Во время правления Стефана или сразу после его смерти Гумберт закончил свой трактат «Adversus simoniacos libri tres» («Против симониан, в трех книгах»). Если прежние церковно-политические трактаты ограничивались тем, что бичевали отдельные нарушения в церкви, то Гумберт в своем труде идет дальше и задается вопросом о корнях этого зла. Его причину он видит в праве мирян распоряжаться церковью. Для Гумберта любое принятие духовных должностей из рук мирянина является симонией. Поэтому он требует канонического избрания епископов клиром и народом, а за королем, который для него также является мирянином, признает только право совещательного голоса. Тем самым сомнению подвергались не только исторически сложившееся право частной церкви, но и прежний религиозно-политический порядок, который основывался на идее теократической королевской власти. Труд Гумберта значительно расширил программу церковной реформы. К требованиям упразднить симонию и ввести целибат^{31} теперь добавляется в качестве решающего момента борьба против светской инвеституры. Однако трактат Гумберта все же не следует рассматривать как официальную программу, тем более что он не получил широкого распространения.

События в Риме после смерти Стефана продемонстрировали, насколько нестабильным было положение реформаторской партии. Римскими знатными родами на престол св. Петра был возведен в качестве папы Бенедикта X Иоанн (Джованни), епископ Веллетри, племянник Бенедикта IX. По инициативе Гильдебранда и с согласия императрицы Агнессы реформаторы, вопреки этому, решили избрать папой епископа Жерара Флорентийского, родом из французской Бургундии. В Сиене он был возведен на папский престол под именем Николая II, вероятно, при содействии клюнийцев. Готфрид Лотарингский ввел его в Рим, где Бенедикт вскоре отказался от борьбы. В 1060 году он был низложен.

Короткий понтификат Николая II (1058–1061) стал для римской церкви во многих отношениях эпохальным, прежде всего из-за решений Латеранского синода в апреле 1059 года. Его первоочередной задачей была легализация процедуры избрания Николая II и урегулирование будущих выборов папы. Поэтому принятый синодом декрет об избрании папы определял, что право первого голоса имеют кардиналы-епископы, и только затем необходимо привлекать к избранию прочих кардиналов, в то время как остальной клир и народ Рима, как избиратели последней очереди, должны были обладать правом аккламации (одобрения). В случае невозможности проведения в Риме нефальсифицированных выборов кардиналы-епископы должны были иметь право вместе с некоторыми другими кардиналами назначать проведение выборов в другом месте. В случае, если бы в римской церкви не нашлось подходящей кандидуры, разрешалось избрать духовное лицо не из Рима. При выборе кандидата должны были проявляться «honor» и «reverentia» («почет» и «уважение»), которые подобали королю. Декрет об избрании папы был направлен против римской знати, чье влияние на выборы необходимо было окончательно исключить. Однако в декрете отсутствовали какие-либо выпады против германской королевской власти. В позднейшей практике это едва ли принималось во внимание — декрет означал прежде всего важный шаг на пути к формированию коллегии кардиналов.

Далее синод принял решающие постановления против брака священников. Мирянам запрещалось слушать мессу, которую служили женатые клирики. Но особенно важным был шестой канон синодального декрета, который впервые выражал общий запрет светской инвеституры, в то время как вопросы симонии были впервые рассмотрены на более поздних синодах.

Вскоре после этого папство совершило поворот в своей итальянской политике. Под влиянием Гильдебранда, который в том же году получил важную должность архидьякона, а также при посредничестве аббата Дезидерия Монтекассинского, летом 1059 года было достигнуто примирение с норманнами. Ричард Аверсский, завоевавший тем временем Капую, и Роберт Гвискар, который начал осаду Калабрии, были признаны в своих правах на завоеванные территории и вступили в ленные отношения с курией. Николай II, очевидно, в Капуе, принял от Ричарда присягу на верность. Роберт Гвискар принес ему в Мельфи ленную клятву и принял в ленное владение Апулию, Калабрию и Сицилию, которую еще предстояло завоевать. Оба князя должны были не только принять на себя обычные вассальные обязательства и пообещать ленную плату, но также и обязывались поддерживать любого законно избранного папу. Для норманнов этот лен означал признание высшим духовным авторитетом Запада их завоеваний, до сих пор считавшихся незаконными. Курия приобрела в лице норманнских князей важных в будущем союзников, которые, впрочем, могли стать и опасными для нее. Поскольку при этом наделении ленами не были приняты во внимание права империи в Южной Италии, то этот союз мог внести напряженность в отношения между папством и германским королевским двором.

Нельзя с уверенностью назвать причины разногласий, которые позже возникли между Николаем II и королевским двором. Возможно, их следует искать в дисциплинарных мерах папы, направленных против немецкого епископата. Папский легат, прибывший в начале 1061 года в Германию, не был принят при дворе. Еще раньше недействительными были объявлены распоряжения папы.

После смерти Николая в июле 1061 года возник открытый конфликт. Римская знать отправила юному королю знаки патрицианского достоинства и просила его о назначении нового папы, но императрица Агнесса медлила с решением. Тем временем инициативу перехватил Гильдебранд, являвшийся после смерти Гумберта (май 1061 года) бесспорным руководителем реформаторской партии. При покровительстве Ричарда Капуанского он настоял на избрании папой епископа Ансельма Луккского, урожденного миланца, и возведении его на папский престол в Риме под именем Александра II (1 октября 1061 года). Лишь такое самовольное поведение реформаторов побудило королевский двор действовать. Под влиянием итальянского канцлера Виберта и ломбардского епископата в октябре в Базеле папой Гонорием II был провозглашен епископ Кадал Пармский. Это привело к схизме. Дошло ли дело до того, чтобы помочь Гонорию одержать победу и ввести его в Рим, остается под вопросом. Со стороны регентства для этого не было сделано ничего, и в дальнейшем Агнесса вела себя нерешительно. Сам Кадал попытался из Северной Италии атаковать Рим военными силами, и весной 1062 года ему удалось завоевать часть города. Тогда вмешался Готфрид Лотарингский и предложил обоим папам сложить оружие и до принятия германскими властями окончательного решения вернуться в свои епископства. Между тем в Германии в результате государственного переворота в Кайзерсверте (гл. 1) к власти вместе с Анноном Кёльнским также пришли сочувствующие реформе силы. В конце октября Аугсбургский синод, для которого Дамиани составил свое «Disceptatio synodalis» («Синодальное рассуждение»), решил отправить в Италию посольство, чтобы рассмотреть спор двух пап. Эта задача была доверена племяннику Аннона, епископу Бурхарду Хальберштадтскому. Данное ему поручение вернуть в Рим Александра, в случае, если при его избрании не имело места слишком больших нарушений, уже означало будущее признание Александра, который теперь с помощью Готфрида возвратился в Рим. Однако Кадал не оставлял своего намерения. Он собрал новое войско и в 1063 году вновь атаковал Рим, но, встретив совместное сопротивление Готфрида и норманнских князей, вынужден был вернуться в свое епископство. Проведенный на Троицу 1064 года синод в Мантуе вынес окончательное решение. Александр председательствовал на нем, в то время как Гонорий II отказался явиться. На синоде присутствовал и Аннон с частью немецких епископов и князей. После того как Александр защитился от упреков в симонии посредством очистительной клятвы, он был признан законным папой. Гонорий был отлучен от церкви. Хотя в Ломбардии он еще имел некоторых приверженцев, но вплоть до своей смерти (1072 год) уже не играл никакой роли. Схизма 1061 года, которая, как иногда казалось, будет иметь опасные последствия для реформаторского движения, завершилась, благодаря перевороту при королевском дворе, победой реформаторов.