После завоевания Византии турками племянница последнего греческого императора (дочь морейского деспота Фомы) царевна Софья с отцом и братьями нашла убежище в Риме. Папа предложил руку Софьи овдовевшему Иоанну, надеясь при ее помощи войти в дружеские отношения с Москвою и подчинить себе Русскую Церковь. Предложение было принято, царевна прибыла в Москву и вступила в брак с великим князем (1472), но папа обманулся в своих видах на подчинение Русской Церкви. Софье приписывают важное влияние на дальнейшую московскую политику. Говорят, по ее настоянию Иоанн отказался платить дань Золотой Орде и окончательно уничтожил иго; кроме того, гордой византийской принцессе не нравилась простота, которая господствовала в образе жизни московских князей, и она побудила супруга окружить себя большим блеском и величием.

Старые бояре, привыкшие запросто обходиться с великим князем, скоро заметили, что он начал держать их в почтительном отдалении, сделался строг и взыскателен; приписав такую перемену Софье, они стали питать к ней сильное нерасположение, которое обнаружили особенно по поводу вопроса о престолонаследии. От первой супруги великого князя Марии тверской у него был сын Иоанн Молодой, который считался наследником московского престола и принимал уже деятельное участие в делах правления, но вдруг он занемог и скончался, к великому огорчению отца и народа (1490). От его брака с Еленою, дочерью молдавского господаря, остался сын Димитрий. Тогда был поднят вопрос о том, кому наследовать престол: Димитрию или Василию (старшему сыну Софьи Фоминишны)? Бояре, враждебные греческой царевне, приняли сторону первого; они обвиняли Василия с матерью в неприязненных замыслах против великого князя и так успели настроить Иоанна, что он велел заключить под стражу сына, удалил от себя Софью и торжественно венчал внука Димитрия на великое княжение (1498). Но спустя несколько времени обнаружились происки бояр, что навлекло на них гнев великого князя; особенно пострадали при этом случае две знатные фамилии — князья Патрикеевы и Ряполовские: первых постригли в монахи, а одному из Ряполовских отрубили голову. Иоанн помирился с Софьей, объявил наследником Василия, а внука посадил под стражу.

В связи с этими семейными раздорами и придворными партиями появилась в Москве так называемая жидовская ересь, отвергавшая учение о Святой Троице, почитание икон, святых и т. п. Эта ересь сначала обнаружилась в Новгороде (и, по некоторым известиям, будто бы была привезена с юга, из Киева, жидом Захарием, но в Новгороде и прежде существовала подобная же ересь стригольников). Из Новгорода вместе с некоторыми духовными лицами ересь перешла в Москву. Тут в числе ее тайных последователей были архимандрит Симонова монастыря Зосима, который пользовался благосклонностью Иоанна III и даже был возведен в сан митрополита, потом Елена, невестка великого князя, и его любимый дьяк Федор Курицын. Архиепископ новгородский Геннадий первый открыл гонение на ересь; с ним соединился основатель Волоколамского монастыря красноречивый Иосиф Санин, который написал против еретиков многие обличительные проповеди. (Собрание их известно под именем «Просветителя».) Между тем как партию еретическую поддерживала при дворе Елена, жена Иоанна Молодого, православная партия нашла опору в Софье. Долго великий князь не принимал решительных мер против ереси и только в 1504 году, уже по смерти Софьи, созвал духовный собор, после которого одни из уличенных в ереси были всенародно сожжены в клетке, другим отрезали языки, многих заключили в тюрьму или разослали по монастырям. Ересь, однако, не уничтожилась.[47]

Брак с Софьею способствовал возобновлению сношений между Россией и Западной Европой, прекратившихся (за исключением Новгорода) во время монгольского владычества. Иоанн начал заботиться об украшении своей столицы каменными зданиями и с этой целью выписал из Италии разного рода художников и мастеров; самым известным между ними сделался архитектор Аристотель Фиоравенти, строитель московского Успенского собора. В то же время были построены каменные соборы Архангельский и Благовещенский, каменный великокняжеский дворец, Грановитая палата (служившая для торжественных придворных церемоний), новые стены с красивыми башнями около Московского Кремля и каменные крепости в некоторых других городах. Кроме того, иностранные мастера лили пушки, открыли серебряную руду в Печорском крае, чеканили монету и пр.[48] Начались и дипломатические пересылки московского правительства с европейскими дворами. Так, Иоанн менялся посольствами с венгерским королем и германским императором, которые искали союза Москвы против Польши и Турции; с Данией завязались сношения вследствие общей вражды против Швеции; с Венецией и турецким султаном великий князь сносился ради торговых интересов. На печатях великокняжеских при Иоанне появляется двуглавый орел — герб византийских царей (а прежде встречается по преимуществу изображение Георгия Победоносца). Под влиянием византийских преданий в эту эпоху у московских книжников стало слагаться представление о Москве как третьем Риме, т. е. начали считать ее преемницею Константинополя или второго Рима.

Из памятников правительственной деятельности Иоанна III замечательно издание Судебника (1497), который был составлен дьяком Гусевым на основании Русской Правды, судных грамот и обычаев московского судопроизводства. По этому Судебнику в областях суд производят наместники и волостели (из бояр или детей боярских) в присутствии «дворского» (княжеский чиновник), местного старосты и выборных из лучших людей. За «лихие дела» (т. е. уголовные преступления) назначена смертная казнь, т. е. публичное наказание кнутом на торгу. Судьям выдается от каждого дела известная пошлина с подсудимых, а давать им посулы (взятки) запрещено, о чем велено «прокликать» по торгам во всех городах Московской и Новгородской земель. В тяжбах дозволяется решать дела полем или поединком.[49] Издание Судебника находилось в связи с уничтожением уделов; присоединяя русские области, великий князь московский мало-помалу отменяет областные отличия и вводит везде московское судопроизводство и управление. На Судебнике отразилось влияние татарских нравов; сюда относятся пытка, кнут и вообще телесные наказания, которые в Русской Правде не встречаются. Далее великий князь много заботился об умножении военных сил, принимал в свою службу немцев и литвинов, знающих военное ремесло, и первый завел в России значительную артиллерию.

Иоанн III не решился, однако, совсем отменить древний обычай наследования в своей семье и отделил младшим сыновьям особые волости, но они не имели права чеканить монету или входить в сношения с иноземными государями и по слабости своих уделов не могли быть опасными единодержавию, которое все более и более утверждалось в Московской земле.

Уступая талантами своему отцу, Василий тем не менее с успехом продолжал его политику в отношении к удельным князьям, к соседним государствам и собственным подданным. Он окончил начатое его предшественниками собирание Северо-Восточной Руси, присоединив к Москве остальные уделы, сохранявшие еще тень своей самостоятельности, т. е. Псков, Рязань и Северское княжество.

В Пскове, так же как в Новгороде, происходили частые смуты вследствие вражды лучших людей с простыми гражданами, что подавало повод великому князю вмешиваться в их внутренние дела. Сюда со времен Иоанна III присоединились распри веча с московскими наместниками и жалобы великому князю на притеснения его чиновников. Василий III воспользовался одною из таких распрей и уничтожил Псковское вече (1510).