Смена правления почти не коснулась канцелярии. Хотя при дворе Генриха уже и начинали играть свою роль маркграфы, графы и министриалы, опорой его власти оставались епископы, которым он неоднократно жаловал имения и права. Он, так же как и его отец, отбирал епископов почти исключительно по их политическим способностям, так что и при нем некоторые из них тоже подвергались нападкам за не соответствующее их духовному сану поведение. Генрих тоже назначал и отстранял от должности епископов и аббатов по своей собственной воле, хотя, в отличие от своего отца, отвергал симонию. Новым стало то, что установленному им церковному господству было впервые оказано сопротивление. Епископ Вацон Люттихский (Льежский), нередко в интересах империи отправлявшийся в военные походы, осудил смещение архиепископа Видгера Равеннского судом германских епископов и императора, хотя осудить следовало бы исполнение Видгером своей должности. Вацон разделяет причитающуюся императору «fides» («верность») и причитающееся папе «oboedientia» («повиновение»); он ставит «sacra auctoritas pontificum» («священную волю понтифика») выше, чем «regalis potestas» («королевскую власть»). Он отвергает весь ход событий начиная с 1046 года в том же духе, в каком с еще большей ожесточенностью делает это северофранцузский или лотарингский аноним в сочинении «De ordinando pontifice» («О том, как должно управлять понтифику»). Ни знаменитая люттихская школа, ни более оживленная духовная жизнь в Лотарингии не «объясняют», почему именно в это время фальсифицированное собрание канонов и декреталий^{26} Исидора Меркатора (Псевдоисидора) начинает оказывать более сильное, чем прежде, воздействие — как убедительностью своего языка, так и безоговорочностью своих требований. Отказ Галинарда, аббата монастыря св. Бенье в Дижоне, друга и постоянного спутника Льва IX, принести присягу королю при своем возведении в архиепископы Лиона в 1046 году объяснялся послушанием уставу бенедиктинцев, запрещавшему монахам приносить клятвы, и не должен расцениваться в политическом смысле. Даже сам Генрих III это понимал и уважал его поступок. С аббатом Гвидо Помпосским, советов которого он просил по поводу итальянских дел, с Петром Дамиани и клюнийскими аббатами Одилоном и Гуго императора связывали дружеские отношения. Гуго он сделал крестным отцом своего родившегося в 1050 году сына и наследника Генриха IV и, видимо, советовался с ним также по делам управления Бургундией. Он одаривал монастыри, собирал во многих местах реликвии, чтобы преподнести их своим монастырям св. Симона и св. Иуды (святые дня его рождения) в Госларе. Генрих, скорее всего, преднамеренно основал их в Саксонии, отдаленной от вотчины Салиев и им противостоявшей, и именно там учредил школу, своего рода питомник духовенства, императорских канцлеров и будущих епископов. Как это основание, так и введение во многих церквях по всей империи ежегодных поминальных торжеств имели политико-династический смысл. Об искренней набожности Генриха говорят и проповедь мира, произнесенная им в Констанце, и его празднование победы на поле битвы в Менфё и позднее в Регенсбурге «босым и во власянице», как сообщает анналист.

9 октября 1047 года, после всего лишь девятимесячного понтификата, скончался Климент II. Назначенный по просьбе римского посольства папа Поппон Бриксенский (Дамас II), которому низложенный Бенедикт IX при поддержке маркграфа Бонифация Каносского хотел воспрепятствовать в получении папского престола, умер через три недели правления (17 июля — 9 августа 1048 года). Тогда император назначил папой — Львом IX — своего родственника, епископа Бруно Тульского, деятеля лотарингской реформы, который был известен также в северной Франции. Ради соответствия канону тому пришлось настоять на своем последующем избрании клиром и народом Рима. За ним в Рим последовали Гильдебранд, ставший субдиаконом римской церкви, льежский архидиакон Фридрих, брат герцога Готфрида, монахи Гумберт из Муайенмутье и Гуго Кандид из Ремиремона и другие. С их помощью Лев заново и на самостоятельных началах упорядочил папскую администрацию, хотя первое время она и подражала, в первую очередь по своим внешним формам, императорской канцелярии. При папе была образована коллегия кардиналов именно в том смысле слова, какое она имела позднее. Большую часть времени папа проводил в поездках: за пять лет своего понтификата он трижды побывал в Германии, шесть раз, в Нижней Италии, провел двенадцать всеобщих синодов. Не проявляя тенденции к универсализму, он трудился над очищением церкви, освобождением ее от симонии и священнических браков. Его акты, изданные для Германии, относились преимущественно к монастырям его лотарингской родины, о которых он заботился еще и как епископ. Он подтверждал их права на владения, защищал их от произвола и злоупотреблений. Как и прежде, предоставлялись привилегии учредителям монастырей и их преемникам в качестве фогтов, но временами тот или иной монастырь ставился и под непосредственную защиту папы. Лев IX не занимался никакой «монастырской политикой», но, активно требуя обеспечивать благосостояние и безопасность монастырей, готовил почву для их последующего развития. Вместе с Генрихом III он провел в 1049 году в Майнце синод по вопросу церковной реформы. Эрцканцлер Италии, архиепископ Герман Кёльнский, занял в 1051 году и римскую архиепископскую кафедру. Хотя Лев вопреки интересам империи и подтвердил права Градо, поскольку для осуществления своих внутриитальянских планов нуждался в помощи Венеции, это не привело к напряженности в отношениях между императором и папой. С равной набожностью, равно преисполненные достоинством своего служения, они были сплочены единой целью — Imperium christianum.

Пребывание в Риме на первых порах было возможным для посланников из Беневента благодаря денежным средствам Льва. С 1047 года норманны завоевали почти все княжество Беневент. Сетования населения на их жестокость и насилие, забота о церковном окормлении Нижней Италии, на которое претендовала также и греческая церковь, а может быть и права императора как «rex Italiae» («короля Италии»), которого Лев здесь представлял, на Капую и Беневент, побуждали Льва к его многочисленным поездкам в Нижнюю Италию. После того как Беневент изгнал своих князей и в 1051 году подчинился папскому сюзеренитету, норманнские князья Ваймар Салернский и Дрого (Дрё), граф Апулии, обещали его защищать: ведь поверенному императора должны были подчиняться и правители, и города. Однако вскоре после смерти Ваймара и Дрого брат Дрого Гумфред стал непосредственным властителем Салерно, его сводный брат Роберт Гвискар завоевал Калабрию, а Ричард Аверсский (правивший с 1049 года) выступил против Капуи. В этих условиях Лев увидел единственную возможность утвердить свои права на Беневент в войне против норманнов. От обоих императоров он ожидал поддержки, как от «обеих своих рук». Посредником между ним и императорами Константином IX Мономахом и Генрихом III был, по-видимому, греческий наместник в Нижней Италии. Генрих дополнительно к правам папы на Бамберг и Фульду вручил ему «vicariationis gratia» («как викарию») императорскую власть над почти полностью занятой в то время норманнами территорией Беневента. Однако канцлер, епископ Гебхард Эйхштеттский, задерживал формирование для папы немецкого войска. С самостоятельно навербованными в Германии и Папской области военными силами, частью состоявшими из авантюристов, Лев потерпел 18 июня 1053 года тяжелое поражение при Чивитате. Это произошло уже после того, как три норманнских князя попытались объявить его своим сюзереном, но отказались освободить завоеванные ими территории. Лев остался в Беневенте, но, по-видимому, не состоял под стражей у норманнов.

В начале понтификата Иоанна XIX (1024–1033) патриарх Византии обратился к Риму с просьбой признать свое равноправие, что вызвало сильное противодействие реформаторов. С тех пор отношения между церквями оставались напряженными. Константин IX (1042–1055) тем больше желал мира с Римом, чем больше греки вытеснялись норманнами из южной Италии. Его деятельный патриарх Михаил Керуларий (носивший сан с 1043 года) направил одному из южноитальянских епископов выдержанное в остром тоне открытое послание об определенных обрядах римской литургии, правда, не затрагивавшее догматов. Курия ответила на него столь же резкими возражениями. В январе 1054 года папа, еще из Беневента, направил своего канцлера Фридриха Лотарингского с кардиналом Гумбертом и архиепископом Амальфи в Византию, в чьей помощи он в тот момент безотлагательно нуждался. Однако, требуя согласно Константинову дару^{27}, главенства римского престола, посланцы папы ввели этим патриарха в сильнейшее раздражение, и император не мог долее оставаться посредником. Отлучение Михаила от церкви 16 июля 1054 года привело к схизме, которая де-факто существовала уже давно, но все же имела шанс быть преодоленной. В результате раскол стал окончательным, сохранившись и впредь, хотя в греческих источниках ничего об этом столкновении не сообщается. Последовало ответное проклятие патриарха. Он хотел только провала переговоров, но римляне предпочли разрыв, сначала, возможно, с намерением всего лишь сместить Керулария, но при этом, конечно, со страстной убежденностью в собственной правоте.