Открытый вооруженный мятеж вспыхнул в январе 1863 года по поводу начавшегося рекрутского набора. Революционная партия решила начать восстание внезапною резней вроде Варфоломеевской ночи. В ночь с 10 на 11 января в различных городах и селениях Царства было сделано нападение на спящих русских солдат. Но только немногие рассеянные команды удалось мятежникам захватить врасплох. Затем шайки их, укрываясь в лесах, пытались повсюду распространить восстание и употребляли все меры устрашения, чтобы действием террора увлечь население к мятежу. Тайный революционный комитет назначал казни и рассылал повсюду убийц. Благодаря содействию духовенства и шляхты такие же шайки появились в лесах Литвы, Белоруссии и Волыни. Но в последних восстание встретило отпор со стороны крестьянского населения: будучи православным и угнетаемое ополяченными и окатоличенными помещиками, оно оказывало деятельное содействие правительству в подавлении мятежа. В самом Царстве польские крестьяне, хотя лично освобожденные от крепостной зависимости во время Наполеона, но без земли, терпели от помещиков постоянные притеснения, и теперь, несмотря на льстивые обещания, не поддавались ни обольщению, ни террору и не приняли значительного участия в мятеже. Наибольший успех он имел в юго-западном углу Царства, где шайки получали подкрепление людьми и оружием от поляков Австрийской Галиции. Но нигде они не выдержали встречи с русскими отрядами, и последние должны были постоянно разыскивать и преследовать их по лесам. С назначением наместником в Варшаву графа Берга, а в Вильну генерал-губернатором Северо-Западного края М.Н. Муравьева (брата Муравьева-Карского) борьба с мятежом получила более решительный и энергический характер. Особенно отличился своими решительными мерами и суровою расправою с бунтовщиками генерал (вскоре граф) Муравьев, так что мятеж быстро пришел к концу. В это время три великие державы, побуждаемые польскими агентами, Франция, Австрия и Англия, вздумали произвести дипломатическое вмешательство и прислали русскому правительству угрожающие ноты с требованием разных уступок в пользу поляков.

Такие дерзкие притязания руководить нашими внутренними делами вызвали сильное негодование в русском народе. От всех сословий повергнуты к стопам монарха заявления верноподданнических чувств и готовности всем жертвовать для борьбы с внешними врагами. Опираясь на такое единодушие общественного мнения, государственный канцлер князь Горчаков в своих ответных нотах энергически отверг право западных держав на какое-либо вмешательство в русско-польскую распрю. Тогда державы эти отступились от своих требований. Между тем как Австрия поощряла мятеж, иначе держала себя Пруссия. Она заключила с Россией конвенцию, направленную против мятежников (и впоследствии, во время войны с Францией, пожала обильные плоды своей дальновидной политики). К началу 1864 года польский мятеж был усмирен. В том же году 19 февраля издан высочайший манифест о наделении польских крестьян землею.

При этом им даровано участие в местном, или тминном, управлении посредством выборных войтов (старшин) и других гминных должностных лиц. (Гмина есть община, составленная из нескольких селений.) Этот мятеж вынудил правительство отменить отдельные правительственные учреждения Царства Польского, или Привислинского края. Указами 1866 года финансовое, почтовое и губернское управление этого края преобразовано на началах, общих с другими частями Российской империи, причем он разделен на 10 губерний (вместо прежних пяти). Некоторые соответственные меры были приняты и в западных русских губерниях, чтобы на будущее время предохранить русское крестьянское население от влияния польско-католической шляхты. Между прочим для усиления русского элемента в помещичьем классе повелено (указом 10 декабря 1865 года) конфискованные и секвестрованные за участие в мятеже имения в западных губерниях продавать лицам русского происхождения. Вследствие особого положения этих губерний, в которых городское население состоит большею частью из евреев и ополяченных обывателей, на них пока не были распространены реформы судебная и земская. Под предлогом уменьшить массу скопившегося там еврейства (указом 16 июля 1865 года) дозволено евреям-ремесленникам переселяться из западных губерний в другие области империи, в которых они дотоле не имели права жительства. (После того масса еврейского пролетариата под видом ремесленников начала быстро распространяться в средней и восточной части России, а в западных губерниях гнет от евреев нисколько не уменьшился. Наконец, в государственных видах необходимо было отменить остаток церковной унии, существовавшей в юго-восточной части Привислинского края и составлявшей особую Холмскую епархию. Воссоединение с православною Церковью началось в Седлецкой губернии в январе 1875 года, а за нею потом воссоединены и другие части Холмской епархии. (Но стараниями польских ксендзов и помещиков там многие русские, бывшие униаты, отпали в католичество.)

Весьма важные меры в это царствование были приняты по отношению к великому княжеству Финляндскому. В 1863 году был созван сейм из представителей всех сословий княжества (хотя он не созывался с самого присоединения Финляндии). С этого времени Финляндия начала пользоваться почти полною отдельностью от коренной России, т. е. внутренним самоуправлением с делопроизводством и преподаванием на шведском и финском языках. Она получила даже свою особую монету. А в 1879 году (при военном министре Милютине) в довершение ее привилегий по-велено приступить к образованию особого туземного войска. Из всех западных окраин империи реформы наименее коснулись трех балтийских губерний (Курляндской, Лифляндской и Эстляндской); они остались при своих местных привилегиях, которые в прежнее время были дарованы господствующему там немецкому элементу, составляющему класс помещиков и горожан. В конце царствования была упразднена должность общего для них генерал-губернатора.

Во время восточной, или крымской, войны кавказские горцы с Шамилем во главе, подстрекаемые турками и англичанами, продолжали свои враждебные действия против русских и хотя не совершили ничего замечательного, однако заставили нас держать на Кавказе большую армию и тем развлекали наши силы. По окончании крымской войны государь решил во что бы ни стало покончить эту продолжительную борьбу с хищными, непокорными племенами, — борьбу, стоившую нам постоянно много денег и людей (особенно падавших жертвами непривычного климата). Начальником Кавказского корпуса и исправляющим должность наместника назначен был князь Барятинский, уже прежде отличавшийся своими подвигами в битвах с горцами и хорошо с ними знакомый. Кавказская армия усилена новыми полками, и борьба не замедлила принять решительный оборот.

Широкие просеки, прорубленные русскими солдатами сквозь густые леса под огнем неприятелей, открыли доступ в те глухие трущобы, в которых дотоле укрывались горны. Князь Барятинский сперва устремил главные усилия на восточную часть Кавказа, где наиболее господствовала секта мюридов. Общее наступательное движение, совершавшееся по зрело обдуманному плану, скоро привело Шамиля в стесненное положение. Гордые племена отпадали от него одно за другим и изъявляли покорность. Взята была и главная его резиденция, чеченский аул Веден, после чего и весь воинственный чеченский народ покорился русскому владычеству. Шамиль бросился в Дагестан, т. е. крайнюю восточную область, прибрежную Каспийскому морю. Русские войска преследовали его неутомимо и наконец осадили в ауле Гуниб, который расположен на неприступной горе. Шамиль укрылся сюда со своим семейством и несколькими сотнями отчаянных мюридов, усилил разными укреплениями неприступность этого места и решил защищаться до последней крайности. Князь Барятинский лично руководил осадными действиями. Несмотря на целый дождь камней, сбрасываемых с вершины, русские штурмовые колонны успели в ночное время с разных сторон взобраться на гору и густою цепью окружили самый аул, в котором Шамиль и остаток мюридов засели в каменных саклях и продолжали отстреливаться. Наконец на предложение главнокомандующего прекратить бесполезную оборону и не подвергать аул всем ужасам штурма имам вышел и сдался без всяких условий, повергая свою судьбу на милосердие государя (в августе 1859 года). Он был отправлен в Петербург. Государь принял его благодушно и назначил для жительства ему с семейством город Калугу.