Казалось, все препятствия преодолены и можно было собираться в путь, но… в России не оказалось двух кораблей, годных для подобного длительного путешествия. Поручили Лисянскому выехать в Лондон, где он приобрел два, небольших корабля — «Леандр» в 450 тонн, с 16 пушками, и «Темзу» в 370 тонн, с 14 пушками. Корабли были переименованы — первый в «Надежду», второй в «Неву».

Оба корабля пришли в Кронштадт только 5 июня 1803 года, и сразу же начались приготовления по погрузке всего необходимого на суда. Команды кораблей и офицеры были уже подобраны Крузенштерном и Лисянским. Нужно было только загрузить их трюмы и начать первое в русской истории кругосветное путешествие. Неожиданно в планах экспедиции произошли большие перемены. Император Александр решил воспользоваться экспедицией, чтобы отправить в Японию посольство, которое должно было открыть, наконец, двери этой страны. Как мы уже знаем выбор его пал на Резанова.

Таким образом Резанову теперь поручалось возглавить экспедицию, а Крузенштерну и Лисянскому надлежало только командовать кораблями и руководить чисто морской частью экспедиции.

Казалось, ничего странного в этих изменениях не было, принимая во внимание тот факт, что Резанов был в высоких чинах — его звание действительного статского советника было генеральским чином. Но эта перемена в руководстве экспедицией глубоко задела самолюбие Крузенштерна, много и давно думавшего об этой экспедиции и вполне резонно предполагавшего, что именно ему будет поручено возглавить ее. Во всяком случае в своих последующих поступках и действиях во время кругосветного путешествия Крузенштерн вел себя, как единоличный глава экспедиции, совершенно не считаясь ни с мнениями, ни с приказаниями Резанова. Было ли в его действиях сознательное нежелание не понимать содержания новых инструкций, данных ему перед отплытием, или он просто не понимал их!? Скорее же всего, он попросту не хотел подчиняться человеку штатскому, даже если тот и был камергером двора и в генеральском чине.

Однако оставалось неопровержимым то, что они оба, и Резанов, и Крузенштерн, каждый считал себя главой экспедиции — и все это привело к очень неприятным поступкам со стороны Крузенштерна в продолжении всего путешествия. Иногда эти отношения переходили все допустимые пределы.

Через несколько лет, уже после своего возвращения в Петербург, обиженный и оскорбленный Крузенштерн писал в своих воспоминаниях о Резанове в таких тонах:

«… Резанов, ТОТ САМЫЙ, который затем отправился с нами посланником в Японию… Резанов был женат на дочери Шелихова, за которую получил знатное имение, состоявшее в акциях компании… Его деятельность и многие связи переменили обстоятельства и возбудили в государе благорасположение к торговому сему сообществу настолько, что он… утвердил в 1799 году компанию и даровал ей многие преимущества».

Интересно также вступление к книге капитан-лейтенанта Ю. Ф. Лисянского, командовавшего во время путешествия кораблем «Нева». Вступление было написано Н. В. Думитрашко. Он прямо пишет, что: «…следует отметить, что в организации руководства экспедицией была допущена некоторая неточность. Хотя командиром «Надежды» и начальником экспедиции по морскому ведомству числился Крузенштерн, но в инструкции, переданной Александром I русскому послу в Японии Н. П. Резанову он назывался главным начальником экспедиции…»

Все это, конечно и было главной причиной неприязненного отношения Крузенштерна к Резанову. Он не раз писал в правление Российско-Американской компании, что «он призван по высочайшему повелению командовать над экспедицией и что оная вверена Резанову без его ведения, но что он никогда бы не согласился, что должность его — не состоит только в том, чтобы смотреть за парусами…»

Тем не менее Крузенштерн вроде бы смирился со своей новой ролью и энергично готовил корабли к трудному и небывалому для русских моряков походу вокруг света. В первый раз в истории русский флаг должен будет появиться в водах Южного полушария, на юг от экватора. Резанов, со своей стороны, также деятельно готовился к своей ответственной миссии. Для большей помпы при посещении Японии ему была Придана довольно внушительная свита.

К его свите были причислены: майор Ермолай Фредериций, гвардии поручик Федор Толстой, надворный советник Федор Фос, а кроме того, доктор медицины и ботаник Бринкин и для увековечения мест, которые экспедиция предполагала посетить, в свиту камергера Резанова был включен живописец С. Курляндцев.

Крузенштерн 6 июля (24 июня) 1803 года вывел корабли на кронштадтский рейд, куда в тот же день прибыл Резанов со своей свитой. Крузенштерн пришел в ужас, когда увидел всю эту массу людей, а кроме того, и весь их багаж. Еще задолго до этого он уже произвел большие перемены в загрузке корабля. Пришлось многое из провизии и других необходимых припасов снять, чтобы освободить место для многочисленных подарков, которые Резанов вез в Японию от имени русского императора.

С приездом же свиты посланника с ее багажом нужно было опять что-то выгружать, чтобы найти место для добавочного груза — все это только подливало масло в огонь раздраженного недовольства кругосветного путешественника.

На другой день по выходе корабля на кронштадтский рейд мореплавателей неожиданно посетил сам император Александр Павлович. Его посещение было настоящим праздником для офицеров и команды обоих кораблей.

Александр был необыкновенно любезен, внимательно вникал во все подробности приготовлений и перед отъездом с корабля очень милостиво распрощался в Резановым.

— Я уверен, что возглавляемая вами экспедиция, Николай Петрович, увенчается полным успехом. Ваш опыт, ваши дипломатические способности являются полнейшей гарантией успеха вашего предприятия…

Крузенштерна, стоявшего неподалеку, заметно передернуло, когда он услышал слова государя, который обратился к Резанову и сказал о «возглавляемой им экспедиции», но он промолчал.

Государь отбыл под грохот корабельных пушек, которым вторили батареи кронштадтской крепости. Флаги расцвечивания на кораблях празднично трепетали под порывами свежего морского ветра… Солнце сверкало, и все обещало безоблачное путешествие.

С отъездом государя опять начались будни приготовлений. Как Крузенштерну, так и Лисянскому нужно было где-то разместить не только своих офицеров, но и причисленных к кораблям штатских — ученых, многие из которых были довольно известны в мире науки.

Помощниками капитан-лейтенанта Крузенштерна на «Надежде» были лейтенанты Ратманов, Ромберг, Головачев и Левенштерн. Особенно интересны были младшие офицеры — мичман Фаддей Беллинсгаузен, впоследствии снискавший славу своими исследованиями в районе Антарктики, и два кадета по фамилии Кацебу, один из которых — Отто Кацебу впоследствии также прославился своими тихоокеанскими экспедициями. Штурманом на «Надежде» был Ф. Каменщиков, а подштурманом В. Сполохов. Кроме того, к кораблю был причислен артиллерийский специалист сержант артиллерии Раевский.

Так как во время экспедиции, по постановлению Академии наук, должны были производиться научные исследования, то на «Надежду» были также зачислены ученые — врач Еспенберг и его помощник Сидгам, астроном Горнер и естествоиспытатель Тилезиус. Уже во время путешествия, в Дании, к экспедиции присоединился доктор и естествоиспытатель Лангсдорф. Доктор Лангсдорф оставил большой след в делах экспедиции как спутник Резанова во время исторического путешествия камергера в Америку. Наконец, на «Надежде» был и приказчик Российско-Американской компании Федор Шемелин.

Состав «Невы», под командой капитан-лейтенанта Лисянского, был значительно меньше — да и корабль был меньшего размера. Помощниками Лисянского были два лейтенанта П. Арбузов и П. Повалишин и два мичмана Ф. Коведяев и Василий Бер. Штурманом был назначен Д. Калинин. Из штатских на корабле были только доктор медицины М. Лабанд и доверенный Российско-Американской компании приказчик Коробицын. На корабле также был иеромонах Гедеон, считавшийся членом посольства Резанова.