Лишь летом 1127 года Лотарь смог возобновить борьбу против Штауфенов, осадив Нюрнберг, один из их опорных пунктов. Несмотря на поддержку нового герцога Баварии, зятя Лотаря Генриха Гордого, ему не удалось завоевать город. Эта неудача короля стала для штауфеновской партии поводом, чтобы избрать в декабре 1127 года в Нюрнберге антикоролем Конрада, младшего брата герцога Фридриха Швабского. Хотя Конрад был отлучен от церкви папой и немецкими епископами, он отправился в 1128 году в Италию, чтобы завладеть достоянием Матильды и тем самым обеспечить крепкую основу для своей власти. Здесь у него обнаружились приверженцы, и в Монце он был даже возведен миланским архиепископом на трон итальянского короля. Однако Конрад не добился своей главной цели — получить владения Матильды. В 1130 году он вынужден был ни с чем вернуться в Германию, где, между тем, ситуация изменилась. В декабре 1129 года пал Шпейер, осенью следующего года после долгой осады в руки Лотаря перешел и Нюрнберг.

Во время этого конфликта со Штауфенами Лотарь также вмешался в приграничные отношения на юго-западе и северо-западе империи. После смерти верхнебургундского графа Вильгельма (1127 год) права на господство в Бургундии он передал Конраду фон Церингену, которого хотел привлечь на свою сторону в конфликте со Штауфенами. В споре домов Брабанта и Лимбурга за герцогство Нижняя Лотарингия он встал на сторону Вальрама Лимбургского. Этим конфликтом был окончательно закреплен распад Нижней Лотарингии на герцогства Брабант и Лимбург. В Саксонии, собственном герцогстве Лотаря, после смерти маркграфа Генриха фон Штаде началась борьба за Северную марку. Альбрехт Медведь, который был среди противников Лотаря, потерял из-за этого в 1131 году Восточную марку. Опорой королевской власти в Восточной Саксонии стал Норберт фон Ксантен, которому в 1126 году Лотарь передал архиепископство Магдебург.

Еще во время выборов папы Гонория II отчетливо проявились трения в коллегии кардиналов. Они обострились еще и из-за противостояния двух знатных родов Пьерлеони и Франджипани, которые в то время занимали в Риме ведущие позициии. Со времен Николая II Пьерлеони, евреи по происхождению, оказывали в Риме финансовую помощь реформаторскому папству. Петр (Пьетро), один из представителей этого рода, стал в начале XII века монахом в Клюни, а позже, при Пасхалии II, кардиналом. Франджипани, несмотря на противостояние с Пьерлеони, также поддерживали реформаторов.

После смерти папы Гонория (14 февраля 1130 года) эти противоречия нашли публичное выражение. Ещё в день смерти папы группа по преимуществу молодых кардиналов, представителей новых религиозных устремлений, предводителем которой выступил канцлер Хаймерих, спешно избрала папой Иннокентием II кардинала Григория (Грегорио) Сан-Анджельского, в то время как папой Анаклетом II, правда, лишь незначительным большинством, был избран Пьетро Пьерлеони. Анаклет нашел в Риме повсеместное признание, в то время как Иннокентию удалось продержаться в Риме лишь недолгое время, и в итоге он вынужден был покинуть город, отправившись за помощью во Францию.

Вопрос о том, кто из них является законным папой, решала вся Западная Европа. Оба папы старались повсюду добиться своего признания, в особенности пытаясь заручиться поддержкой Лотаря. Пока тот колебался, Франция, а вскоре после этого и Англия под влиянием Бернара Клервоского встали на сторону Иннокентия II. Так же поступили ордена и регулярные каноники, из чьих кругов он вышел. Анаклет II, напротив, нашел помощь не только во многих областях Северной и Средней Италии, но и у норманнов. Внутри норманнского мира в последние годы полностью изменилось соотношение сил. Графа Рожера I Сицилийского после его смерти (1101 год) сменил, сначала при регентском правлении своей матери, его юный сын Рожер II, одна из самых значительных царствующих особ того времени. Такому подъему Сицилийской династии благоприятствовало то, что в 1125 году на материке прекратил свое существование род Роберта Гвискара. В результате Рожеру II удалось завоевать Апулию. Гонорий II был вынужден признать его в 1128 году герцогом и передать ему Апулию в ленное владение. Тогда Анаклет, чтобы заручиться помощью Рожера, встретился с ним, объявил его владения Апулию, Калабрию и Сицилию королевством и передал его тому в лен (сентябрь ИЗО года). Рожер признал Анаклета папой и обещал свою помощь, но за это папа должен был также подтвердить господство нового короля над областями Капуи и Неаполя и признать за ним широкие права в отношении церкви Сицилии. С этого момента основания южноитальянско-сицилийского королевства норманны стали определяющим фактором господства над Средиземноморьем.

Спустя несколько недель (октябрь 1130 года) на синоде в Вюрцбурге Лотарем и немецкой церковью было вынесено решение по вопросу папского избрания. Король и синод под определяющим влиянием архиепископа Норберта высказались в пользу Иннокентия II. На встрече папы и короля в Люттихе в марте 1131 года присутствовал также Бернар Клервоский. Там в момент прибытия папы Лотарь оказал ему особые почести, не только в качестве конюшего проведя его коня под уздцы, но и держа ему стремя, как маршал — поступок, который можно было расценить как признание себя вассалом папы. Лотарь обещал сопровождать папу обратно в Рим, но за это потребовал оказать ему ответную услугу. Он обратил внимание папы на то, чего лишилась его королевская власть, отказавшись от инвеституры, и поэтому потребовал вернуть ему право на инвеституру. Однако под воздействием красноречия Бернара Лотарь вновь отказался от попытки вернуться к тому правовому статусу, который существовал до Вормсского конкордата.

Проблемы внутреннего положения в Германии помешали проведению римского похода в том же году. Только в конце лета 1132 года Лотарю удалось с относительно небольшим войском отправиться на юг. Здесь ситуация для Иннокентия была более благоприятной. Рожер II был так занят изматывающими мятежами внутри своей империи, прежде всего борьбой с князьями Робертом Капуанским и Райнульфом Алифским, что не смог оказать действенной помощи Анаклету II. В Северной Италии Лотарь получил признание лишь у небольшой части городов. Несмотря на это, в начале 1133 года он отправился с Иннокентием II дальше на юг, чтобы возвести его на папский престол в Риме. Однако он смог взять под контроль лишь часть города, не сумев овладеть собором св. Петра и Городом Льва. Это создало новые сложности для возведения его на императорский трон. Только 4 апреля 1133 года Лотарь и Рихенца были коронованы в Латеране.

Во время переговоров о коронации Лотарь повторил свое требование восстановить его прежнее право на инвеституру, выдвинутое еще в Люттихе. Его претензия вновь вызвала сопротивление, на этот раз прежде всего Норберта Магдебургского. Однако взамен император добился не только общего подтверждения «debitae et canonicae consuetudines», но и в первую очередь содержательного разъяснения, что в будущем каждый избранный перед вступлением в должность должен запрашивать королевскую инвеституру регалиями. Норберт настоял на том, чтобы папа отдал в подчинение его Магдебургскому архиепископству обещанные еще Оттоном Великим области на Востоке, а именно Померанию и Польшу. Однако это подтверждение старых Магдебургских притязаний не имело реальной значимости. Было уже невозможно лишить польскую церковь ее самостоятельности. Столь же мало значило и подтверждение епархиальных прав Гамбургского архиепископа Адальберо в Скандинавии. Основанное в 1103–1104 годах датское архиепископство Лунд было сохранено.

Особенно важным предметом переговоров был непроясненный в результате второго римского похода Генриха V вопрос о владениях Матильды. Было найдено следующее решение: Лотарь признавал собственническое право Римской церкви, но взамен возвращал себе владения с выплатой ежегодной подати в 100 фунтов серебра. Однако формальная передача папой этих владений в лен все же не состоялась. Иннокентий наделил Лотаря только инвеститурой с духовным символом кольца, зато была достигнута договоренность о том, что зять Лотаря Генрих Гордый, к которому в будущем перейдут эти владения, должен принести папе ленную клятву. Приобретение этих обширных владений означало существенное расширение власти императора и Вельфов, которые теперь наряду с прежним родовым владением Эсте добились создания в Италии новой территориальной базы. Еще при Иннокентии II события императорской коронации были запечатлены одной из трех сохранившихся в Латеране живописных сцен, которая наглядно отражала лишь более высокий статус папы. Однако благодаря сопровождающей картину надписи «Rex venit ante fores iurans prius urbis honores, / post homo fit papae, sumit quo dante coronam» («Король приходит, присягая сначала перед входом чести города, / после чего становится человеком папы, от которого принимает корону») должно было возникать впечатление, будто бы Лотарь во время своей коронации стал вассалом папы. Между тем его дальнейший образ действий показывает, что он ни в коем случае не был готов признать притязания курии на верховную власть. Его невозможно было сподвигнуть на военные действия против Рожера. Вскоре после коронации Лотарь вернулся в Германию. Хотя в сентябре 1133 года на рейхстаге в Вюрцбурге он и признал избрание нового епископа Регенсбурга, получившего свое место без королевской инвеституры регалиями, король ясно дал понять, что решительным образом не одобряет эту процедуру.