Осенью 1163 года Фридрих I вернулся в Италию. Собрав военные силы Северной Италии, он хотел напасть на Рим и Сицилию. Начало похода было назначено на 1 мая 1164 года, однако он не состоялся. За несколько дней до этого, 20 апреля, в Лукке умер Виктор IV. Его скоропостижная смерть давала возможность покончить со схизмой. Но Райнальд фон Дассель, не дожидаясь решения императора, распорядился, чтобы преданные императору кардиналы уже через два дня после смерти Виктора избрали нового антипапу, Пасхалия III. Фридрих одобрил действия Райнальда задним числом. И все же новый папа был признан только частью сторонников Виктора. Партия Александра с этого времени все больше укрепляла свои позиции в Германии, Конрад Майнцский открыто встал на ее сторону. В самой Италии положение императора осложнялось тем, что Венеция, которая воспринимала могущество императора в Северной Италии как угрозу, организовала сопротивление ему и заключила против него союз с Вероной, Виченцей и Падуей. Только серьезные уступки другим городам давали Фридриху возможность воспрепятствовать расширению этого Веронского союза. Попытка императора подавить сопротивление силой оружия оказалась тщетной. Осенью 1164 года он вернулся ни с чем в Германию, чтобы снова начать здесь приготовления к борьбе со своими противниками в Италии.

Если поход императора в Италию не принес ожидавшегося военного успеха, то в начале 1165 года благодаря церковному конфликту в Англии появилась возможность прорвать вражеский фронт новой дипломатической акцией и привлечь на сторону империи Англию. В январе 1164 года король Генрих II пожелал восстановить с помощью Кларендонских конституций правовое главенство английской короны над духовенством, прежде всего в судебных вопросах. Томас Бекет, в бытность канцлером, поддерживавший политику короля по отношению к английской церкви, со времени своего возведения в сан архиепископа Кентерберийского (1162 год) стал самым ярым поборником церковной самостоятельности. Он отказался признавать Кларендонские конституции, вынужден был покинуть Англию и нашел прибежище во Франции. Александр III, к чьей помощи он взывал, занял неопределенную позицию. Однако он старался не принимать открыто сторону архиепископа, чтобы избежать разрыва с английским королем. Тем не менее, тот английский церковный конфликт неизбежно вел к охлаждению отношений между папой и Генрихом II. В этой ситуации в апреле 1165 года Райнальд фон Дассель в качестве императорского посланника отправился ко двору Генриха II в Руан, чтобы провести переговоры о создании союза между империей и Англией. Условились о двойном германо-английском супружеском союзе: Матильда, старшая дочь Генриха II, должна была выйти замуж за Генриха Льва, который еще в 1162 году развелся со своей супругой Клеменцией. Другая дочь английского короля, Элеонора, была помолвлена со старшим сыном императора, которому в то время не исполнилось и года. Генрих II дал согласие на признание императорского папы и отправил посольство на рейхстаг, который Фридрих проводил в мае 1165 года в Вюрцбурге.

Под впечатлением этого нового внешнеполитического успеха Фридрих решил, несмотря на сильную оппозицию среди духовенства, принять на рейхстаге в Вюрцбурге серьезные меры. Все присутствующие клятвенно обязывались никогда не признавать Александра или другого папу, избранного его сторонниками. Сам император принес такую клятву, равно как и светские князья во главе с Генрихом Львом, в то время как многие представители духовных князей отказались это сделать. Английские посланники также представили соответствующее заявление от имени своего короля. Было решено осуществить принесение этой клятвы по всей империи в течение шести недель. Тот, кто отказывался от принесения клятвы, лишался своих должностей, ленов и имущества.

Вюрцбургские решения проводились со всей строгостью. Архиепископ Конрад Майнцский как сторонник Александра был смещен с должности, на его место был возведен королевский канцлер Христиан фон Бух, который с 1164 года, будучи легатом императора в Италии, успешно проводил его политику. Из-за нежелания выполнять Вюрцбургские решения попал в опалу и новый зальцбургский архиепископ Конрад. Выражением этой новой политики Барбароссы было также то, что он 29 декабря 1165 года в Ахене торжественно поднял из гробницы мощи Карла Великого и с согласия антипапы повелел объявить его святым. Одновременно этот акт должен был стать политической демонстрацией, направленной против Франции, союзницы Александра. Союз с Англией при этом не принес ощутимой пользы. Генрих II не решился на полный разрыв с Александром, а использовал соглашения с императором только как средство давления на курию в английском церковном конфликте.

Александр III, положение которого во Франции из-за новых противоречий между Англией и Францией стало слишком неустойчивым, в 1165 году снова отправился в Италию. Там вновь следовало искать решение в борьбе против него. После смерти Вильгельма I (1166 год) его основной опорой по-прежнему оставались норманны под регентским правлением, назначенным на время несовершеннолетия Вильгельма II. Снова стали интенсивно вестись и переговоры с Византией. Мануил I возобновил свой прежний план создания большой коалиции против Фридриха I. Мануил должен был получить Сицилию благодаря браку юного короля Вильгельма со своей дочерью. Папе он предложил союз восточной церкви с западной, в случае если Александр признает его единственным императором. Вновь завязались дипломатические отношения с Людовиком VII. Впрочем, после длительных переговоров эти широко задуманные планы создания коалиции не увенчались успехом. Александр не мог согласиться на такую уступку, которая нарушала вековую западную традицию. Франция и Сицилия тоже не приняли предложения Мануила о создании союза.

Ввиду дипломатической активности своих противников Фридрих вынужден был попытаться как можно скорее добиться решения проблемы на итальянской земле. Осенью 1166 года с большим войском, при котором впервые состояли проверенные в бою наемники из Брабанта, так называемые брабанзоны, он отправился разными дорогами в Италию. После хофтага в Лоди, на котором прозвучали жалобы на налоговый пресс и жестокое управление императорских подеста, император весной 1167 года двинулся дальше на юг. В походе ему удалось покорить после многонедельной осады союзную грекам Анкону. Другое немецкое войско под предводительством Райнальда фон Дасселя и Христиана Майнцского двинулось прямо на Рим и 29 мая при Тускулуме одержало блестящую победу над римлянами. Когда перед воротами Рима появился сам император, ему удалось в конце июля после ожесточенных боев завоевать Город Льва и завладеть в результате церковью св. Петра. Пасхалий III был торжественно возведен на папский престол и венчал на императорский трон супругу Фридриха Беатрису (1 августа 1167 года). Александр вынужден был спасаться из Рима бегством. Казалось, что Фридрих находится на вершине своей власти.

Через несколько дней в расположенном лагерем перед воротами Рима немецком войске разразилась ужасная катастрофа. Внезапный ливень после палящей августовской жары вызвал эпидемию малярии, которая за короткое время нанесло тяжелейший урон войску. Более 2000 рыцарей пали жертвой болезни, среди них Райнальд фон Дассель, племянник Барбароссы Фридрих, герцог Швабский, а также Вельф VII, юный сын Вельфа VI, и ряд епископов. Заболел и сам император Фридрих. С большим трудом ему удалось вывести остатки своего войска на север. План похода против норманнов потерпел полный крах. Последствием этой катастрофы, которая сторонниками Александра воспринималась как Божья кара, был всеобщий мятеж в Ломбардии. Уже весной некоторые города объединились в союз против императора. 1 декабря этот союз, к которому присоединился и Веронский союз, расширился до Ломбардского союза городов. Уже тогда он включал в себя 16 городов, а в дальнейшем еще увеличился. Его целью было устранение немецкого господства и восстановление старых городских свобод. Император объявил союзу опалу, но не был достаточно силен, чтобы ее осуществить. Только в 1168 году с большими трудностями он добрался через Бургундию до Германии. Тем временем Ломбардский союз смог еще более усилить свою власть. Милан вернул свою прежнюю территорию, была восстановлена и Тортона. Кроме того, в мае 1168 года западнее Тортоны была основана крепость союза, названная в честь папы Алессандрией. Италия была потеряна для императора. Также в Северной Италии в последующие годы все большее влияние получал византийский император.