Духовная борьба по принципиальным вопросам церковной реформы отчетливо прослеживается также в росте количества памфлетов. Возникновение такой публицистики, в первую очередь в Лотарингии и Италии, относится еще к середине XI века. Полемическая литература догригорианского периода впервые достигла расцвета в сочинениях Петра Дамиани и Гумберта. Но только во время понтификата Григория литературная борьба действительно приобретает размах. Если раньше, за исключением писаний Гумберта в центре дискуссий стояли отдельные церковные нарушения, то теперь все больше выдвигаются на первый план принципиальные вопросы. Повод для оживленной дискуссии дали прежде всего события 1076 года, а именно: смещение папы германским королем и отлучение того от церкви, объявленное Григорием. В полной мере время этой публицистики наступает с 1088 года, после вторичного объявления Григорием отлучения короля от церкви. Авторы трактатов — почти без исключения представители духовенства. В Италии за перо берутся преимущественно епископы, в Германии — монахи. Духовное происхождение авторов обуславливает и характер памфлетов. Обе стороны апеллировали к правильному толкованию Священного Писания и церковных законов. Защитники дела короля также придерживаются церковной дидактической традиции. Нападая на Григория, они верят, что защищают традиционное церковное право от нововведений реформаторов. Их самые важные представители в Германии — схоластик Венрих Трирский, епископ Видо Оснабрюкский и, в первую очередь, неизвестный автор сочинения «De unitate ecclesiae conservanda» («О единстве церкви, которое следует сохранять»), отстаивающий идею получения светской власти непосредственно от Бога и развивающий при этом абсолютно новое для того времени понятие церкви, которую он рассматривает как сообщество верующих. Среди сторонников Григория в Германии, помимо Бернольда Санкт-Блазиенского, оставившего обширный труд, следует назвать в первую очередь регулярного каноника Манегольда Лаутенбахского (в Эльзасе), который близко подошел к идее народного суверенитета и придерживался мнения, что король — всего лишь временный уполномоченный народа и в любое время может быть низложен, если не соблюдает обязанности правителя.

В Италии в лагере приверженцев Григория выделяются в качествве публицистов прежде всего епископ Ансельм II Луккский, кардинал Деусдедит и епископ Боницо Сутрийский. Более важным, чем их памфлеты, является изложенное ими собрание канонов, которым они заложили необходимый церковно-правовой фундамент для программы реформ и для нового учения о примате папы. Первой правовой книгой этой новой, развивающейся все интенсивнее канонистики стало так называемое 74-титульное собрание «Diversorum sententiae patrum» («Сентенции различных отцов»). Действительно ли его, как иногда считают, написал Гумберт в 1050 году — вопрос спорный. Возможно, оно относится уже к первым годам понтификата Григория VII.

Самые значительные успехи сторонников императора в Италии были достигнуты в кругу Виберта Равеннского. Юрист из Равенны Петр Красс в своем памфлете в защиту Генриха IV ссылается на римское право и обосновывает несменяемость короля принципами римского наследственного права. Другой юрист, также родом из Равенны, заново включает старое римское понятие «lex regia» («царский закон») в некоторые сфальсифицированные им папские привилегии для Карла Великого и Оттона I и развивает теорию о том, что передача власти императору не подлежит отмене. Так с самого момента своего возникновения эта публицистика восьмидесятых годов ведет к выработке обеими сторонами принципиальных позиций во всей их остроте. И только следующее поколение попытается прийти к практическому решению спорных вопросов.

Годы, последовавшие за смертью Григория, показывают нам Генриха IV на вершине его могущества. Ставленник императора папа Виберт (Климент III) сумел не только укрепить позиции в Италии и Германии, но и на время добиться послушания в Англии, Венгрии и Хорватии. Кардиналы воспользовались межпапским раздором, чтобы активизировать собственное участие в управлении церковью.

Партии реформ в Риме, ослабленной расколом среди кардиналов, потребовалось довольно продолжительное время, чтобы привести в порядок наследие Григория. Только в мае 1086 года Дезидерий, аббат Монте-Кассино, при поддержке норманнских князей был возведен в сан папы под именем Виктора III. Все его прошлое свидетельствовало о нем как о человеке, который будет содействовать заключению мира с королем. Однако, не успев развернуть активную деятельность, он скончался в сентябре 1087 года.

И опять потребовалось полгода, пока стало возможным новое избрание папы. В Террачине, на южной границе Папской области, сторонники Григория выбрали папой кардинала-епископа Оддона Остийского, принявшего имя Урбан II. Француз по происхождению, он был монахом и приором в Клюни. В его лице во главе курии снова встал представитель строгой церковной реформы. Но в то же время это был человек, который своими яркими дипломатическими способностями существенно отличался от Григория.

Пока император находился в Италии, в Германии продолжалась борьба. Однако со смертью Оттона Нортхеймского (1083 год) противники короля потеряли своего предводителя. Влияние антикороля Германа фон Зальма не распространялось теперь дальше границ Саксонии. Тем временем в низших слоях народа все сильнее ощущалось желание мира. Это приняла во внимание церковь, провозгласив Божий мир в отдельных диоцезах, таких как Люттих (Льеж) (1082 год) и Кёльн (1083 год). Император также поддержал это движение за мир и в апреле 1085 года на рейхстаге в Майнце объявил Божий мир во всей империи. На этом же рейхстаге герцогу Братиславу Богемскому, который в конфликтах последних лет был важным помощником Генриха, тот лично пожаловал королевское достоинство. Затем Генрих выступил против Саксонии — центра оппозиции. Ему удалось продвинуться до Магдебурга. Антикороль вынужден был покинуть страну. Он вернулся в Лотарингию, где во время штурма одного из замков в сентябре 1088 года был смертельно ранен. Только маркграф Экберт Мейсенский, ставший теперь вождем саксонской оппозиции, на свой страх и риск продолжал еще некоторое время борьбу против короля. За это он был подвергнут имперской опале и вероломно убит в 1090 году. Так была побеждена немецкая оппозиция. Уже в 1087 году Генрих короновал в Ахене своего сына Конрада в качестве германского короля. Через два года он заключил второй брак с Евпраксией — дочерью русского князя и вдовой маркграфа Северной марки Генриха.

Император считал себя теперь достаточно сильным, чтобы возобновить борьбу с реформаторским папством в Италии и устранить раскол. В 1090 году он вновь решил отправиться в Италию. Здесь для императора снова складывалась опасная ситуация, поэтому его вмешательство в итальянские дела было необходимым. Уже в 1089 году благодаря удачной дипломатии Урбана II состоялся брак между семнадцатилетним Вельфом (V), сыном смещенного баварского герцога Вельфа IV, и сорокатрехлетней Матильдой Тусцийской. Этот союз вновь провоцировал угрозу коалиции южнонемецких и итальянских противников императора.

Действия Генриха IV в Италии первое время носили успешный характер. Урбан вынужден был искать убежища у норманнов, а в Рим снова вернулся Виберт. Борьба с Матильдой и ее вассалами также протекала сначала удачно. Только под Каноссой в 1092 году император потерпел поражение. Теперь и в Ломбардии против него поднялась оппозиция. Города Милан, Кремона, Лоди и Пьяченца, где все сильнее проявлялось стремление бюргерства к самостоятельности, заключили союз против императора. Роковым стал мятеж его сына Конрада, который в 1093 году перешел на сторону папистов и в Милане был возведен на трон короля Италии. Так как его признали по всей Ломбардии и на его сторону встал Вельф IV, император почувствовал себя отрезанным от Германии. Он вынужден был вернуться в Венецию, где в последующие годы его власть ограничивалась районом Падуи и Вероны. Не менее тяжелым для него было предательство его второй супруги Евпраксии, которая также перешла в лагерь его противников и утверждала, что император якобы хотел склонить ее некогда к супружеской измене.