Смерть Гозелона Лотарингского в 1044 году и пожалование его сыну Готфриду (Бородатому) в лен Верхней Лотарингии, герцогом-соправителем которой он уже являлся, а младшему, вероятно, недееспособному сыну Гозелона (умер в 1046 году) — Нижней Лотарингии послужили причиной мятежей и беспорядков, которые король так никогда и не смог до конца усмирить. Отклонение просьб Готфрида передать ему Нижнелотарингское герцогство и неприятие его попыток вести переговоры на эту тему привело к союзу герцога с королем Генрихом I Французским. За это Генрих III на княжеском судебном заседании в Ахене покарал Готфрида лишением его всех ленов, а тот в ответ начал совершать из своих укрепленных владений грабительские набеги на имперские земли. Помимо верных Генриху духовных князей (Утрехт и Льеж всегда представляли здесь имперскую власть существеннее, чем герцоги) королю удалось привлечь на свою сторону и князей светских. В начале своего царствования Генрих III кроме Баварии и Швабии имел в собственном управлении также Каринтию, где правящий род угас в 1039 году. Но уже в 1042 году он пожаловал Баварию Люксембургу Генриху (VII), племяннику последнего баварского герцога. В 1045 году рейнский пфальцграф Оттон, сын Эццо и брат Германа Кёльнского, получил герцогство Швабию. Пфальцграфом стал его двоюродный брат Генрих, который однажды, во время тяжелой болезни короля, был определен ему в преемники. Марка Антверпен в качестве следующего имперского лена досталась Фландрии. В 1045 году, увидев, что обе эти столь значительные лотарингские княжеские фамилии, Люксембурги и Эццониды, находятся в союзе с королем, Готфрид покорился ему и после годичного содержания под стражей получил Верхнюю Лотарингию обратно. Нижняя Лотарингия была пожалована в лен Фридриху, брату Генриха Баварского.

В Бургундии Генрих III познакомился с «treuga Dei» — церковными установлениями «Божьего мира», требовавшими в память о днях страстей Господних соблюдать перемирие по всем церковным праздникам и еженедельно с вечера среды до утра понедельника. «Божьему миру» Генрих уподобил свои королевские требования. На синоде в Констанце он с церковной кафедры выступил с проповедью мира и отпущением грехов (как и в том же 1043 году в Трире, после своей победы над венграми в Менфё, и в 1047 году в Риме). Обеспечив осенью 1046 года мир в стране и на границах, Генрих отправился в Италию. Итальянские князья посетили его двор уже в январе 1040 года. От планировавшегося Конрадом военного похода против Милана отказались сразу же, как только получили известие о его смерти. Архиепископ Ариберт Миланский вскоре после этого прибыл ко двору, принес извинения и вернул себе свой сан.

Папа Бенедикт IX, тускуланец и племянник обоих своих предшественников, подчинился королю Генриху точно так же, как подчинялся его отцу. Он проявил снисходительность к Бржетиславу Богемскому, разграбившему реликвии, был суров с Абой Венгерским и через двух своих легатов санкционировал не соответствующий канонам брак Генриха. Однако, вопреки интересам империи и Аквилейского патриархата, он восстановил самостоятельность патриархата Градо. Утверждение, что он якобы стал папой уже с двенадцатилетнего возраста, и обвинения его в порочности являются позднейшей клеветой реформаторов: папой в их духе Бенедикт, конечно, не был. Вероятно, недовольство его жестким правлением в городе привело к восстанию римлян осенью 1044 года и к семинедельному понтификату (с января до марта 1045 года) Сильвестра III, епископа Сабинского, которого поддерживали Кресценции. Восстановленный в сане, Бенедикт IX вскоре после этого отрекся от папского престола, то ли по собственному побуждению, то ли под давлением партии реформ. Эта партия обладала в Риме своей резиденцией в монастыре на Авентине, где имели обыкновение жить клюнийские аббаты во время своего пребывания в Святом городе. Партия реформ привела на папский престол Григория VI, архидьякона Джованни Грациано, одного из своих единомышленников, происходившего из видного, зажиточного римского рода. Новый папа вознаградил Бенедикта за отречение большой денежной суммой. Хотя именно его друзья и ученики боролись с симонией — приобретением духовной должности за деньги с целью извлечения из нее выгод, самого Григория они нападкам не подвергали; его синоды посещались, его двадцатимесячный понтификат признан в папском каталоге.

Генрих III вошел в умиротворенную Италию. В Павии 24 октября 1046 года он провел с ломбардскими, немецкими и бургундскими епископами синод, на котором был обнародован всеобщий запрет симонии. В Пьяченце он встретился с Григорием VI. События последующих месяцев не поддаются точному восстановлению, так как изложения их немецкими, итальянско-римскими хронистами и хронистами партии реформ — даже если принимать во внимание только написанные синхронно — прямо противоречат друг другу. После крупных успехов в Германии, после укрепления своей власти над Бургундией Генрих стремился также к действительному господству над Италией. Достижению этой цели могла угрожать опасная связь между тускуланскими папами, Бонифацием Каносским и Ваймаром Салернским. Генрих III с той же серьезностью, что и священнослужители его времени, желал и установления мира в своей империи, и утверждения истинной церкви Христовой. Неканоническое возведение на папский престол Григория VI дало Генриху основание к тому, чтобы заставить синод в Сутри 20 декабря низложить его вместе с изгнанным полтора года назад Сильвестром III. Во избежание беспорядков плененный Генрихом Григорий VI должен был следовать в Германию; его сопровождал монах Гильдебранд (будущий папа Григорий VII). Через три дня синод в Риме высказался за смещение Бенедикта IX в связи с его противозаконным отречением от папского престола и, после отказа от предложенного сана архиепископа Адальберта Бременского и по его совету, возвел на престол святого Петра под именем Климента II сакса, епископа Суитгера Бамбергского. На следующий день, 25 декабря, он принял посвящение в сан и совершил императорскую коронацию Генриха и его супруги. Немецкий папа, за которым ради материальной поддержки сохранили его германское епископство и который не был обязан своим возведением каким-либо связям с одной из римских партий, должен был провести церковное обновление. Отныне император в делах чисто церковных переставал играть главенствующую роль. Одилон Клюнийский и Петр Дамиани, аббат еремитской конгрегации Фонте Авеллана, друг и советчик императора, одобрили возведение нового папы. Вместе с золотой диадемой император принял от римлян сан патриция и тем самым примат при избрании папы; ни одна римская городская партия не могла больше ни присваивать себе право власти над Римом, ни ставить в зависимость от своих интересов избрание главы христиан.

К тому времени Ваймар Салернский уже распространил данную ему Конрадом II власть на Амальфи, Гаэту, Сорренто и Капую. На юге норманны, борясь против арабов и греков, расширили свое господство, опорным пунктом которого стал Мельфи. В сентябре 1042 года они избрали своим вождем и графом Апулии Вильгельма Железнорукого, сына Танкреда Готвилльского. Он находился под сюзеренитетом Ваймара, который с января 1043 года выступает как герцог Апулии и Калабрии — пустой титул, который должен был, так сказать, легализовать захват земли норманнами. В канун нового 1046 года Вильгельма Железнорукого сменил его брат Дрого (Дрё), который назвал себя «dux et magister Italiae comesque Normannorum totius Apuliae et Calabriae» («герцог и правитель Италии, граф норманнов всей Апулии и Калабрии»), но сюзеренитет Ваймара, кажется, продолжал иметь место. После своего пребывания в Монте-Кассино император в феврале 1047 года в Капуе принял клятву верности и богатые дары от Ваймара, норманнских князей и Пандульфа IV Капуанского. Последний за большую денежную сумму был вместе со своим сыном, носящим то же имя, вновь пожалован Капуей в качестве лена, а норманнские князья получили подтверждение своих прав на владение Апулией и Аверсой. Наличие в этой отдаленной пограничной области нескольких «долевых государств» представлялось императору менее угрожающим, чем неограниченное расширение власти Ваймара, которого делали опасным уже его связи с тускуланцами. Беневент не открыл Генриху своих ворот и после тщетной осады был отлучен от церкви Климентом II, который сопровождал императора в Южной Италии.