Важнейшей ареной боевых действий в последующие годы стала Франкония. Бои велись с переменным успехом. Сражение при Мелльрихштадте недалеко от Швейнфурта в августе 1078 года увенчалось победой Генриха, так как ему удалось воспрепятствовать объединению антикороля Рудольфа со швабами. Но в тот же день крестьянское войско короля потерпело поражение на реке Неккар в бою с противниками из княжеского лагеря под предводительством Вельфа IV и Бертольда фон Церингена. Зимой 1079/80 года Генрих обладал достаточной мощью, чтобы со своей стороны предпринять поход в Саксонию. 27 января 1080 года под Фларххеймом недалеко от Мюльхаузена состоялась битва. Однако после успешного для Генриха начала битвы антикороль сумел одержать победу.

Для Григория в эти годы наряду с отношениями в Италии на первом плане стояли вопросы общей реформы церкви. На великопостном синоде 1078 года он не только обновил прежние распоряжения о наказании приверженцев Генриха в Италии, но и начал борьбу против мирского влияния в приходских церквях. Папский синод в ноябре того же года объявил об общем запрете любой светской инвеституры. До сих пор папа уклонялся от решения спора о немецком троне. Этот вопрос должен был решить немецкий национальный синод под руководством его легатов. Однако искусная политика Генриха IV постоянно препятствовала созыву такого синода. Теперь папа понял, что дальнейшее промедление окончательно отдалит от него немецких сторонников. Тогда он решил отказаться от своей выжидательной позиции и снова начать борьбу с Генрихом.

Великопостный синод 1080 года открывает новый и последний период понтификата Григория. В форме молитвы, обращенной к обоим «апостольским князьям», папа отлучил короля от церкви (7 марта 1080 года). Жесткие слова отлучения, в которых с максимальной яркостью выразились притязания папы на вселенское господство, не могли скрыть того, что для этого отлучения не было достаточно веских оснований. Прежде всего, не соответствовало действительности утверждение, что Генрих якобы постоянно препятствовал дипломатическому посредничеству. Григорий усилил брошенный им вызов еще и тем, что предрек скорую смерть короля в случае, если тот не покается. Но все его действия теряли эффективность из-за своей повторности. Ужесточение запрета инвеституры распространением его также и на светскую инвеституру для низших степеней священства создало ему новых противников. Таким образом, великопостный синод 1080 года явился в то же время поворотным моментом в правлении Григория. Большая часть ломбардского и немецкого епископата перешла теперь на сторону Генриха. На двух синодах, в Бамберге и в Майнце, папе было отказано в послушании. Затем в июне 1080 года в Бриксене под председательством короля Генриха был созван синод немецких и итальянских епископов, который низложил Григория. Вместо него Генрих возвел в сан папы архиепископа Виберта Равеннского.

Целью Генриха было добиться возведения этого антипапы на престол в Риме. Однако прежде он попытался решить проблемы в Германии. 15 октября 1080 года на реке Эльстер произошло его столкновение с антикоролем и Оттоном Нортхеймским. Правда, король потерпел поражение, но Рудольф Швабский потерял в бою правую руку и на следующий день умер. Гибель антикороля, потерявшего именно ту руку, которой он когда-то принес королю клятву верности, была воспринята как Божья кара. В лагере немецкой оппозиции сначала не могли прийти к единому мнению относительно нового кандидата, поскольку Оттон Нортхеймский столкнулся с сопротивлением южнонемецких князей. Лишь 6 августа 1081 года был избран новый антикороль. Саксами и швабами был выбран малоизвестный незначительный князь, граф Герман фон Зальм, но он не достиг какого-либо влияния.

Между тем весной 1081 года Генрих с относительно небольшим войском отправился в Италию. В Северной и Центральной Италии самой важной опорой папы была маркграфиня Матильда. Еще до великопостного синода 1080 года (предположительно в 1079 году) она передала в дар римской церкви весь свой аллод в Италии и Лотарингии и получила назад от папы в качестве лена с правом свободного распоряжения. Затем она отправила для участия в военных действиях на стороне курии свои отряды, которые уже осенью 1080 года были разбиты на мантуанской территории ломбардскими союзниками Генриха IV. Ускоренным маршем Генрих сумел продвинуться к Риму, однако ему не удалось завоевать город. В следующем году (1082) из Тусции он повторил попытку, но вновь безуспешно. Лишь в начале 1083 года ему удалось захватить город Льва^{36}. В ходе переговоров с римлянами было назначено проведение нового синода, на котором должен был решиться спор между Генрихом и папой, но из-за несогласия Григория он не состоялся.

В этой ситуации папа мог надеяться только на помощь норманнов. В 1078 году, незадолго до смерти Ричарда Капуанского, с ним было заключено мирное соглашение. Через два года (1080) Григорию удалось достичь перемирия и с Робертом Гвискаром. Во время встречи в Чепрано Роберт признал папу своим сеньором. Взамен Григорий должен был пойти на незначительные уступки норманнскому князю и временно позволить ему находиться в незаконно завоеванных им областях. Однако помощь его вассала пока задерживалась. Завоевательная политика Роберта в тот момент была направлена против Византийской империи. Летом 1081 года он с флотом переправился через Адриатическое море и оккупировал Корфу и западное побережье Греции. Однако восстание норманнских баронов в Апулии вынудило его вернуться в Италию. Кроме того, император Византии Алексей I вступил в переговоры с Генрихом IV и побудил германского короля предпринять в начале 1084 года заведомо безуспешный поход в Апулию. Только когда эта вдвойне опасная для Роберта Гвискара ситуация разрешилась, норманнский герцог отважился в мае 1084 года поспешить с более чем тридцатитысячным, по утверждению источников, войском на помощь своему сеньору-папе.

Тем временем положение Григория в Риме продолжало ухудшаться. Его противодействие плану проведения собора вызвало в начале 1084 года всеобщее движение заговорщиков в Риме, к которому присоединились даже 13 кардиналов. Теперь Генрих смог задержать свое вступление в Рим и организовать избрание Виберта папой с соблюдением всех формальностей. Новый папа принял имя Климент III и на пасху 1084 года (31 марта) короновал Генриха IV и его супругу Берту императорской короной в соборе св. Петра. Казалось, император достиг исполнения своих желаний. Только хорошо укрепленный замок Св. Ангела представлял собой последнее прибежище Григория в городе. Впрочем, приближение шедшего на помощь норманнского войска вынудило Генриха отказаться от Рима и летом вернуться в Германию. Но и положение Григория в Риме, после того как город был жесточайшим образом разграблен норманнами, стало неустойчивым. Вместе с норманнами он покинул Рим и отправился в Салерно. Здесь он провел последний год своего понтификата, тщетно стремясь вернуться в Рим, где снова смог добиться признания Климент III. 25 мая 1085 года Григорий VII умер в изгнании. Его последние слова «Я любил справедливость и ненавидел безбожье, поэтому я умираю в изгнании» надежно засвидетельствованы источниками. В 1606 году он был канонизирован церковью.

Григорий VII, бесспорно, принадлежит к самым значительным папам средневековья. В итоге, правда, он вынужден был бежать из Рима от Генриха IV и римлян, и прежде в его политике не раз случались провалы. Кроме того, даже многие его сторонники не понимали всей глубины его идей. Но его вклад в историю состоит в том, что он неуклонно отстаивал реформу церкви. Проповедуя идеи папской теократии как высшей цели, он более чем на два столетия вперед указал путь для своих последователей и решающим образом определил облик церкви.

В те же годы, когда Генрих получал все больше возможностей противостоять своим противникам в Германии, в империи все глубже укреплялось движение за реформу церкви. Если раньше идеями реформы, исходившими из монастыря Горце, были охвачены в основном немецкие монастыри, то теперь идеи клюнийцев выходят за их стены и охватывают широкие народные слои. Отправным пунктом этой новой волны церковно-монастырского реформаторского сознания стал основанный графами фон Кальв монастырь Хирзау в Шварцвальде. В 1069 году управление монастырем было доверено монаху Вильгельму из монастыря св. Эммерама в Регенсбурге. Через два года он был возведен в сан аббата. В 1075 году при помощи Генриха IV он добился полной отмены права частной церкви в Хирзау и в том же году получил от папы охранную привилегию для монастыря. В 1079 году по совету Бернара, аббата монастыря св. Виктора в Марселе, который, будучи папским легатом в Германии в 1077–1078 годах, долгое время жил в Хирзау, Вильгельм начал реорганизацию монастыря. Используя принятые в Клюни «Consuetudines» («Обычаи») и другие правила, он создал хирзауский монастырский обычай, который своей строгостью значительно отличался от прежних правил жизни немецких бенедиктинцев. Что касается правовой структуры монастыря, например назначения на должность аббата епископами, то новый устав все же учитывал традицию имперского монашества. Вильгельм (ум. 1091) сам провел реформу также в монастыре Всех Святых в Шаффхаузене и в монастыре Мури в Аргау. Этим хирзауским движением, которое распространилось до Каринтии, Тюрингии и Саксонии, были охвачены вся Швабия, а также Бавария и Франкония. Новым было то, что теперь монахи не ограничивались деятельностью в монастыре, но и перемещались по стране как странствующие проповедники. Помимо этого, миряне объединились в товарищество «fratres conversi» («обращенных братьев»). В Германии, как и в других землях, проводниками этого движения за реформы стали регулярные каноники, которые со времен Григория VII с помощью пап упорядочивали формы своей общинной жизни. Так, важным опорным пунктом григорианской партии в Германии был основанный Вельфами в Баварии монастырь Роттенбух.