Во время этого столкновения с Византией появились два небольших сочинения «De s. Romana ecclesia» («О св. Римской церкви»), ставших призывами к единству церкви под главенством Рима, города апостолов-мучеников Петра и Павла: папа ощущал свою высокую ответственность именно как преемник Петра. Возможно, эти сочинения были написаны Львом IX, может быть — кардиналом Гумбертом, самым активным его советником и помощником («государственным секретарем»), который предпочел разрыв с Византией, проведя в 1050 году отлучение от церкви Беренгария Турского из-за его символического толкования евхаристии, отвергая, хотя и иначе, чем Петр Дамиани, всякое рукоположение в сан симониан (даже ставших ими не по собственной вине) и расценивая симонию как ересь. Он стал кардиналом-епископом в Сильва-Кандиде, а в 1050 году — архиепископом всей Сицилии.
В это время появилась, видимо, первая правовая книга римской курии, «Diversorum sententiae patrum» («Сентенции различных отцов»), или «Collectio LXXIV titulorum» («Собрание семидесяти четырех титулов»). Она основывается на положении Лжеисидоровых декреталий о том, что главой духовной иерархии является папа. В качестве предпосылок и условий проведения реформы утверждались права членов иерархии, например иммунитет епископов. От будущих универсалистских притязаний Григория VII Лев IX еще далек.
Почтительным обхождением со Львом в Беневенте норманны положили начало последующей тесной связи с папством, которая содействовала их легализации, а тем самым и утверждению их власти — но только не в помыслах Льва, вернувшегося в Рим больным и скончавшегося там 19 апреля 1054 года. Римскому посольству под руководством субдиакона Гильдебранда император сообщил о возведении в папы еще одного имперского епископа, своего канцлера Гебхарда Эйхштеттского, который 16 апреля 1055 года занял Святой престол под именем Виктора II. Он вместе со своими легатами продолжил деятельность по очищению церкви и борьбу против симонии. Император передал ему герцогство Сполето и маркграфство Фермо, при этом, видимо, учитывались также более ранние папские права. В результате уже расширенная вокруг Беневента область папской власти, воспринимаемая императором как пограничная марка империи, представляла собой силу, направленную и против норманнов, и против дома Каносса. Это стало актуальным, когда в 1054 году Готфрид Лотарингский без ведома императора сочетался браком с Беатрисой, вдовой Бонифация, владетеля Тусции и Каноссы. Из-за этого его брат Фридрих лишился должности римского канцлера и вынужден был укрыться в монастыре. С восстановленным в правах князем Беневента Виктор II поддерживал дружеские отношения. В будущем ими планировалось совместное выступление против норманнов. Император Генрих, по-видимому, ради совместных действий против венгров, установил связи с византийской императрицей Феодорой, унаследовавшей в 1055 году престол Константина. Однако из-за частой смены царствующих особ в Византии эти, невзирая на схизму, еще не замутненные расколом политические отношения не принесли своего результата.
Весной 1055 года император отправился в Италию во второй раз. Вместе с папой и 120 епископами он провел собор во Флоренции, на котором папа запретил отчуждение церковного имущества и призвал некоторых епископов к ответу за симонию и нарушение целибата. Император и папа оставались вместе до конца года. В планах Генриха оставалось утверждение его власти над домом Каносса. Готфрид бежал в Германию, плененных Беатрису и ее дочь Матильду император увел с собой. Он и уполномоченные им посланцы во многих местах вершили свой суд. Благодаря первым городским привилегиям император поддержал города в борьбе против высшей знати и тем самым привлек их на свою сторону. Их поддержкой впоследствии пользовался и Генрих IV. Важные связи император установил благодаря помолвке своего сына с Бертой, дочерью графа Туринского. Теперь эта помолвка оказалась более важной, чем обручение сына с дочерью зарубежного князя.
В то же время именно Генрих III, осознавая высокое положение своей империи, поддерживал отношения со многими иностранными властителями вплоть до Киева. Правда, при последней встрече с Генрихом I Французским в 1056 году дело дошло до жестокой ссоры, так что король тайно покинул Ивуа. Принятием уже в грамотах 1040 года титула «Rex Romanorum» («король римлян») Генрих, еще будучи германским королем, выдвигает претензии на императорскую власть. Римляне связывают с этим императором новые надежды на обновление империи. Воспитанному как будущий властелин, сведущему в латыни императору посвящаются сочинения, его прославляют стихи. Бесценные рукописи, заказчиком которых он выступает, продолжают традицию оттоновских времен, поскольку в державе Оттона I он видит высшее совершенство.
На Рождество князья должны были принести присягу на верность его родившемуся 11 ноября 1050 года еще не крещеному сыну. Осенью 1053 года в Трибуре мальчик был избран королем и признан наследником отца со знаменательной оговоркой: «si rector iustus futurus esset» («в случае, если покажет себя справедливым правителем», как свидетельствует Герман фон Рейхенау). Императрица Агнесса, почти всегда упоминаемая вместе с императором, в самостоятельной роли не выступала, в том же духе поддерживая и деятельность императора по обновлению церкви.
Причиной специальной оговорки князей было их недовольство отказом императора от провозглашенных им ранее «iustitia, pax, pietas, divinus amor» («справедливости, мира, благочестия, любви к Богу»). Многочисленные конфискации свидетельствуют о сопротивлении и его суровому правлению, и, по-видимому, излишнему предпочтению, которое он оказывал духовенству. Епископ Гебхард Регенсбургский и герцог Вельф Каринтийский покинули императора в 1055 году и вступили в связь со смещенным баварским герцогом Конрадом. Их заговор завершился без борьбы — смертью Конрада и Вельфа, пленением Гебхарда и процессом против него и других баварских магнатов. С его единственным истинным врагом, герцогом Готфридом, незадолго до смерти императора наметилось примирение. Генрих III скончался 5 октября 1056 года в саксонском пфальце Бодфельд. Умирая, он вверил сына и империю папе Виктору II. 28 октября, в свой 39-й день рождения, император был погребен в Шпейере. Сердце его покоится в Госларе. После успешного правления Конрада II Генриху в первые же годы удалось укрепить свой сюзеренитет над Богемией и распространить его на Венгрию. Уже синод в Сутри, а не только его императорская коронация, показывают Генриха подлинным властелином христианского Запада. Весь трагизм в том, что он не смог осуществить своего стремления к миру. Напротив, строгость, может быть, даже жестокость его натуры навлекали на него вражду, и именно его борьба за чистоту церкви, поддержанная высочайшим папским авторитетом, уже в правление его сына привела к конфликту между императорской и папской властью. Его преждевременная смерть оказалась роковой для империи. В правление Генриха III история раннего средневековья достигла своей вершины: империя была утверждена изнутри и извне, границы ее были защищены. Княжеские мятежи как проявления борьбы за власть были направлены именно против сильного властителя. Прежде чем мир распался на духовную и мирскую сферы, Генриху III удалось достичь претворения в жизнь Imperium christianum как единства, одинаково понимаемого и императором, и палой.
В этом смысле смерть Генриха III означает конец развития, тот момент, когда в Германии приобретают влияние и значение новые силы. Оба первых Салия усиливали позиции министериалов, служилой знати ради охраны своей власти от притязаний высшей аристократии. Также и города, которые развивались под защитой епископата, начинают организовывать свою собственную жизнь. Свободные бюргеры, купцы воспринимают охраняющую руку городского сеньора как бремя, как ущемление своей свободы. В Вормсе и Кельне в последующие десятилетия дело доходит до первых восстаний против епископа и архиепископа. Вплоть до этого времени хронисты описывали преимущественно деяния императоров и королей, пап, духовных и светских князей. Получение аббатского или епископского сана не аристократом все еще было редкостью. И если применительно к предыдущему периоду историкам сложно узнать, как протекала жизнь в среде этого тонкого высшего слоя, то теперь ситуация меняется. В мощных столкновениях последующих десятилетий — как между императором и папой, так и между императором и князьями — решающее участие принимают министериалы и горожане.