Поход сопровождался опустошением новгородских областей. Вместе с москвитянами шли татарские отряды, тверская дружина, и даже Псков по приказу великого князя послал войско на своего старшего брата. Новгородцы бодро вышли навстречу, но на берегах Шелони потерпели поражение от передовой московской рати, которою начальствовал князь Даниил Холмский (в июле 1471). При встрече с москвитянами конный архиепископский полк отказался от битвы по тайному наказу архиепископа Феофила. Вообще разбогатевшие новгородские граждане не отличались уже ратным духом и не могли устоять в открытом поле против опытных в военном деле московских и татарских отрядов. В числе шелонских пленников находился один из сыновей Марфы Борецкой, которого Иоанн велел казнить вместе с тремя другими боярами. Между тем Казимир IV не присылал никакой помощи, в самом Новгороде поднялась партия московских приверженцев и стала одолевать на вече враждебную сторону Борецких. Когда же от прекращения подвозов вздорожал хлеб, граждане упали духом и послали к Иоанну бить челом о мире; великий князь согласился на мир с условием, чтобы новгородцы заплатили ему 15 000 рублей.[46]

На этот раз он не уничтожил их вечевого устройства и укрепил за собою только право верховного суда. Но пока Новгород сохранял свою самостоятельность, его мирные отношения к Москве не могли быть продолжительны. Спустя шесть лет Иоанн опять рассорился с новгородцами.

В 1477 году новгородские послы приехали в Москву и назвали Иоанна «государем», тогда как прежде новгородцы называли его «господином». Послы поступили так без ведома веча (по поручению архиепископа и бояр, приверженных к Москве). Иоанн послал спросить новгородцев, «какого хотят они государства». Новгородцы подняли страшное волнение, схватили одного боярина, обвиненного в измене, изрубили его на вече топорами, убили еще двух бояр, а некоторые приверженцы Москвы спаслись бегством. Великому князю отвечали, что зовут его по-прежнему господином, а не государем, и били ему челом не нарушать старины. Но Иоанн воспользовался этим поводом, чтобы покончить с новгородским вечем.

Зимою 1478 года великий князь предпринял другой поход на Новгород с таким же многочисленным войском. На этот раз он осадил город без битвы. Московская партия, главою которой был владыка Феофил, опять взяла верх, и граждане снова просили мира. Но теперь Иоанн не хотел мириться на прежних условиях. «Хочу властвовать в Новгороде, как властвую в Москве, — сказал великий князь. — В нем не должно быть ни веча, ни посадника, а будет только моя государева воля». После многих переговоров новгородцы согласились и присягнули Иоанну как своему полновластному государю. Вечевой колокол и престарелая Марфа-посадница были отправлены в Москву. Однако волнение в Новгороде после того долго не прекращалось, потому что граждане не могли скоро забыть о своей прежней вольности. Иоанн принял самые решительные меры: он казнил зачинщиков v.смут, перевел несколько тысяч новгородских семей в восточные города, а на место их переселил купцов и детей боярских из Московской области, чем ослабил сторону, враждебную Москве, и усилил партию ее приверженцев. Кроме того, по поводу ссоры с городом Ревелем великий князь велел захватить в своих владениях до 50 ганзейских купцов, бросить их в тюрьму, а товары их отобрать в казну; торговля с Ганзою почти прекратилась, что нанесло окончательный удар благосостоянию Новгорода.

Последним тверским князем был Михаил Борисович, родственник Иоанна (по жене) и некоторое время его союзник. Но, когда Новгород был покорен, тверской князь, видя себя со всех сторон окруженным московскими владениями, начал опасаться за свою самостоятельность и думал обеспечить ее союзом с Казимиром IV. Узнав о сношениях Твери с Литвою, Иоанн объявил войну Михаилу Борисовичу; обманутый надеждою на литовскую помощь, последний не решился оружием защищать свои права и убежал в Литву (1485). Таким образом Тверь без всякого кровопролития была присоединена к Москве, а князья мелких тверских уделов и бояре тверские поступили на службу к Иоанну III. Далее, Иоанн присоединил удел Верейский, наследовал волости двух братьев своих, умерших бездетными, и отнял удел у третьего (Андрея Большого), которого за непокорность велел заключить в темницу, где он и умер. Часть Рязанской области также перешла в руки Иоанна. Таким образом в Северо-Восточной России остались неприсоединенными только Псков и другая часть Рязани, которые безусловною покорностью великому князю сохранили еще на некоторое время тень своей самостоятельности. Вообще в княжение Иоанна московские пределы далеко распространились на север и восток: так, окончательно была покорена Вятская община, завоеваны земли Пермская, Печорская и Югорская, московские отряды переправлялись за Уральский хребет и на лыжах доходили до берегов Оби.

Зависимость от Золотой Орды существовала уже более по имени, нежели в действительности: она состояла в том, что великий князь посылал иногда хану небольшую дань и честил его послов. Но Иоанн задумал уничтожить и самую тень постыдного ига. Он воспользовался взаимною ненавистью ханов Крымской и Золотой Орд и заключил тесный союз с Менгли-Гйреем, потом прогнал из Москвы послов сарайского хана Ахмата и навсегда отказал ему в дани. Ахмат выступил в поход, условившись с Казимиром IV вместе напасть на Московское княжество. Но союзник Иоанна Менгли-Гирей сделал набег на Литву и отвлек Казимира. Сам великий князь с многочисленными силами встретил татар на берегах Угры; ни то ни другое войско, однако, не хотело перейти реку, Иоанн в этом случае осторожность свою довел до крайности. Тщетно народ изъявлял негодование. Ростовский архиепископ Вассиан, духовник Иоанна, в особом послании к великому князю уговаривал его не внимать советам некоторых малодушных бояр и приводил пример предка его Димитрия Донского (а малодушные бояре напоминали пленение отца его Василия казанцами). Иоанн не решился первый начать битву и, когда река стала покрываться льдом, велел отступать (1480). Ахмат не преследовал русских и воротился назад, он вскоре был убит одним из татарских князей. Сыновья его, однако, не оставляли своих притязаний на московскую дань, пока верный союзник Иоанна Менгли-Гирей после кровопролитной борьбы не разрушил окончательно Кипчакского царства (1502).

Таким образом, монгольское иго прекратилось, но вредные следы его долго еще жили в русском народе. Оно способствовало огрубению нравов, порче народного характера, угнетению низших классов и распространению в России многих обычаев, свойственных деспотическим азиатским, государствам.

Повод к неприязненным столкновениям между Москвою и Литвою подали мелкие пограничные князья Чернигово-Северской области, которых Иоанн умел привлечь на свою сторону; они стали отделяться от католической Литвы и переходить со своими городами в подданство единоверного князя московского. Тщетно Казимир требовал, чтобы ему воротили назад города; он умер, приготовляясь к войне с Москвою. Старший сын его сделался польским королем, а младший, Александр, — великим князем литовским. В надежде отклонить Иоанна III от враждебных замыслов Александр женился на его дочери Елене и уступил ему часть северских уделов (Новосильский, Белевский, Одоевский, Воротынский и др.).

Неудовольствия, однако, не прекратились: возобновился и переход удельных князей к единоверной Москве. Иоанн первый объявил войну, и воевода его Даниил Щеня нанес неприятелям сильное поражение близ Дорогобужа (1500); начальник литовского войска гетман Константин Острожский попал в плен со всею артиллерией. В следующем году союзник Александра магистр Ливонского ордена Плеттенберг, который сумел на короткое время воскресить древнюю славу рыцарей, разбил псковское ополчение при Изборске, но пришли московские войска и разорили Ливонскую землю. Наконец Александр, по смерти старшего брата снова соединивший под одною короною Литву и Польшу, заключил с Иоанном шестилетнее перемирие; Северская область осталась в руках москвитян (1503).