллерийской дуэли склонялся на сторону русских. Японские корабли, особенно флагман «Микаса», подучили серьезные повреждения. Того подумывал об отступлении. Но тут японский снаряд, разорвавшийся у мостика «Цесаревича», убил Витгефга и вывел из строя его штаб. Потеряв руководство, эскадра рассеялась. В итоге 5 броненосцев, крейсер и 3 эсминца вернулись в Порт-Артур. Остальные корабли из-за недостатка топлива разоружились в нейтральных портах. Быстроходный крейсер «Новик» попытался прорваться во Владивосток. Он дошел через Тихий океан до Сахалина, но погиб после боя с двумя японскими крейсерами. Ток японцы окончательно обеспечили себе господство на море.
1 августа произошел другой морской бой — у побережья Корейского полуострова, где три владивостокских крейсера, идя навстречу порт-артуровской эскадре, столкнулись с эскадрой Камимуры (4 крейсера). В этом бою погиб «Рюрик». «Россия» и «Громовой» вернулись во Владивосток.
