От отца Макария уехавшего на западные Алеутские острова тоже не приходило никаких вестей и никто не знал, был ли он еще жив, или его постигла судьба Ювеналия. Оказалось, что отец Макарий, особенно ненавидевший Баранова, умышленно избрал западные Алеутские острова ареной своей проповеди Евангелия среди туземцев. У него была задняя мысль — каким-то образом перебраться на материк сибирский и пожаловаться властям на безобразное обращение Баранова со служителями церкви и с его подчиненными вообще.

На одном из островов он встретился с конкурентом Шелиховской компании купцом Киселевым, ненавидевшим компанию, которая явно стала пользоваться расположением правительства. Киселев уступил просьбам Макария и переправил его на материк на одном из своих кораблей. Обо всем этом архимандрит Иоасаф узнал только после своего прибытия в Иркутск. Таким образом, из восьми миссионеров на Кадьяке осталось у Баранова только четверо в ожидании возвращения Иоасафа уже в епископском звании. Инок Ювеналий стал первым мучеником православной церкви на американской земле.

Отец Макарий, добравшись до Охотска, подал жалобы на Баранова и вообще на Шелиховскую компанию местному охотскому начальству и в подтверждение своих обвинений демонстрировал несколько алеутов, которых он привез с собой и которые якобы пострадали от Баранова. Не получив никакого удовлетворения, он выехал в Якутск и оттуда стал писать письма и высшим духовным властям, и правительственным учреждениям в Петербурге с жалобами на жестокость Баранова и его служащих. В своем письме из Якутска от 5 октября 1797 года он писал:

«В 795-м году послан был на Лисьи острова к Алеутам — на судне Фениксе, куда и прибыл благополучно, будучи на островах сих до 25-го июня 1796 года, окрестил более тысячи человек островских жителей»…

Закончив перечисление своих достижений, он продолжал:

«В течение того времени столь был стеснен Шелиховой и Голиковой компании передовщиком Вологодским мещанином Кочютиным и работными их людьми, что даже оне покушались на жизнь его, единственно за то, что он защищал островитян»…

Искренне возмущен был Макарий порядками во владениях Шелиховской компании и во всем винил Баранова. В своем ослеплении от ненависти к Баранову, он собирался отправиться в Петербург со своими алеутами, чтобы лично принести жалобу на своего врага высшим властям.

В другом письме на имя Святейшего Синода из Якутска иеромонах Макарий опять жалуется на Баранова. Прошло немного времени и Макарий сумел добраться до Иркутска, а оттуда с помощью «доброжелателей» компании прибыл в Петербург, где стал обивать пороги начальствующих лиц. К счастью для компании Шелиховых, никто не обращал там особенного внимания на жалобы иеромонаха и, более того, высшие церковные власти, которым надоел непоседливый монах, выслали его обратно в Иркутск на покаяние к архимандриту Иоасафу, без чьего ведома он уезжал в столицу.

В то время как Баранов со своими людьми с нетерпением ожидал возвращения «Феникса» со столь нужными ему пищевыми припасами, события на материке стали развертываться с необычайной быстротой. В этом было что-то особенное, если принять во внимание, что до сих пор все, касавшееся дел компании, двигалось со скоростью улитки. Архимандрит Иоасаф со своим помощником иеромонахом Стефаном благополучно прибыл на «Фениксе» в Охотск и оттуда на лошадях добрались до Иркутска. В марте 1799 года в Иркутске состоялось посвящение архимандрита Иоасафа в епископский сан, был он наречен епископом Кадьякским, первым православным епископом первой в Америке православной епархии. Новопосвященный епископ Кадьякский не стал тратить времени, быстро собрался, собрал чинов своей новой миссии для усиления штата оставшихся в Кадьяке четырех миссионеров, выехал в Охотск и там, опять не теряя времени, погрузился на свой старый «Феникс» и отправился обратно в Америку. С собой он взял своих старых сотрудников: все того же горячего, страстного в своей миссионерской деятельности иеромонаха Макария и смиренного иеродиакона Стефана.

Не суждено было «Фениксу» достичь Кадьяка, где Баранов с таким нетерпением ожидал свой корабль, ожидал не столько вновь нареченного епископа, сколько трюмов, наполненных продуктами для изголодавшихся промышленных. Бедный Баранов так и не дождался «Феникса». Корабль просто-напросто исчез в пути, и никто не знал, что с ним случилось. Вместе с кораблем погибло восемьдесят восемь человек команды и пассажиров, среди которых был епископ Иоасаф, ехавший к месту своего служения. Баранов все еще надеялся на лучшее. Целый год он ждал корабль, думая, что тот задержался где-нибудь в гавани, но потом охотники и алеуты стали находить предметы, выброшенные волнами на берег. Эти вещи могли быть только с «Феникса». Там были свечи, воск и другие предметы из церковной утвари. Биограф духовной миссии так описывает гибель корабля:

«Из того, что близ острова Кадьяка морские волны не раз выбрасывали свечи, воск и обломки разных вещей, имевших церковное назначение, можно полагать, что гибель «Феникса» и его пассажиров произошла у самой цели плавания. Вместе с епископом погибли известный миссионер иеромонах Макарий и иеродиакон Стефан. Между погибшими был архиерейский певчий, брат знаменитого американского миссионера на острове Уналашке Иннокентия (Вениаминова), впоследствии епископа Камчатского, а затем митрополита Московского. Вероятно, тогда же погиб переводчик Прянишников».

Кроме вещей, выброшенных морем на Кадьяк, были получены сообщения о подобных же находках у Бобровой бухты и даже на далеком острове Ситка.

Но Баранов не сдавался. Он стал подумывать о том, чтобы отправить в Охотск одно из крошечных суденышек, построенных им самим, благо у него теперь было четыре специалиста-морехода, присланных компанией ему в помощь в последний рейс «Феникса». С мореходами, однако, дела не ладились. Те не могли представить себе, чтобы они, люди благородного звания, подчинялись какой-то черной кости, купчишке третьеразрядному. Особенно несговорчив был молодой мореход, штурман Талин, наотрез отказавшийся подчиняться приказаниям Баранова. Даже непонятно, зачем, в сущности, он приехал на Кадьяк.

Год 1799-й оказался суровым для Баранова, и все несчастья, обрушившиеся на него в этот год, сломили бы волю и решимость любого человека, но только не Баранова. С каждым известием о новом несчастье он свирепел, сжимал кулаки и, казалось, бросал вызов стихии:

— Не таковские, небось не сдадим!

Получая все больше доказательств гибели «Феникса», Баранов неожиданно узнал, что штурман Талин, ослушавшийся его приказаний, потерял другое небольшое компанейское судно «Северный Орел» У острова Сукли, на котором было мехов на 22 тысячи рублей. Сам Талин, однако, спасся.

Снова и снова, с монотонной аккуратностью приходят сообщения то о гибели группы охотников в бурном море, то о гибели корабля. Еще один корабль — «Св. Симеон и Анна» был выброшен на камни на острове Святого Павла. Судно шло с Уналашки на Прибыловы острова и там разбилось. К счастью, на этот раз люди не погибли. С потерей этих кораблей у Баранова не осталось ни одного судна, которое он смог бы послать в Охотск. Люди стали страдать от недостатка пищи, опять появилась цинга, никто уже не надеялся на прибытие нового судна в этом году. И неунывающий Баранов решился на новое предприятие — отправиться на остров Ситку и основать новое поселение с целью перевода туда главного управления компании с Кадьяка. Ситка во всех отношениях казалась лучшим местом для поселения — и климат теплее, и гавань, свободная ото льда круглый год, и рыбы больше у берегов. Единственно, что вызывало опасения — это присутствие там особенно воинственного и кровожадного племени индейцев-колошей. Но Баранов был не из пугливых. Он уже не раз сталкивался с индейцами и знал их повадки. Кроме того, он надеялся на то, что индейцы теперь будут более дружественно расположенными к нему, так как он породнился с вождем одного из племен.